Niilo Kaldalu

19.11.1963
+372 737 4846
niilo.kaldalu@ut.ee

Kvalifikatsioon

Teaduspreemiad ja tunnustused
1996, Niilo Kaldalu, Euroopa Mikrobioloogiaühingute Föderatsiooni noore teadlase stipendium tööks Hispaania Rahvuslikus Biotehnoloogiakesuses Madriidis
 
 
Lisainfo
filosoofiadoktor
Tartu Ülikool, 2000

Niilo Kaldalu

19.11.1963
+372 737 4846
niilo.kaldalu@ut.ee

Career

Institution and position
01.01.2016–...    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Technology, Senior Researcher (1,00)
1987-1994 junior research associate and research associate; Tartu University, department of genetics
2001 postdoctoral research associate, Tufts University, Medford MA,
2001-2003 postdoctoral research associate, Northeastern University, Boston MA, department of biology
2004 Research associate; Tartu University, Institute of Technology
2005 senior scientist; Tartu University, Institute of Technology
01.09.2015–31.12.2015    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
01.05.2013–31.08.2015    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
01.09.2010–30.04.2013    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
01.01.2010–31.08.2010    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Researcher (1,00)
01.01.2008–31.12.2009    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, Senior Researcher (1,00)
01.01.2005–31.12.2007    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, molekulaarbioloogia vanemteadur (1,00)
2004–2004    University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, erakorraline teadur (1,00)

Qualifications

 
 
Honours & awards
1996, Niilo Kaldalu, FEMS Young Scientist Award
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.2. Microbiology; CERCS SPECIALTY: B230 Microbiology, bacteriology, virology, mycology ; SPECIALITY: Antibiotics
 
