This website uses cookies to store user session information. By using our website you consent to our terms of use. Read more
I agree
12.04.1958
+372 6204447
+372 53099557
sirje.boudinot@gmail.com
Previous family name Timmusk

Career

Institutions and positions
01.01.2018–...   
Tallinn University of Technology , School of Science, Department of Chemistry and Biotechnology, Senior Researcher (0,75)
01.01.2017–...   
Tallinn University of Technology , School of Science, Department of Chemistry and Biotechnology, Associate Professor (0,25)
01.01.2017–31.12.2017   
Tallinn University of Technology , School of Science, Department of Chemistry and Biotechnology, Senior Researcher (0,75)
01.04.2008–31.12.2016   
Tallinn University of Technology , Faculty of Science, Department of Gene Technology, Chair of Molecular Diagnostics, Senior Researcher (0,75)
2008–2014   
Competence Center for Cancer Research, Immunologist (0,20)
01.01.2004–31.12.2007   
SLU Department of Molecular Biosciences, Section for Immunology, scientist
2003–31.12.2016   
Tallinn University of Technology , Faculty of Science, Department of Gene Technology, Chair of Molecular Diagnostics, Associate Professor (0,25)
01.01.2002–31.12.2004   
SLU Department of Molecular Biosciences, post-doctoral studies
01.01.1996–31.12.2002   
Uppsala University, ICM, doctoral studies
01.01.1981–31.12.1996   
1981-1996 Estonian Marine Institute, scientist
 
 
Education
1996–2002   
Uppsala Universiy, PhD
1976–1981   
Tartu State University, biology
 
 
R&D related managerial and administrative work
2015−...   
external reviewer of research position
2014−...   
external reviewer of 2 doctoral thesis
2006−...   
Estonian Society for Immunology and Allergology (EIAS )
2004−...   
Member of thesis defense committees and oponent in TUT Department of Gene Technology
2003−...   
Project leader, InBio
1995−...   
Society for Developmental and Comparative Immunology (ICDCI)
1978−...   
Estonian Naturalists Society (ELUS)
2008−2009   
Elected stuff representative in the Faculty Council of the Tallinn University of Technology Faculty of Science
 
 
Creative work
2008 Invited scientist in the Pasteur Institute (Unit of Cytokines and Inflammation) in the frame of an EU project for academic exchange and improvement of teaching quality.
2016 Invited scientist in the Orsay University, Paris (Erasmus + Staff mobility for training)
.
 
 
Additional information
Teaching qualifications

My pedagogical education is based on a composite degree of Master of Science in Marine Biology and complementary pedagogical qualification as a teacher of biology and chemistry at a high school level from Tartu University, Estonia (1981). I worked as a teacher for one term in 1980 in Laeva elementary school.

As a PhD student at the Uppsala University I was engaged annually at a immunology basic course for MSc throughout 1996-2001 (Immunology, 8 weeks, 10 credits). My role consisted of planning, supervision and evaluation of the laboratory exercises along with lectures with the participation of up to about 60 students (2 months yearly, ca. 1560 teaching hours). Also, I developed and supervised a new laboratory exercise for the generation and screening of monoclonal antibodies (autumns 1999 and 2000 at Uppsala University).

I was teaching the Evolution of Immune system at the annual Immunology course at Master of Sciences level (2002 in Uppsala University).

In 2002-2004 I was responsible for veterinary immunology course (10 credits) in Swedish University of Agricultural Sciences. During that time my involvement in course increased culminating with planning and organizing the whole course, lecturing and restructuring the laboratory exercise regarding both the experiments and subsequent reporting. Instead of a traditional lab report we implemented an oral quiz that was greatly appreciated by the students.

In 2003-2005 I was involved annually at a basic immunology course at Tallinn University of Technology, Estonia consisting of planning, supervision and evaluation of the laboratory exercises together with lectures.

In 2004 I teached the Evolution of Immune system and viral-cell interactions in MSc course ”Methods in cell biology and cell culturing science” in Lithuanian Veterinary Academy (distance learning from June –July 2004 Lithuanian Institute of Horticulture)

In 2005 I organized and conducted the PhD course “Immune specificity: recognition of pathogens in the context of self-tolerance“ in Tallinn University of Technology.

In 2008 I participated in “Estonian Universities Training Programme for Academic Personnel” (IN7016, 1.0101.01-0480), financed by EU project “Estonian Universities Training Programme for Academic Personnel”. My contribution was the planning of practical course in Molecular Immunology, Institute Pasteur, Paris, France.

