This website uses cookies to store user session information. By using our website you consent to our terms of use. Read more
I agree
14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
jaak.vilo@ut.ee
Professor, Bioinformatics;
BIIT group http://biit.cs.ut.ee/,
Head of the Institute of Computer Science www.cs.ut.ee
University of Tartu
Member of Estonian Academy of Sciences
Google Scholar profile: http://eid.ee/3qj

Career

Institution and occupation
01.01.2012–...   
Estonian Academy of Sciences, Member (0,01)
01.09.2009–...   
STACC - Software Technologies and Applications Competence Center, Strategic area leader (0,20)
01.12.2007–...   
University of Tartu, Professor (Bioinformatics), Institute of Computer Science (1,00)
01.01.2006–...   
Quretec Ltd, Member of Board (0,05)
2008–2008   
Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
01.09.2005–30.11.2007   
University of Tartu, Senior Researcher, Institute of Computer Science (1,00)
01.09.2004–31.08.2005   
University of Tartu, Associate Professor, Institute of Computer Science (0,50)
01.01.2002–31.12.2006   
Eesti Biokeskus, scientist, grant holder (0.1)
01.01.2002–31.12.2006   
EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002   
European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,
01.01.1997–31.12.1999   
University of Helsinki, Department of Computer Science, Research assistent
01.01.1993–31.12.1997   
University of Helsinki, Research assistent (5-year official elected position holder)
01.01.1991–31.12.1993   
University of Helsinki, Department of Computer Science teaching assistant
01.01.1990–31.12.1990   
Institute of Cybernetics, Talinn, Engineer
01.01.1989–31.12.1990   
University of Helsinki (teaching assistant)
 
 
Education
1991–1999   
Ph.D., University of Helsinki, Computer Science, 2002
1984–1991   
M.Sc., Tartu University, Applied Mathematics. 1991
1973–1984   
Tallinn II Secondary School (Reaalkool)
 
 
R&D related managerial and administrative work
2018−...   
Informatics Europe, member of board
2014−...   
Member of the council of Realia et Naturalia area of the University of Tartu
2012−...   
Member of Estonian National Academy of Sciences
2011−...   
Head of the Institute of Computer Science, Head of the Council
2011−...   
Chairman of the board of Estonian Scientific Computing Infrastructure (ETAIS)
2008−...   
Member of the board of the High Performance Computing Center, University of Tartu
2006−...   
ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...   
Reviewer for several journals (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc)
2000−...   
International Society for Computational Biology (ISCB, http://www.iscb.org/) liige
1991−...   
Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), professional member
2014−2014   
ECCB - Programme committee area co-chair (gene expression)
2012−2017   
Member of the Senate of University of Tartu
2012−2018   
Estonian Research Council evaluation board member
2011−2016   
Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013   
Member of the interim board of ELIXIR, the international bioinformatics research infrastructure project. Scientific representative of Estonia.
2010−2010   
European Conference on Computational Biology (ECCB-2010) - Programme committee Area Chair
2008−2011   
Representative of Estonia to ELIXIR (ESFRI Infrastructure Bioinformatics project) education and science resources subcommittees
2007−2015   
Member of the council of the faculty of Mathematics and Informatics
2006−2011   
Head of the Steering committee of the "National Programme of the Estonian Language Technology (2006-2010)"
2005−2005   
Bioinformatics 2005, Tartu, June 2005 - Programme and Organizational committee member
2005−2009   
Member of the Estonian GRID board appointed by the Ministry of Research and Education
2004−2004   
WABI 2004 Program committee member
2004−2010   
Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Program Committee member
2004−2009   
European Conference on Computational Biology (ECCB) Program Committee Member

Qualifications

 
 
Honours & awards
2016, Jaak Vilo, Small Medal, University of Tartu
2015, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Sten Ilmjärv PhD thesis that received the I prize in national PhD series.
2014, Jaak Vilo, The "Person of the Year of 2013" by Estonian Association of ICT companies
2013, Jaak Vilo, Estonian Order of the White Star III class
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - Best Research Paper Award 2009 shortlisted nominee
2010, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Jüri Reimands PhD that received top national prize in PhD series
2008, Jaak Vilo, Ministrer of Education and Science - award to Konstantin Tretjakov MSc work (I prize) supervision
2004, Jaak Vilo, Best poster award - ISMB/ECCB 2004, Glasgow (10 out of over 1000 posters)
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control ; SPECIALITY: Bioinformatics, systems biology, and data mining
 
