6.06.1983
collins.agho@student.emu.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
20.01.2019–...   
Eesti Maaülikool, Nooremteadur (0,50)
 
 
Haridustee
20.02.2017–19.01.2019   
Magistrikraad, taimede biotehnoloogia (molekulaarsed taimekasvatus ja patoloogia), Wageningeni ülikool ja uurimistöö, Holland. Lõputöö tegemine: 8.0 10st; Lõputöö viljade füsioloogia: 8.0 10st
28.01.2013–09.02.2015   
Magistrikraad, Taimede aretamine ja geneetika, Ibadani ülikool, Nigeeria (parim lõpetaja)
03.09.2001–05.11.2005   
Bakalaureusekraad, botaanika, Benini ülikool, Nigeeria (top 4 õpilast; CGPA 4,26 5,0-st)
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2016−...   
Vanem taimekasvataja, Nigeeria õlipalateaduste instituut, Nigeeria
2013−...   
Noortaimede kasvataja, Nigeeria õlipalateaduste instituut, Nigeeria
2010−2012   
Taimekasvatuse assistent, Nigeeria õlipalateaduste instituut, Nigeeria

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2020, Collins Aimuaenvbosa Agho, Sissejuhatus bioinformaatikasse NGS-i andmeid kasutades, SciLifeLab, Uppsala ülikool, Rootsi. 27. jaanuar - 1. veebruar 2020 (toetab ASTRA stipendium, eriprogramm). Programm sisaldab: täpsemat Linuxi kasutamist, pilvandmetöötlust, failitüüpe Bioinformaatikas, NGS-i töövoogu, variantide kutsumist, RNA järjestamist, transkripti ja ekspressiooni kvantifitseerimist, andmete haldamist.
2020, Collins Aimuaenvbosa Agho, Geenivaramu komplekteerimine, kasutades Oxfordi Nanopore'i ja PacBio sekveneerimist, Vabaülikool, Berliin, Saksamaa (toetab Eesti DoRa Pluss programmi stipendium), 10-14. Veebruar 2020. Programm hõlmab Nanopore'ist ja PacBio sekveneerimisest genereeritud pikkade lugemiste baaskõne ja kokkupanekut ning seejärel võrreldakse tehnika tasemes olevaid koostajaid koos hinnanguga, mis koosneb iga komplekti järjepidevusest, kvaliteedist, täpsusest ja vajalike ressursside hulgast. Veelgi enam, üritasime montaaži parandada, kasutades selleks Medaka ja Nanopolishi. Viimaseks valguprognoos (ortoloogid (BUSCO) ja ORF-id (Ideel)).
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, Käed kõrgetasemeliste taimeteaduse ja biotehnoloogia meetodite ja tehnikate alal (toetab DoRa Pluss programmi stipendium, eriprogramm). Århusi ülikool, Taani. Hinne: 10,0
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, RNA-Seq andmeanalüüsi töötuba (ECSEQ BIOINFORMATICS), Leipzig, Saksamaa (toetab Eesti DoRa Pluss programmi stipendium). See hõlmab: bioinformaatika Linuxit, sissejuhatust NGS-i andmete analüüsi (kvaliteedikontroll, joondamismeetodid ja kaardistamise statistika) ja RNA-seq-andmete analüüsi (RNASeqis oleva tarkvara ja nende taga oleva statistika võrdlus, geeni- ja isovormi diferentsiaalide ekspressioon, andmete visualiseerimine).
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, Õppevisiit (3 nädalat) molekulaarbioloogia ja põllumajanduse alal Taimekasvatuse ja Aklimatiseerumise Instituudis - Riiklik teadusinstituut, Młochówi uurimiskeskus, Poola.11. november - 2. detsember 2019 (toetavad ASTRA ja prof Ülo Niinemets). 1.Multipleksse PCR-i ettevalmistamine geneetilise mitmekesisuse uurimiseks kasutatud 12 lihtsa järjestusega kordamise (SSR) markeri amplifitseerimiseks. 2. Geneetilise analüsaatori 3500 kapillaarelektroforeesi süsteemi kalibreerimine ja SSR-markeri pikkuse polümorfismi analüüs geneetilise analüsaatori 3500 abil. 3. Andmete analüüs tarkvara GeneMapper abil. 4.Haigusekindluse testimine. 5.Ettekanne osakonna seminaris
2017, Collins Aimuaenvbosa Agho, Vastuvõtja, Hollandi stipendiumiprogramm (NFP stipendium) magistrikraadile (taimede biotehnoloogia) Wageningeni ülikoolis ja teadustöös, Holland
2015, Collins Aimuaenvbosa Agho, Parim lõpetaja Ibadani Ülikoolis, Nigeerias
2013, Collins Aimuaenvbosa Agho, Saaja, Nigeeria föderaalvalitsuse stipendium taimekasvatuse magistrikraadile, Ibadani ülikool, Nigeeria
2003, Collins Aimuaenvbosa Agho, Parim 200-taseme üliõpilane, taimeteadus, Benini ülikool, Nigeeria
 