In 2006-… my responsibilities as an Assistant Professor at Tallinn University of Technology include teaching at the annual Immunology II course at Master of Sciences level (4 weeks, 4 credits) along with the organization and teaching the practical course of molecular immunology II at Tallinn University of Technology.
In 2008-… organization of the practical course in molecular diagnostics at Tallinn University of Technology.

In 2011 I was responsible for organization and teaching on the PhD course “Immunoregulation: Cytokines and Interferons” at Tallinn University of Technology with the participation of students from both Tallinn University of Technology and also from Tartu University. The course was much appreciated by the students of both universities.

In 2012 I was invited to lecture special immunology for medical doctors (neurologists and ophthalmologists).
;
Interview for the science column of the newspaper
"Postimees"
;
I have established the teaching of molecular immunology in TTU since 2003, and organised several international PhD courses on molecular imunology: 2005: Immune repertoire and autoimmunity; 2011: Cytokine and immuneregulation; 2013: Tolerance and autoimmunity. These course exposed the students to a rich diversity of teaching styles and subjects, with teachers coming from a number of foreign institutions.
;

Qualifications

 
 
Honours & awards
2018, Sirje Rüütel Boudinot, 2018 diploma from the Estonian National Institute for Health Development (NIHD) and Union of Estonian Psychologists for supervising Jakob Heinrich Tuubel, whos study “Exploring gender-specific pain sensitivity” was winning 2 awards
2015, Sirje Rüütel Boudinot, 2015, Sirje Rüütel Boudinot, diploma from the Estonian Ministry of Education and Research for supervising J. Suurväli research paper (PhD theses), the second award winner of a state contest
2010, Sirje Rüütel Boudinot, Haridus ja Teadusministeeriumi tänukiri Sirje Rüütel Boudinot’le Merle Saaremäe juhendamise eest, kes pälvis 2010 aastal üliõpilaste teadustööde riiklikul konkursil terviseuuringute valdkonnas magistriõppe üliõpilaste astmes 1. preemia.
 
 
Fields of research
ETIS CLASSIFICATION: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.16. Biotechnology relating to Natural Sciences and Engineering; SPECIFICATION: molecular immunology, molecular diagnostics
ETIS CLASSIFICATION: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.16. Biotechnology relating to Natural Sciences and Engineering; CERCS CLASSIFICATION: T490 Biotechnology ; SPECIFICATION: Field of research: Natural Sciences and Engineering, Biotechnology relating to Natural Sciences and Engineering, molecular immunology and molecular diagnostics
 