 
Additional information
Doctor of Philosophy (Ph.D.)
University of Helsinki, 2002

Projects in progress

Completed projects

Dissertations under supervision

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
6.6.
2017
6.6.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994
14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
jaak.vilo@ut.ee
Professor, Bioinformaatika ;
BIIT rühm http://biit.cs.ut.ee/ ;
TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja (www.cs.ut.ee).
Eesti Teaduste Akadeemia liige
Google Scholar profiil: http://eid.ee/3qj

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2012–...   
Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01)
01.09.2009–...   
Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20)
01.12.2007–...   
Tartu Ülikool, Professor (Bioinformaatika), Arvutiteaduse instituut. (1,00)
01.01.2006–...   
OÜ Quretec, juhatuse liige (0,05)
2008–2008   
Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,20)
01.09.2005–30.11.2007   
Tartu Ülikool, Vanemteadur, Arvutiteaduse instituut (1,00)
01.09.2004–31.08.2005   
Tartu Ülikool, Dotsent, Arvutiteaduse instituut (0,50)
01.01.2002–31.12.2006   
Eesti Biokeskus, erak. vanemteadur, 0.1
01.01.2002–31.12.2006   
EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002   
European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,Senior Techincal Officer / Researcher
01.01.1997–31.12.1999   
Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse instituut, uurimisassistent
01.01.1993–31.12.1997   
Helsingi Ülikool, assistent (5-aastane ametikoht)
01.01.1991–31.12.1993   
Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
01.01.1990–31.12.1990   
Küberneetika Instituut, insener
01.01.1989–31.12.1990   
Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
 
 
Haridustee
1991–1999   
Helsingi Ülikool, Arvutiteadus, PhD, 2002
1984–1991   
Tartu Ülikool, Rakendusmatemaatika, 1991
1973–1984   
Tallinna II Keskkool (Reaalkool)
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2018−...   
Informatics Europe juhatuse liige
2014−...   
Tartu Ülikooli Realia ja Naturalia valdkonna nõukogu liige.
2012−...   
Eesti Teaduste Akadeemia liige
2011−...   
TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja, instituudi nõukogu esimees
2011−...   
Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuuri ETAIS nõukogu esimees
2008−...   
Tartu Ülikooli Teadusarvutuste Keskuse Nõukogu liige
2006−...   
ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...   
Mitmete ajakirjade (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) reviewer
2000−...   
Rahvusvahelise bioinformaatika seltsi ISCB liige
1991−...   
Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), liige
2014−2014   
ECCB - valdkonna programmkomitee juht
2012−2017   
Tartu Ülikooli Senati liige 2012-2017
2012−2018   
ETAG Hindamisnõukogu liige (2012-2018, 2 esimest perioodi)
2011−2016   
Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013   
Rahvusvahelise ESFRI projekti ELIXIR ajutise nõukogu liige (Eesti teaduslik esindaja)
2010−2010   
Euroopa Bioinformaatika konverentsi ECCB2010 Programmkomitee Valdkonna juht
2008−2011   
Euroopa bioinformaatika teadusinfrastruktuuri projekti ELIXIR hariduse- ja teadusressursside alakomiteede liige, Eesti esindaja.
2007−2015   
Matemaatika-Informaatika teaduskonna nõukogu liige
2006−2011   
Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010" juhtkomitee juht
2005−2005   
Bioinformatics 2005, Tartu, juuni 2005, (Põhjamaade Bioinformaatika seltsi) konverentsi programm- ja orgkomitee liige.
2005−2005   
Bioinformaatika professori valimiste nõukogude liige (TTÜ, TÜ)
2005−2009   
Eesti GRID juhtkomitee liige (THM moodustatud)
2004−2004   
WABI 2004 Program committee member
2004−2010   
Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Programmkomitee liige
2004−2009   
European Conference on Computational Biology (ECCB) Programmikomitee liige

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2016, Jaak Vilo, Väike medal, Tartu Ülikool
2015, Jaak Vilo, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Sten Ilmjärve konkursitöö „Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel” juhendamise eest terviseuuringutevaldkonnas (I preemia meditsiinivaldkonna doktoritööde kategoorias);
2014, Jaak Vilo, Infotehnoloogia Ettevõtete Liidu (ITL) Aasta tegija 2013
2013, Jaak Vilo, Eesti Valgetähe III klassi teenetemärk
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - ajakirja aasta 2009 parima teadusartikli preemia nominent
2010, Jaak Vilo, Haridus- ja tedusministri tänukiri Jüri Reimandi doktoritöö (2010 aasta peapreemia doktoritööde hulgas) juhendamise eest
2008, Jaak Vilo, Haridus- ja teadusministri tänukiri Konstantin Tretjakovi I preemia väärilise magistritöö juhendamise eest.
2004, Jaak Vilo, Parima posteri auhind - ISMB-ECCB 2004, Glasgow
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria); PÕHISUUND: Bioinformaatika, andmekaeve
 
 
Lisainfo
Ph.D., Helsingi Ülikool, 2002.