 
Lisainfo
Olen töötanud kaheksa aastat föderaalses taimekasvatusuuringute instituudis Nigeerias vanemate taimekasvatajatena. Osalesin saagi kasvatamisel, stressitaluvusel (biotiline ja abiootiline stress) ning puu- ja dekoratiivtaimede kvaliteedis. Wageningeni Ülikoolis ja teadusuuringutes tegelesin ka teravilja (quinoa, oder) ja kartulikasvatusega, biokütuse ja haiguste taluvusega ning põua ja soola taluvusega. Mul on üle 15 väljaande.
15.02.2020
6.06.1983
collins.agho@student.emu.ee

Career

Institutions and positions
20.01.2019–...   
Estonian University of Life Sciences, Junior Researcher (0,50)
 
 
Education
20.02.2017–19.01.2019   
Master's Degree , Plant Biotechnology (Molecular Plant Breeding and Pathology), Wageningen University and Research, Netherlands. Thesis Plant Breeding: 8.0 out of 10; Thesis Crop Physiology: 8.0 out of 10
28.01.2013–09.02.2015   
Master's Degree , Plant Breeding and Genetics, University of Ibadan, Nigeria (Best Graduating Student)
03.09.2001–05.11.2005   
Bachelor's Degree, Botany, University of Benin, Nigeria ( top 4 students; CGPA 4.26 out of 5.0 )
 
 
R&D related managerial and administrative work
2016−...   
Senior Plant Breeder, Nigerian Institute for Oil Palm Research, Nigeria
2013−...   
Junior Plant Breeder, Nigerian Institute for Oil Palm Research, Nigeria
2010−2012   
Assistant Plant Breeder, Nigerian Institute for Oil Palm Research, Nigeria

Qualifications

 
 
Honours & awards
2020, Collins Aimuaenvbosa Agho, Introduction to Bioinformatics using NGS data, SciLifeLab, Uppsala University, Sweden. Jan.27- Feb.1, 2020 (supported by ASTRA scholarship, Special Program). The program includes: Advanced Linux usage, cloud computing, file types in Bioinformatics, NGS workflow, variant calling, RNA sequencing, transcriptome and expression quantification, data management.
2020, Collins Aimuaenvbosa Agho, Genome Assembly Using Oxford Nanopore and PacBio Sequencing, Free University, Berlin, Germany (supported by Estonian DoRa Pluss Program scholarship), February 10-14, 2020. The program covers base calling and assembly of long reads generated from Nanopore and PacBio Sequencing and then comparison of different state of the art assemblers, along with creating an evaluation consisting of contiguity, quality, accuracy of each assembly and the amount of resources needed. Furthermore, we tried to improve the assembly by using Medaka and Nanopolish. Lastly protein prediction (orthologs (BUSCO) and ORFs (Ideel).
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, Hands on advanced methods and techniques in plant science and biotechnology (supported by DoRa Pluss Program scholarship, Special program). Aarhus University, Denmark. Grade: 10.0
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, RNA-Seq Data analysis workshop (ECSEQ BIOINFORMATICS), Leipzig, Germany (supported by Estonian DoRa Pluss Program scholarship). This includes: Linux for Bioinformatics, Introduction to NGS data analysis (quality control, alignment methods and mapping statistics) and RNA-seq Data Analyses (comparison of software in RNASeq and statistics behind them, differential gene and isoform expression, data visualization).
2019, Collins Aimuaenvbosa Agho, Study visit (3 weeks) in the field of molecular biology and agriculture, in Plant Breeding and Acclimatization Institute – National Research Institute, Młochów Research Centre, Poland. Nov.11- Dec.2, 2019 (Supported by ASTRA and Prof. Ülo Niinemets). 1.Preparation of multiplex PCR for amplification of 12 Simple Sequence Repeat (SSR) markers used to study genetic diversity. 2.Calibration of the 3500 Genetic Analyzer capillary electrophoresis system and analysis of the SSR marker length polymorphism using the 3500 Genetic Analyzer. 3.Data analysis using GeneMapper Software. 4.Testing for disease resistance. 5. Presentation in departmental seminar.
2017, Collins Aimuaenvbosa Agho, Recipient, Netherlands Fellowship Program (NFP Scholarship) for Master's Degree (Plant Biotechnology) at Wageningen University and Research, Netherlands
2015, Collins Aimuaenvbosa Agho, Best Graduating Student in Plant Breeding and Genetics, University of Ibadan, Nigeria
2013, Collins Aimuaenvbosa Agho, Recipient, Nigerian Federal Government Scholarship for Master's Degree in Plant Breeding, University of Ibadan, Nigeria
2003, Collins Aimuaenvbosa Agho, Best 200 Level Student, Plant Science, University of Benin, Nigeria
 
 
Additional information
I have worked for 8 years in a Federal Plant Breeding Research Institute as a Senior Plant Breeder in Nigeria. I was involved in breeding for yield, stress tolerance (biotic and abiotic stress) and quality in tree and ornamental crops. I also worked on cereals (quinoa, barley) and potato breeding for yield, biofuel and disease tolerance as well as drought and salt tolerance breeding at Wageningen University and Research. I have over 15 publications.
15.02.2020