 
Additional information
PhD
Tartu University, 2000

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2013
3.1.
2013
6.2.
2013
1.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2008
1.1.
2006
3.1.
2005
1.1.
2004
1.1.
2004
1.1.
2004
  • Leitud 7 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
SFSF0182564s03Antibiootikumide toimemehhanismid01.01.200331.12.2007Tanel TensonTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut317 960,45 EUR
IUTIUT2-22Antibiootikumide toimemehhanismid ja antibiootikumiresistentsus01.01.201331.12.2018Tanel TensonTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut840 000,00 EUR
SFSF0180166s08Antibiootikumide toimemehhanismid ja antibiootikumiresistentsuse levik01.01.200831.12.2012Tanel TensonTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut558 335,96 EUR
ETFETF9020Mitokondri translatsiooni initsiatsioonifaktorite levik, funktsioon ja evolutsioon uurituna in silico, in vitro ja in vivo meetodite abil01.01.201231.12.2015Gemma AtkinsonTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut69 600,00 EUR
ETFETF8822Toksiini-antitoksiini süsteemid kui geeniaktiivsuse regulaatorid01.01.201131.12.2014Niilo KaldaluTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut48 000,00 EUR
ETFETF6764Toksiinid-antitoksiinid ja bakterite antibiootikumitolerantsus01.01.200631.12.2009Niilo KaldaluTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond26 291,92 EUR
ETFETF6768Translatsioon stressis kahjustuste eest kaitsvate geenide funktsioonid01.01.200631.12.2009Tanel TensonTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond46 396,14 EUR
  • Leitud 19 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Mets, Toomas; Lippus, Markus; Schryer, David; Liiv, Aivar; Kasari, Villu; Paier, Anton; Maiväli, Ülo; Remme, Jaanus; Tenson, Tanel; Kaldalu, Niilo (2017). Toxins MazF and MqsR cleave Escherichia coli ribosomal RNA precursors at multiple sites. RNA Biology, 00, 10.1080/15476286.2016.1259784 [ilmumas].1.1.
Kaldalu, Niilo; Jõers, Arvi; Ingelman, Henri; Tenson, Tanel (2016). A General Method for Measuring Persister Levels in Escherichia coli Cultures.. Methods in molecular biology, 1333, 29−42, 10.1007/978-1-4939-2854-5_3.1.1.
Allas, Ü.; Toom, L.; Selyutina, A.; Mäeorg, U.; Medina, R.; Merits, A.; Rinken, A.; Hauryliuk, V.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2016). Antibacterial activity of the nitrovinylfuran G1 (Furvina) and its conversion products. Scientific Reports, 6, 36844, 10.1038/srep36844.1.1.
Kaldalu, Niilo; Hauryliuk, Vasili; Tenson, Tanel. (2016). Persisters-as elusive as ever. Applied Microbiology and Biotechnology, x−x, 10.1007/s00253-016-7648-8.1.1.
Kasari, V.; Mets, T.; Tenson, T.; Kaldalu, N. (2013). Transcriptional cross-activation between toxin-antitoxin systems of Escherichia coli. BMC Microbiology, 13 (45), 45, 10.1186/1471-2180-13-45.1.1.
Kaldalu, Niilo; Kasari, Villu; Atkinson, Gemma; Tenson, Tanel (2013). Type II Toxin-Antitoxin Loci: The Unusual mqsRA Locus. In: Kenn Gerdes (Ed.). Prokaryotic Toxin-Antitoxins (93−105). Springer Heidelberg.3.1.
Tenson, Tanel; Kaldalu, Niilo; Tenhunen, Antero; Hain, Elmar; Venäläinen, Juha; Tihtarinen-Ulmanen, Marja; Holopainen, Mervi; Sotkas, Panu; Happonen, Päivi (2013). Bioloogia gümnaasiumile, III. . Avita.6.2.
Luidalepp H, Jõers A, Kaldalu N, Tenson T. (2011). Age of inoculum strongly influences persister frequency and can mask effects of mutations implicated in altered persistence. Journal of Bacteriology, 193 (14), 3598−3605.1.1.
Kasari, V.; Kurg, K.; Margus, T.; Tenson, T.; Kaldalu, N. (2010). The Escherichia coli mqsR and ygiT genes encode a new toxin-antitoxin pair. Journal of Bacteriology, 192 (11), 2908−2919, 10.1128/JB.01266-09.1.1.
Jõers, A.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2010). The frequency of persisters in Escherichia coli reflects the kinetics of wake-up from dormancy. Journal of Bacteriology, 3379−3384.1.1.
Roostalu, J.; Jõers, A.; Luidalepp, H.; Kaldalu, N.; Tenson, T. (2008). Cell division in Escherichia coli cultures monitored at single cell resolution. BMC Microbiology, 8 (68), 68, 10.1186/1471-2180-8-68.1.1.
Shah, D.; Zhang, Z.; Khodursky, A.B; Kaldalu, N.; Kurg, K.; Lewis, K. (2006). Persisters: a distinct physiological state of E. coli. BMC Microbiology, 6, art. no. 53.1.1.
Lewis, K.; Spoering, A.; Kaldalu, N.; Keren, I.; Shah, D. (2005). Persisters: Specialized Cells Responsible For Biofilm Tolerance To Antimicrobial Agents. In: Pace, J.; Rupp, M.E.; Finch, R.G. (Ed.). Biofilms, Infection, and Antimicrobial Therapy (241−256). Boca Raton, London, New York, Singapore: Taylor & Francis.3.1.
Kaldalu, Niilo; Mei, Rui; Lewis, Kim (2004). Killing by Ampicillin and Ofloxacin Induces Overlapping Changes in Escherichia coli Transcription Profile. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 48 (3), 890−896.1.1.
Keren, Iris; Kaldalu, Niilo; Spoering, Amy; Wang, Yipeng; Lewis, Kim (2004). Persister cells and tolerance to antimicrobials. FEMS Microbiology Letters, 230 (1), 13−18.1.1.
Keren, Iris; Shah, Devang; Spoering, Amy; Kaldalu, Niilo; Lewis, Kim (2004). Specialized Persister Cells and the Mechanism of Multidrug Tolerance in Escherichia coli. Journal of Bacteriology, 186 (24), 8172−8180.1.1.
Kaldalu, N.; Lepik, D.; Kristjuhan, A.; Ustav, M. (2000). A Novel Immunotag System for Monitoring and Purification of Proteins. Biotechniques, 28 (3), 456−462.1.1.
Kaldalu, N.; Toots, U.; de Lorenzo, V.; Ustav, M. (2000). Functional domains of the TOL plasmid transcription factor XylS. Journal of Bacteriology, 182 (4), 1118−1126.1.1.
Kaldalu, N.; Mandel, T.; Ustav, M. (1996). TOL plasmid transcription factor XylS binds specifically to the Pm operator sequence. Molecular Microbiology, 20 (3), 569−579.1.1.
  • Leitud 7 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Bacterial toxin-antitoxin systems: transcriptional cross-activation and characterization of a novel mqsRA systemKasari, VilludoktorikraadNiilo KaldaluKaitstud2013Tartu Ülikool
Escherichia coli ygiUT lookuse geeniekspressiooni uurimineKasari, VillumagistrikraadNiilo KaldaluKaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Fenotüübiline varieeruvus Escherichia coli populatsioonides vastusena antibiootikumideleSaarmäe, RiinmagistrikraadNiilo KaldaluKaitstud2007Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Klooramfenikooli ja tetratsükliini mõju Esherichia coli statsionaarse faasi kultuurilePerelejeva, InnamagistrikraadNiilo Kaldalu; Ülo MaiväliKaitstud2010Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, Geograafia osakond
Toksiini YgiU üleekspressioonist põhjustataud muutused Escherichia coli rakkudesKurg, KristimagistrikraadNiilo KaldaluKaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Toksiinide-antitoksiinide regulatoorne võrgustikMets, ToomasdoktorikraadNiilo KaldaluJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut
Uurimus Escherichia coli toksiin-antitoksiin süsteemidestMets, ToomasmagistrikraadNiilo Kaldalu; Villu KasariKaitstud2012Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
  • Leitud 2 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutisPCT/EE01/0000126.02.2001Rahvusvaheline (IPC) Peptide tag for monitoring and purification of proteinsMart Ustav; Niilo Kaldalu; Reet KurgQuattromed OÜ
Patentne leiutisUS200317061526.02.2001Rahvusvaheline (IPC)Peptide tag for monitoring and purification of proteinsMart Ustav; Reet Kurg; Niilo KaldaluQuattromed AS