Jooksvad projektid

Lõppenud projektid

Juhendamisel väitekirjad

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
6.6.
2017
6.6.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994
  • Found 79 results
ProgramTypeNumberNameProject startProject endPrincipal investigatorInstitutionFinancing
MUUSMTAT07203/14. Baltiche Sommershule "Techniche Informatik/Informationtechnik" in Tartu.15.05.200831.10.2008Jaak ViloUniversity of Tartu3 822,43 EUR
MUULMTAT05234ABC output calculation update (under MIS framework)08.11.200521.11.2005Jaak ViloUniversity of Tartu3 408,79 EUR
1.2.3.3.AgedBrainSYSBIO (305299)AgedBrainSYSBIO - Systems biology of pathways involving brain ageing01.01.201330.06.2017Jaak ViloQuretec Ltd463 520,00 EUR
MUULMTAT13089Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine01.01.201330.06.2013Jaak ViloUniversity of Tartu; University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science46 158,00 EUR
ETFETF5722Data Mining Methods and Applications (DMMA)01.01.200431.12.2006Jaak ViloUniversity of Tartu24 652,75 EUR
IUTIUT34-4Data Science Methods and Applications (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science466 400,00 EUR
MUUSMTAT07203Web server for Institute of Computer Science course materials - courses.cs.ut.ee22.10.200727.12.2007Jaak ViloUniversity of Tartu7 030,28 EUR
MUUSMTAT07210Software development server for Computer Science22.10.200717.12.2007Jaak ViloUniversity of Tartu6 263,34 EUR
MUULSHG-CT-2003-503329ATD - The Alternate Transcript Diversity Project01.03.200428.02.2007Jaak ViloEstonian Biocentre112 200,03 EUR
MUUSMTAT11170 (11-03-01-32)Auditooriumi tagasiside süsteem12.10.201130.11.2011Jaak ViloUniversity of Tartu4 620,00 EUR
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Detection of endpoints and biomarkers of repeated dose toxicity using in vitro systems01.01.201131.12.2015Jaak ViloQuretec Ltd145 372,80 EUR
MUUSMTAT13061T (3.2.1201.13-0019)BioMedIT01.04.201331.05.2015Jaak ViloUniversity of Tartu465 876,80 EUR
MUUMMTAT07037RCOBRED- Colon and Breast Cancer Diagnostic01.03.200728.02.2010Jaak ViloUniversity of Tartu396 891,34 EUR
1.1.5.3.4.1.3.2.SLTAT18292TBiomarkers for diagnosis and prognosis of endometrial carcinoma (ERA-NET TRANSCAN-2)01.05.201830.04.2021Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science144 200,00 EUR
MUUSMTAT14089PhD student's Dmytro Fishman's participation in First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014) in Sicily, Italy14.06.201420.06.2014Jaak ViloUniversity of Tartu; University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science1 279,64 EUR
MUUSMTAT12172 (12030118)The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD)23.09.201201.10.2012Jaak ViloUniversity of Tartu; University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old)1 448,04 EUR
1.2.3.4.MMTAT15042REE-IT - Centre of Excellence on Connected Digital Economy01.06.201531.05.2016Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science; University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science170 000,00 EUR
MUUSMTATEesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool20.05.200630.10.2006Jaak ViloUniversity of Tartu4 473,82 EUR
MUUSMTAT07106/39th Estonian Summer School on Computer and Systems Science, (ESSCaSS 2010)01.05.201031.10.2010Jaak ViloUniversity of Tartu; University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science6 391,16 EUR
1.1.5.3.4.1.2.SLTAT16431TEstonian Life Science Infrastructure for Biological Information01.03.201631.08.2022Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science987 282,88 EUR
MUUSMTAT07184Coordination of the programme "National Programme for Estonian Language Technology (2006-2010) "17.09.200731.03.2008Jaak ViloUniversity of Tartu9 586,75 EUR
MUUSMTAT12017TEstonia's Integration to the European Bioinformatics Infrastructure (ELIXIR)01.01.201230.09.2012Jaak ViloUniversity of Tartu30 000,00 EUR
MUUSMTAT12017T/1Estonia's Integration to the European Bioinformatics Infrastructure ELIXIR01.11.201231.08.2015Jaak ViloUniversity of Tartu393 700,00 EUR
EKRMEKRM05-63Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200531.12.2005Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science17 256,15 EUR
EKKTTEKKTT06-12Elektrooniliste teatmeteoste kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200631.12.2008Jaak ViloUniversity of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science67 746,35 EUR