 
Additional information
My active scientific career began in 1996, when I started PhD at the Uppsala University. During this period I developed a strong interest in immunology and particular comparative immunology. I defended my thesis in Uppsala University on Molecular Immunology under supervision of prof Lars Pilström. Because Lars Pilström was a concerned supervisor, deeply interested in many aspects of immunology, I received valuable advices regarding general strategies of developing research and writing scientific papers. During my PhD I also initiated two international collaborations, both resulting in scientific publications. Immediately after receiving the PhD degree I joined Prof Gunnar Alm’s Immunology group, at Swedish University of Agricultural Sciences as as a Postdoctoral Fellow. My main field was study of host-pathogen interactions using Porcine Circovirus type 2 (PCV2) as a model. PCV2 is a small ssDNA virus causing serious pathology worldwide and significant economical loss. Following an acute PCV2 infection the animals are immuno-compromised, leading to secondary infections. Since Prof. Caroline Fossum was not a molecular biologist, I designed and carried out my project with a large degree of autonomy. This research resulted in the identification of several interacting partners of PCV2, (Timmusk et al., 2006) the characterization of PCV2 genotypes (Timmusk et al., 2008) and the characterization of Structure-Dependent Modulation of IFNa production by PCV2 CpG DNAs (Hasslung et al., 2007).
I also participated in a collaborative project with Hungarian and Swedish colleagues to establish a real-time PCR approach for the detection and quantification of porcine circovirus type 2, as this pathogen is not easy to detect and the development of clinical signs in certain organs is probably dependent on the viral load (Balint et al., 2009).
In 2008 I was visiting Pasteur Institute (Unit of Cytokines and Inflammation) as an invited scientist in the frame of an EU project for academic exchange and improvement of teaching quality. This research resulted in tight cooperation with prof Jean Marc Cavaillon.
From 2009 I have a newly estalished research team in Estonia, and my first funding was aimed at the study of PCV2 biology. PCV2 virus arrived to Estonia in 2006 and in 2007 caused severe economical losses (Timmusk et al., 2008). We could show that RGS16 binds a viral protein ORF3 in porcine cells infected by PCV2 (Timmusk et al., 2009) and is this interaction is probably involved in viral induced pathogenesis. RGS16 is a negative regulator of G-proteins belonging to the G12/13 family involved in the regulation of cell movement, junctions and cytoskeleton. Our results have shown that RGS16 is induced by interferon in human monocytes (Suurväli et al., 2009). We could also show that the expression of RGS16 parallels the one of CD14, C5aR, IL-1β and IL-6. Our results indicate that partially silencing RGS16 in monocytic cells reduces the transcription levels of CD14 and C5aR as well as the production of IL-1β and IL-6, (Suurväli et al., 2009). We established that RGS16 is involved in the TLR-mediated expression of proinflammatory cytokines (Suurväli et al., 2010) and downregulation of RGS16 affected the expression of several cell activation markers (Pahtma et al., 2010). Since PCV2 infects monocytes, RGS16 targeting by a viral protein in these cells may explain the immuno-supression caused by the virus. Involvement of RGS16 in viral pathogenesis has never been shown before, suggesting that it may operate through new antiviral/virus induced pathways.
Our survey of the RGS16 genomic location in cow, dog, mouse and human revealed that this gene is systematically encoded in the neighbourhood of RNAseL, an important element of the interferon-induced 2´5´Oligoadenylatesynthetase pathway. Thus, viral infections that activate production of type I IFNs might thereby also indirectly activate transcription of a region of the genome harbouring RGS16. These observations led us to study the origin of the RGS16 genomic region during vertebrate evolution. Interestingly, this region is part of a paralog of the MHC, suggesting that it contains genes that may play an important role in the responses to pathogens. Interestingly, these observations link the evolution of RGS genes and their neighbors to the origin of the primordial MHC. A first part of this work is under preparation for publication.
Since PCV2 causes disease only in pig but is still able to spread also in mice, in order to study RGS16 involvement in this pathogenesis we established a colony of RGS16 KO mice in TTU vivárium and we introduced several new technologies to study the immune system during activation. During year 2011, RGS16 KO mice were characterized with the aim to clarify the role of this regulator of G-protein signaling in immunity. Leukocyte composition and activation were analyzed. In addition, two pathological situations were analyzed in order to assess the impact of RGS16 during immunological challenge. PCV2 virus was used as a model of infection, whereas histocompatible melanoma was chosen for the estimation of cancer progression.

In order to study RGS16 and CD44 involvement in migration and specially intrathymic migration we generated a colony of dubble knock out (DKO) mice (RGS16 KO and CD44 KO) in TTU vivárium

We could show that in homeostasis the disruption of RGS16 does not induce drastic changes to the main leukocyte populations of the secondary lymphoid organs However, RGS16 KO splenocytes produce larger amounts of KC in response to LPS than their WT counterparts (Saar, 2011, master thesis), implying an involvement for RGS16 in the regulation of KC synthesis/secretion. Our results indicate that PCV2 genome copy number is much higher in RGS16 KO mice thymus compared to WT (Pahtma et al., 2011) as well as some other tissues. Importantly,this observation indicates that RGS16 inhibits viral replication or virally induced apoptosis. Using this model we could show that PCV2 virus that in monoinfections is hardly pathogenic acquires enormous spreading capacities in co-infection with bacteria (Pahtma et al 2011, manuscript in preparation). It was uncovered that tumor progression is promoted in RGS16 KO mice, alluding a significance for RGS16 in the anti-tumoral immune response (Pahtma, 2011, master thesis).

Infection and disease is a complex interplay of which many factors are still unknown.
Concerning PCV2 we propose that this immune suppressive virus opens up for another, normally quite harmless bacteria or virus. In this case a “normal” viral infections the host may not be able to respond properly, and the disease becomes quite serious.

It was uncovered that tumor progression is promoted in RGS16 KO mice, alluding a significance for RGS16 in the anti-tumoral immune response (Pahtma, 2011, master thesis).

