This website uses cookies to store user session information. By using our website you consent to our terms of use. Read more
I agree

Mikk Puustusmaa

https://www.etis.ee/CV/Mikk_Puustusmaa/eng
17.03.1989
mikk.puustusmaa@ut.ee

Career

Institutions and positions
20.02.2020–...   
OÜ Antegenes, software developer (1,00)
04.02.2019–19.02.2020   
auto24 AS, software developer (1,00)
15.08.2018–31.01.2019   
University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Assistant of Data Science (1,00)
23.09.2014–22.01.2015   
University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (1,00)
 
 
Education
2014–04.09.2019   
University of Tartu, Doctor of Philosophy (Bioinformatics)
2012–2014   
University of Tartu, Gene Technology (masters, Cum Laude)
2011–2012   
Military service, Kuperjanov's Infantry Battalion (n-srs, Senior paramedic)
2008–2011   
University of Tartu, Gene Technology (bachelor of science)
2005–2008   
Põlva high school
 
 
Creative work
One of the main authors of the online course GEENID - MÜÜDID JA TEGELIKKUS [P2TP.TK.072] in collaboration with Märt Roosaare and Mihkel Vaher.
 
 
Additional information
Developed web application PhyloCube during the period of 28.06.2018 - 14.08.2018. Application is available at http://bioinfo.ut.ee/phylocube/
Collaboration with prof. Julian Gough in University of Bristol (Department of Computer Science). (09.09.2015–03.11.2015)

Qualifications

Academic degrees
Mikk Puustusmaa, Doctor's Degree, 2019, (sup) Aare Abroi; Maido Remm, On the origin of papillomavirus proteins, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology.
Mikk Puustusmaa, Master's Degree, 2014, (sup) Aare Abroi; Maido Remm, Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico (Detection of E8 protein coding sequence in papillomaviruses in silico), University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu, Chair of Bioinformatics.
 
 
Honours & awards
2018, Mikk Puustusmaa, Lydia ja Felix Krabi Scholarship
2018, Mikk Puustusmaa, Online course GEENID - MÜÜDID JA TEGELIKKUS [P2TP.TK.072] got an award "E-kursuse kvaliteedimärk 2018"
2015, Mikk Puustusmaa, DoRa Programme Activity 6 Scholarship "Semester abroad for Doctoral students"
2014, Mikk Puustusmaa, First place in the student project competition at the Institute of Computer Science
 
 
Fields of research
ETIS CLASSIFICATION: 1. Biosciences and Environment; 1.2. Microbiology; CERCS CLASSIFICATION: B230 Microbiology, bacteriology, virology, mycology ; SPECIFICATION: Role of viruses in evolution and evolution of viruses
ETIS CLASSIFICATION: 3. Health; 3.11. Biochemistry, Genetics, Microbiology, Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics relating to Health Studies; CERCS CLASSIFICATION: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics ; SPECIFICATION: Role of viruses in evolution and evolution of viruses
 
 
Additional information
5th ELSI International Symposium and workshops in Japan (Tokyo Institute Of Technology‎) "Expanding Views on the biosphere" (09.01.2017 - 24.01.2017)
Conference in Hinxton "Applied Bioinformatics & Public Health Microbiology conference" (06.05.2015 - 08.05.2015)

Completed projects

Publications

Category
Year
Publication
 
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Colorectal Cancer Screening with Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.19.20177931.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Recommendations for Primary Prevention of Skin Melanoma. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.25.20181610.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Prostate Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.23.20180570.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Breast Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.17.20176263.
1.1.
2019
Puustusmaa, Mikk; Abroi, Aare (2019). cRegions—a tool for detecting conserved cis-elements in multiple sequence alignment of diverged coding sequences. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.6176.
1.1.
2018
Roosaare, Märt; Puustusmaa, Mikk; Möls, Märt; Vaher, Mihkel; Remm, Maido (2018). PlasmidSeeker: identification of known plasmids from bacterial whole genome sequencing reads. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.4588.
1.1.
2017
Puustusmaa, Mikk; Kirsip, Heleri; Gaston, Kevin; Abroi, Aare (2017). The Enigmatic Origin of Papillomavirus Protein Domains. Viruses, 9 (9). DOI: 10.3390/v9090240.
1.1.
2016
Puustusmaa, Mikk; Abroi, Aare (2016). Conservation of the E8 CDS of E8^E2 protein among mammalian papillomaviruses. Journal of General Virology, 97 (9), xx−yy. DOI: 10.1099/jgv.0.000526.
25.03.2022

Mikk Puustusmaa

https://www.etis.ee/CV/Mikk_Puustusmaa/est
17.03.1989
mikk.puustusmaa@ut.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
20.02.2020–...   
OÜ Antegenes, tarkvaraarendaja (1,00)
04.02.2019–19.02.2020   
auto24 AS, tarkvaraarendaja (1,00)
15.08.2018–31.01.2019   
Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut, andmeteaduse assistent (1,00)
23.09.2014–22.01.2015   
Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (1,00)
 
 
Haridustee
2014–04.09.2019   
Tartu Ülikool, geenitehnoloogia doktoriõpe, filosoofiadoktor (bioinformaatika)
2012–2014   
Tartu Ülikool, geenitehnoloogia (magister, Cum Laude)
2011–2012   
Ajateenistus, Kuperjanovi jalaväepataljon (n-srs, vanemparameedik)
2008–2011   
Tartu Ülikool, geenitehnoloogia (loodusteaduste bakalaureus)
2005–2008   
Põlva Ühisgümnaasium, matemaatika-informaatika õppesuund
 
 
Loometöö
Veebikursuse GEENID - MÜÜDID JA TEGELIKKUS [P2TP.TK.072] üks loojatest ja läbiviijatest koostöös Märt Roosaare ja Mihkel Vaheriga.
 