In addition to PCV2 studies, we could establish that both humans and pigs had been infected by the H1N1 virus during pandemi 2009-2010 often in absence of clinical signs, which may indicate that an attenuated virus was circulated in the Estonian population during this period (Saar et al., 2012). ELISA and HI methods were used to screen both Estonian human and porcine blood samples from different origins for the presence of anti-H1N1 (Influenza A ) antibodies.

Completed projects

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2020
1.1.
2019
1.1.
2019
1.1.
2018
5.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
5.2.
2016
1.1.
2015
1.1.
2014
5.2.
2014
5.2.
2014
1.1.
2013
1.2.
2013
5.1.
2013
5.2.
2013
5.2.
2013
1.1.
2012
2.3.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
5.2.
2011
6.3.
2011
6.7.
2011
1.3.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.2.
2009
3.1.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
5.2.
2007
5.2.
2007
1.1.
2006
5.2.
2006
1.1.
2005
5.2.
2005
1.1.
2003
1.1.
2003
6.3.
2003
1.1.
2002
1.1.
2000
1.1.
1996
3.4.
1985
20.01.2020
12.04.1958
+372 6204447
+372 53099557
sirje.boudinot@gmail.com
endine perekonna nimi Timmusk

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2018–...   
Tallinna Tehnikaülikool, Loodusteaduskond, Keemia ja biotehnoloogia instituut, sihtrahastusega vanemteadur (0,75)
01.01.2017–...   
Tallinna Tehnikaülikool, Loodusteaduskond, Keemia ja biotehnoloogia instituut, Dotsent (0,25)
01.01.2017–31.12.2017   
Tallinna Tehnikaülikool, Loodusteaduskond, Keemia ja biotehnoloogia instituut, Vanemteadur (0,75)
01.04.2008–31.12.2016   
Tallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond, Geenitehnoloogia instituut, Molekulaardiagnostika õppetool, Vanemteadur (0,75)
2008–2014   
Vähiuuringute Tehnoloogia Arenduskeskus AS, Immunoloog (0,20)
01.01.2004–31.12.2007   
SLU Molekulaarsete Bioteaduste osakond, Immunoloogia tööruhm, teadlane
2003–31.12.2016   
Tallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond, Geenitehnoloogia instituut, Molekulaardiagnostika õppetool, Dotsent (0,25)
01.01.2002–31.12.2004   
SLU Molekulaarsete Bioteaduste osakond, Immunoloogia tööruühm, doktorantuuri järelôpe
01.01.1996–31.12.2002   
Uppsala Ülikool, ICM, doktorand
01.01.1981–31.12.1996   
Eesti TA Mereinstituut, teadur
 
 
Haridustee
1996–2002   
Uppsala Ülikool, ICM, molekulaarse immunoloogia, doktorand
1976–1981   
Tartu Riiklik Ülikool, bioloogia
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2015−...   
Tartu Ülikooli välise eksperdina arstiteaduskonna komisjonis, vanemteaduri eksperdikomisjonis
2014−...   
kahe doktoritöö teaduskonna väline referee
2006−...   
Eesti Immunoloogide ja Allergoloogide Selts (EIAS)
2004−...   
TTÜ GTIs toimuvate kaitsmiste komitee liige ja oponent
2003−...   
1995−...   
Arengulise ja võrdleva Immunoloogia Selts (ICDCI )
1978−...   
Eesti Looduseuurijate Selts (ELUS)
2008−2009   
Teaduskonna nôukogu liige
 
 
Loometöö
2008 Külalisteadlane Pastööri Instituudis Pariisis (Tsütokiinide ja inflammatsiooni osakonnas) akadeemilise vahetuse ja õppetöö parandamise EU projekti raames
2016 Külalisteadlane Orsay Ülikoolis, Pariisis Erasmus + Staff mobility raames.
 
 
Lisainfo
Pedagoogilise töö kvalifikatsioon

1981. aastal lõpetasin Tartu Riikliku Ülikooli kombineeritud diplomiga: merebioloogia magister ja bioloogia – keemia õpetaja keskkooli tasemel. 1980. aastal töötasin Laeva keskkoolis bioloogiaõpetajana.

1996-2001 Uppsala Ülikooli doktorandina oli mul kohustus osaleda iga-aastase immunoloogia magistriõppe kursuse korraldamisel ja läbiviimisel. (10EAP, tsükkelõppena 2 kuud, 8 tundi päevas). Planeerisin, organiseerisin ja hindasin laboratoorseid töid ning andsin immunoloogia ainesse sissejuhatavaid loenguid (28-60 tudengile). Lisaks sellele viisin ma sisse uue laboratoorse töö monoklonaalsete antikehade tegemisest ja skriinimisest (1999 ja 2000 aasta sügisel).

2002. aastal pidasin iga-aastasel Uppsala ülikooli magistritaseme immunoloogia kursusel immuunsüsteemi evolutsiooni loenguid.

2002-2004 korraldasin Uppsala Põllumajandusülikoolis veternaarse immunoloogia kursust. Selle kursuse raames andsin loeguid ja korradasin ümber immunoloogia praktikumi eksperimentaalse ja aruandluse osa. Tavaliste kirjalike aruannete asemel korraldasime suulise vastamise seminari vormis. Kursuse lõpus kokkuvõtva seminari korraldamine on väga efektiivne meetod nii tudengite teadmiste hindamiseks kui ka teiste tudengite kaasamiseks arutelusse kaasamiseks.

2003-2005. Alustasin Tallinna Tehnikaülikooli Geenitehnoloogia Instituudis immunoloogia baaskursuse õpetamist. Planeerisin, viisin läbi ja hindasin immunoloogia praktikume ning lugesin loenguid.

2004. aastal õpetasin Kaunases Leedu Veterinaarakadeemias Rakubioloogia ning rakukultuuri meetodite kursusel ”Methods in cell biology and cell culturing science” magistriõppe üliõpilastele immuunsüsteemi evolutsiooni ning viiruse ja raku vahelisi interaktsioone.

2005. aastal planeerisin ja viisin läbi Tallinna Tehnikaülikoolis PhD kursuse teemal “Immuunspetsiifilisus ja patogeenide äratundmine “oma” tolerantsi tingimustes”.

2008. aastal osalesin projekti „Eesti ülikoolide akadeemilise personali enesetäiendussüsteemi loomine“ raames toimuval viiekuulisel enesetäiendamisel (IN7016, 1.0101.01-0480) Pariisis Pasteuri Instituudis Tsütokiinide ja Infektsioonide osakonnas. Seal olles osalesin molekulaarse immunoloogia kursuse planeerimisel.

2006- 2012 ( kestev). Andsin magistriõppe tudengitele molekulaarse immunoloogia loenguid ja viisin läbi praktikume Tallinna Tehnikaülikoolis ( Immunoloogia II ; 4 nädalat ja 4 ainepunkti). Immunoloogia I (bakalaureuse tase) kursusel andsin igal aastal 4-5 valitud loengut.

2008-2012 ( kestev). Molekulaarse diagnostika praktilise kursuse organiseerimine Tallinna Tehnikaülikoolis.

2011 organiseerisin ja viisin läbi koos kahe prantsuse õppejõuga Tallinna Tehnikaülikoolis PhD kursuse teemal “Immuunregulatsioon: Tsütokiinid ja Interferoonid” (8EAP) . Kursus oli väga populaarne, osalesid ka tudengid Tartu Ülikoolist.

2012 olin kutsutud spetsiaalse immunoloogia lektor praktiseerivatele arstidele (neuroloogid ja silmaarstid).
;
populaarteaduslik artikkel ajalehes Postimees;
Rahvusvaheliste Phd kursuste organiseerimine ja läbi viimine
2005: Immune repertoire and autoimmunity
2011: Cytokine and immuneregulation
2013: Tolerance and autoimmunity;

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2018, Sirje Rüütel Boudinot, 2018 diploma from the Estonian National Institute for Health Development (NIHD) and Union of Estonian Psychologists for supervising Jakob Heinrich Tuubel, whos study “Exploring gender-specific pain sensitivity” was winning 2 awards
2015, Sirje Rüütel Boudinot, 2015, Sirje Rüütel Boudinot, diploma from the Estonian Ministry of Education and Research for supervising J. Suurväli research paper (PhD theses), the second award winner of a state contest
2010, Sirje Rüütel Boudinot, Haridus ja Teadusministeeriumi tänukiri Sirje Rüütel Boudinot’le Merle Saaremäe juhendamise eest, kes pälvis 2010 aastal üliõpilaste teadustööde riiklikul konkursil terviseuuringute valdkonnas magistriõppe üliõpilaste astmes 1. preemia.
 