 
Lisainfo
PhyloCube - valgudomeenide esinemine genoomides rakenduse arendamine (28.06.2018 kuni 14.08.2018). Rakendus on saadaval leheküljel http://bioinfo.ut.ee/phylocube/
Välislähetus Bristoli Ülikoolis, koostöö prof. Julian Gough'iga sealses bioinformaaka töögrupis. (09.09.2015–03.11.2015)

Kvalifikatsioon

Teaduskraadid
Mikk Puustusmaa, Doctor's Degree, 2019, (sup) Aare Abroi; Maido Remm, On the origin of papillomavirus proteins, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology.
Mikk Puustusmaa, Master's Degree, 2014, (sup) Aare Abroi; Maido Remm, Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico (Detection of E8 protein coding sequence in papillomaviruses in silico), University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu, Chair of Bioinformatics.
 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2018, Mikk Puustusmaa, Lydia ja Felix Krabi stipendiumi
2018, Mikk Puustusmaa, Veebikursuse GEENID - MÜÜDID JA TEGELIKKUS [P2TP.TK.072] E-kursuse kvaliteedimärk 2018
2015, Mikk Puustusmaa, DoRa programmi tegevus 6 stipendium "Doktorantide semester välismaal"
2014, Mikk Puustusmaa, Tartu Ülikooli arvutiteaduse instituudi tudengiprojektide konkursi I koht.
 
 
Teadustöö põhisuunad
ETIS KLASSIFIKAATOR: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.2. Mikrobioloogia; CERCS KLASSIFIKAATOR: B230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia ; TÄPSUSTUS: Viiruste roll evolutsioonis ja viiruste evolutsioon
ETIS KLASSIFIKAATOR: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS KLASSIFIKAATOR: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika ; TÄPSUSTUS: Viiruste roll evolutsioonis ja viiruste evolutsioon
 
 
Lisainfo
5th ELSI International Symposium and workshops in Japan (Tokyo Institute Of Technology‎) "Expanding Views on the biosphere" (09.01.2017 - 24.01.2017)
Konverents Inglismaal (Hinxton) "Applied Bioinformatics & Public Health Microbiology conference" (06.05.2015 - 08.05.2015)

Lõppenud projektid

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Colorectal Cancer Screening with Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.19.20177931.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Recommendations for Primary Prevention of Skin Melanoma. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.25.20181610.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Prostate Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.23.20180570.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Breast Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.17.20176263.
1.1.
2019
Puustusmaa, Mikk; Abroi, Aare (2019). cRegions—a tool for detecting conserved cis-elements in multiple sequence alignment of diverged coding sequences. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.6176.
1.1.
2018
Roosaare, Märt; Puustusmaa, Mikk; Möls, Märt; Vaher, Mihkel; Remm, Maido (2018). PlasmidSeeker: identification of known plasmids from bacterial whole genome sequencing reads. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.4588.
1.1.
2017
Puustusmaa, Mikk; Kirsip, Heleri; Gaston, Kevin; Abroi, Aare (2017). The Enigmatic Origin of Papillomavirus Protein Domains. Viruses, 9 (9). DOI: 10.3390/v9090240.
1.1.
2016
Puustusmaa, Mikk; Abroi, Aare (2016). Conservation of the E8 CDS of E8^E2 protein among mammalian papillomaviruses. Journal of General Virology, 97 (9), xx−yy. DOI: 10.1099/jgv.0.000526.
25.03.2022

Search project

  • {{item.Name}}
Institution is projects' financier   Institution is projects' executor  
  • {{searchListItem.Name}}
All   Projects   Master projects   Subprojects  
New Frascati (2015)
Old and new Frascati
All
Ongoing
Finished
Beginning
Fuzzy
Precise
Uus otsing (Beetaversioon) Simple Search Clear
  • Found 3 results
ProgramTypeNumberNameProject startProject endPrincipal investigatorInstitutionFinancing
1.1.3.1.04.SLOMR15064Estonian-English bioinformatics dictionary for Android smartphones01.05.201520.12.2015Märt RoosaareUniversity of Tartu; University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu2 800,00 EUR
1.1.3.1.04.SLTMR15064The creation of a smartphone dictionary for the geography textbook "General geography"26.04.201618.12.2016Märt RoosaareUniversity of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Molecular and Cell Biology3 900,00 EUR
ETFETF8812Virosphere protein structure space and evolution01.01.201131.12.2014Aare AbroiEstonian Biocentre40 800,00 EUR