 
Teadustöö põhisuunad
ETIS KLASSIFIKAATOR: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.16. Biotehnoloogia (loodusteadused ja tehnika); TÄPSUSTUS: molekulaarne immunolaagia, molekulaardiagnostika
ETIS KLASSIFIKAATOR: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.16. Biotehnoloogia (loodusteadused ja tehnika)
ETIS KLASSIFIKAATOR: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.16. Biotehnoloogia (loodusteadused ja tehnika); CERCS KLASSIFIKAATOR: T490 Biotehnoloogia ; TÄPSUSTUS: Uurimisvaldkonnad: Loodusteadused ja tehnika, biotehnoloogia, molekulaarne immunoloogia ja molekulaarne diagnostika.
 
 
Lisainfo
Minu aktiivne teaduslik tegevus algas 1996 aastal, mil ma alustasin doktorandina Uppsala Ülikoolis. Seal arenes välja minu sügavam huvi immunoloogia ja võrdleva immunoloogia vastu. Doktorikraadi kaitsesin 2002. aastal Uppsala Ülikoolis prof. Lars Pilströmi juhendamisel. Kuna prof. Pilström oli väga huvitatud immuoloogia paljudest aspektidest, sain temalt väärtuslikku nõu nii teadusliku töö planeerimisel kui ka artiklite kirjutamisel. Oma PhD perioodil algatasin kaks rahvusvahelist koostööprojekti, mis viisid ühiste publikatsioonideni. Pärast doktorikraadi kaitsmist ühinesin järeldoktorina prof. Gunnar Alm’i Immunoloogia grupiga Rootsi Põllumajandusülikoolis. Minu peamine uurimisteemaks selles grupis oli peremehe ja patogeenide vaheliste interaktsioonide uurimine sigade tsirkoviirus tüüp 2 (PCV2) mudelil. PCV2 on väike üheahelaline viirus, mis põhjustab sigadel ülemaailmselt tõsist patoloogiat ning sellega ühtlasi ka suurt majanduslikku kahju. Akuutse tsirkoviiruse infektsiooni järel kujuneb sigadel välja immuunpuudlikkus ning nad nakatuvad sekundaarsetesse infektsioonidesse. Minu uurimustöös selgitasime välja mitmed PCV2 viiruse ja peremehe vahelised interaktsioonid (Timmusk et al., 2006), kirjeldasime PCV2 genotüüpe (Timmusk et al., 2008) ja CpG motiivi struktuurist sõltuvat IFNa tootmist (Hasslung et al., 2007).
Võtsin osa Rootsi – Ungari koostöö raames PCV2 diagnostilise QPCRi väljatöötamisest (Balint et al., 2009).
2008 aastal oli mul EU projekti raames võimalus külastada välisteadlasena Pasteuri Instituuti Pariisis. See 5-kuuline visiit lõppes tulevase tiheda vastastikuse koostöö väljakujunemisega prof Jean Marc Cavailloniga- tsütokiinide ja põletiku osakonna juhatajaga.
Alates 2009. aastast on mul õnnestunud rajada Tallinna Tehnikaülikooli molekulaarse immunoloogia töörühm. Me näitasime, et sigade G-valgu regulaatorvalk 16 (RGS16) seondub viiruse valgule ORF3 (Timmusk, et al 2008; Timmusk et al., 2009) ning et just see interaktsioon on viiruse poolt kujundatud patogeneesi põhjuseks. RGS16 on raku negatiivne regulaator, mis reguleerib immuunrakkude migratsiooni, rakkude liikumist ja tsütoskeleti muutusi. Oleme näidanud, et RGS16 on inimese monotsüütides indutseeritud interferooni poolt (Suurväli et al., 2009) ning see korreleerub CD14, C5aR, IL-1β ja IL-6 ekspressiooniga. Osaline RGS16 mahasurumine vähendab CD14 ja C5aR transkriptsiooni ja IL-1β ning IL-6 produktsiooni (Suurväli et al., 2009). Me tegime kindlaks TLR agonistid, mis põhjustasid proinflammatoorsete tsütokiinide tootmist (Suurväli et al., 2010) ning RGS16 mahasurumise mõju sellele (Pahtma et al., 2010).
Kuna PCV2 nakatab monotsüüte, siis viirusepoolne G-valgu regulaatori tabandamine põhjustab ka häireid nende rakkude migratsioonis. RGS16 osa viirusvastuses pole varem näidatud ning see võib olla põhimõtteliselt uus varem kirjeldamata patoloogiline mehhanism.

Ülaltoodud oletust kinnitab RGS16 asukoht genoomis, mis on konserveerunud paljudel selgroogsetel. RGS16 asub genoomis RNAseL kõrval ning RNAseL on indutseeritav interferooni poolt. Seega aktiveerib viirusinfektsioon ka RGS16 ekspressiooni. See avastus pani meid uurima ka selgrootute loomade vastavaid lookuseid. Praeguseks oleme välja selgitanud, et RGS16-ga piirnev ala on osa MHC paraloogist, mis on ilmne viide aslaolule, et RGS16 on seotud patogeenide vastase immuunvastusega. Huvitaval kombel on RGS geenid otseselt seotud MHC evolutsiooniga. Esimene pool sellest tööst on kirjutatud publikatsiooniks.

Kuna PCV2 on patogeenne ainult sigadele, kuigi on võimeline paljunema ka hiirtes, rajasime TTÜ GTI vivaariumisse RGS16 KO hiirte koloonia. 2011. aastal uurisime RGS16 KO hiirte immuunvastust, kasutades viirusinfektsiooni ja koesobivat melanoomi. Näitasime, et kui homoöstaasis pole KO ja WT leukotsüütide populatsioonides olulisi erinevusi, siis immunreaktsiooni käigus need ilmnevad. Samuti toodavad RGS16 KO hiired rohkem kemokiini CXCR8 (Saar, 2011, magistritöö), näidates RGS16 seost IL8 produktsiooniga. PCV2 genoomi koopiate arv on oluliselt kõrgem akuutse PCV2 infektsiooni käigus RGS16 KO hiirtel võrreldes WT hiirtega (Pahtma et al., 2011), mis näitab, et RGS16 võib osaleda ka viiruse poolt indutseeritud apoptoosi tekkes. Näitasime ka, et kui monoinfektsioonides on PCV2 nõrgalt patogeenne, siis patogeensus kumuleerub koinfektsioonidega (Pahtma et al., 2011, käsikiri). Näitasime, et RGS16 KO hiirtel arenevad transplanteeritud kasvajad tunduvalt kiiremini (Pahtma, 2011, magistritöö).

Et uurida nii RGS16 kui CD44 mõju immuunrakkude migratsioonile, eriti tüümuse sisesele migratsioonile rajasime TTÜ GTI vivaariumisse RGS16 ja CD44 topelt puuduva geeni (DKO) hiirte koloonia.

Meil on alust arvata, et eelnev PCV2 infektsioon avab tee normaalses olukorras ohutute bakterite ja viiruste patogeensuseks. Sellises olukorras ei arene normaalne immuunvastus välja ning koinfektsioonid põhjustavad tõsist patoloogiat.

Lisaks PCV2 alastele uuringutele näitasime, et nii inimesed kui sead olid 2009 aasta gripiepideemia ajal Eestis rohkem tabandunud kui arvati, ning seda sageli ilma haiguse tüüpiliste kliiniliste tunnnusteta. See viitab asjaolule, et Eestis võis olla tegemist nõrgenenud gripiviirusega (Saar et al., 2012). Kasutasime nii ELISA kui HI meetodit, et määrata doonorite ja patientide verest H1N1 (Influenza A ) vastaseid antikehi.
Aastatel 2013-2016 tegelesime RGS16 lookuse kirjeldamisega, anvaldasime kaks teadusartiklit kus kirjeldasime esmakordselt inimese immuunsüsteemi toimiseks üliolulise MHC genoomipiirkonna ürgset päritolu vägagi algelise naastlooma ning selgroogsete ühises esivanemas. Ühtlasi näitasime RGS16 tähtsust põletikuliste protsesside regulatsioonis.
Aastatel 2016-2018 oleme iseloomustanud inoonkanali P2X4 rolli leukotsüütide bioloogias ja põletikus. P2X4 retseptor on ATP- aktiveeritav ioonkanal, ekspresseeritud neuronites, endoteelis ja immuunrakkudes, vahendab neuropaatilist ja põletikulist valu, insuldi kahjustusi jt patoloogiaid.
Kasutades P2X4 vastaseid monoklonaalseid antikehi, mis me valmistasime, oleme näidanud, et P2X4 ekspressiooni tase on seotud soolisusega. Me uurime P2X4 ekspressiooni rakkude tasakaalu olekus ja aktivatsiooni järgselt. Vaatame, kuidas selle retseptori üleekspressioon või inhibitsioon (antagonisti või konditsionaalse mutandi kaudne) mõjutab leukotsüütide funktsioone. Kuna etanool seondub P2X4 retseptorile, analüüsime selle mõju P2X4 signalisatsioonile leukotsüütides. Uurime P2X4 osalust hulgiskleroosi patoloogias ja selle loom-mudelis EAE-s, võrreldes metsiktüüpi P2X4 mutandiga. Samuti otsime korrelatsioone P2X4 polümorfismi ja patoloogiate vahel, kasutades “1000 Human Genomes” ja Eesti Geenivaramu andmeid.


Lõppenud projektid

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2020
1.1.
2019
1.1.
2019
1.1.
2018
5.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
5.2.
2016
1.1.
2015
1.1.
2014
5.2.
2014
5.2.
2014
1.1.
2013
1.2.
2013
5.1.
2013
5.2.
2013
5.2.
2013
1.1.
2012
2.3.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
5.2.
2011
6.3.
2011
6.7.
2011
1.3.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.2.
2009
3.1.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
1.1.
2007
1.1.
2007
5.2.
2007
5.2.
2007
1.1.
2006
5.2.
2006
1.1.
2005
5.2.
2005
1.1.
2003
1.1.
2003
6.3.
2003
1.1.
2002
1.1.
2000
1.1.
1996
3.4.
1985
20.01.2020

Search project

  • {{item.Name}}
Institution is projects' financier   Institution is projects' executor  
  • {{searchListItem.Name}}
All   Projects   Master projects   Subprojects  
New Frascati (2015)
Old and new Frascati
All
Ongoing
Finished
Beginning
Fuzzy
Precise
  • Found 13 results
ProgramTypeNumberNameProject startProject endPrincipal investigatorInstitutionFinancing
MUU1.7. (EU30013)Anticancer vaccines based on Plant Virus Coat Protein Virus Like Particles01.07.200930.06.2015Ivar JärvingCompetence Center for Cancer Research166 170,29 EUR
MUU438LAntibodies22.12.200331.12.2006Lilian JärvekülgTallinn University of Technology ; Tallinn University of Technology , Faculty of Science, Department of Gene Technology, Chair of Molecular Diagnostics11 040,74 EUR
PUT; PUT_OPPUT685Impact of G protein signaling regulation in autoimmune pathologies of the central nervous system, focusing on Multiple Sclerosis.01.01.201531.12.2018Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology , Faculty of Science; Tallinn University of Technology , School of Science, Department of Chemistry and Biotechnology225 292,00 EUR
SFSF0222601Cs03Immunological methods in molecular diagnostics and treatment of cancer01.01.200331.12.2007Lilian JärvekülgTallinn University of Technology , Faculty of Science32 147,56 EUR
ETFETF5931PVA as a model system for structural and functional characteristics of potyviruses and plant virus based vaccine design.01.01.200431.12.2007Lilian JärvekülgTallinn University of Technology , Faculty of Science42 879,60 EUR
ETFETF8914Immune regulation via RGS1601.01.201131.12.2014Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology , Faculty of Science56 616,00 EUR
SFSF0222604s03Expression and function of plant and plant virus genes01.01.200331.12.2007Erkki TruveTallinn University of Technology , Faculty of Science218 130,45 EUR
SFSF0140066s09Biology and vaccinology of circovirus01.01.200931.12.2014Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology , Faculty of Science475 082,37 EUR
ETFETF7601Impact of the circovirus ORF3 binding to a regulator of G-protein signaling, RGS16, on viral pathogenesis and immune cell migration01.01.200831.12.2010Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology , Faculty of Science53 299,25 EUR
MUUBF89Fundamental and apply studies of circoviruses01.01.200831.12.2008Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology ; Tallinn University of Technology , Faculty of Science, Department of Gene Technology, Chair of Molecular Diagnostics63 055,23 EUR
SFSF_0222601As03Molecular biology of cancer: molecular mechanisms and biomedical applications01.01.200331.12.2007Priit KogermanTallinn University of Technology , Faculty of Science0,00 EUR
SFSF0222601As03Molecular Biology of Cancer: molecular mechanisms and biomedical applications01.01.200331.12.2007Priit KogermanTallinn University of Technology , Faculty of Science518 195,64 EUR
APSF0140066s09APVäikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine teadusteema SF0140066s09 raames01.01.201031.12.2011Sirje Rüütel BoudinotTallinn University of Technology , Faculty of Science20 109,16 EUR