Kessy Abarenkov

18.12.1980
737 6175
kessy.abarenkov@ut.ee

Career

Institution and position
01.09.2012–31.12.2013    University of Tartu, University of Tartu Museum, Research Fellow (1,00)
01.01.2005–31.07.2007    University of Tartu, Faculty of Biology and Geography, Institute of Botany and Ecology, Specialist (0,50)
2004–2004    University of Tartu, Faculty of Biology and Geography, Institute of Botany and Ecology, arvutispetsialist (0,50)

Qualifications

 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.12. Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Economic and Technological Research relating to Bio- and Environmental Sciences; CERCS SPECIALTY: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.4. Ecology, Biosystematics and -physiology
 
 
Additional information
Main fields of research:
Biological and bioinformatics, database and system development, fungal barcoding and identification.
International activities:
Technical Committee of the DINA consortium (http://www.dina-project.net/), representative
UNITE (https://unite.ut.ee), Board member
COST Action CA15219 (DNAqua-Net), workgroup leader


Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
6.8.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
6.8.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.2.
2013
1.1.
2012
1.2.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2008
1.2.
2006
1.1.
2005

Kessy Abarenkov

18.12.1980
737 6175
kessy.abarenkov@ut.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.09.2012–31.12.2013    Tartu Ülikool, muuseum, teadur (1,00)
01.01.2005–31.07.2007    Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Botaanika ja ökoloogia instituut, arvutispetsialist (0,50)
2004–2004    Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Botaanika ja ökoloogia instituut, arvutispetsialist (0,50)

Kvalifikatsioon

 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud; CERCS ERIALA: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.4. Ökoloogia, biosüstemaatika ja -füsioloogia
 
 
Lisainfo
Teadustöö põhisuunad: elurikkuse informaatika, seente triipkoodistamine, seotud andmebaaside ja süsteemide arendus.

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
6.8.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
6.8.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.2.
2013
1.1.
2012
1.2.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
6.3.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2008
3.3.
2008
1.2.
2006
1.1.
2005
  • Leitud 11 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
ETFETF7434Aafrika ektomükoriisat moodustavate seente ökoloogia ja biogeograafia01.01.200831.12.2011Leho TedersooTartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond71 043,20 EUR
EMPEMP265Arktika seenestiku määramine elurikkuse informaatika vahenditega03.09.201331.08.2016Leho TedersooTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond270 000,00 EUR
MUUSP2RT14010Eesti DataCite platvormi loomine01.01.201401.03.2015Liisi LembinenTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Raamatukogu247 117,00 EUR
ETFETF8235Ektomükoriisat moodustavate seente ja peremeestaimede valitud taksonite koevolutsioon01.01.201031.12.2013Urmas KõljalgTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut67 492,28 EUR
MUUMP1LM12220REU-BON - Euroopa elurikkuse vaatluste võrgustiku loomine01.12.201231.05.2017Urmas KõljalgTartu Ülikool, Tartu Ülikooli loodusmuuseum ja botaanikaaed, Tartu Ülikooli Muuseumid, Loodusmuuseum221 080,00 EUR
TKTK131Globaalmuutuste ökoloogia looduslikes ja põllumajanduskooslustes01.01.201601.03.2023Martin ZobelTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Ökoloogia ja maateaduste instituut3 198 027,47 EUR
SFSF0182536As03Kand- ja kottseente (s.h. lihheniseerunud seente) valitud taksonite molekulaarne fülogenees, süstemaatika ja ökoloogia01.01.200331.12.2007Urmas KõljalgTartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond283 256,43 EUR
ETFETF6606Lehternahkiselaadsete (Thelephorales, Fungi) biogeograafia ja ökoloogia.01.01.200631.12.2009Urmas KõljalgTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond62 294,25 EUR
HLKHLK06-4Loodusteaduslike kogude veebipõhine andmebaas01.01.200631.12.2008Urmas KõljalgTartu Ülikool, Tartu Ülikooli loodusmuuseum ja botaanikaaed, Tartu Ülikooli Muuseumid47 509,23 EUR
SFSF0180153s08Mükoriisat ja samblikke moodustavate seente ökoloogia, taksonoomia ning biogeograafia spetsiifilised ja integreeritud küsimused.01.01.200831.12.2013Urmas KõljalgTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut681 835,04 EUR
IUTIUT20-30Suured andmemahud - uurimus seeneliikidest ja nende interaktsioonidest 01.01.201431.12.2019Urmas KõljalgTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Ökoloogia ja maateaduste instituut675 600,00 EUR
  • Leitud 41 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Kulik, Tomasz; Abarenkov, Kessy; Buśko, Maciej; Bilska, Katarzyna; van Diepeningen, Anne D.; Ostrowska-Kołodziejczak, Anna; Krawczyk, Katarzyna; Brankovics, Balázs; Stenglein, Sebastian; Sawicki, Jakub; Perkowski, Juliusz; (2017). ToxGen: an improved reference database for the identification of type B-trichothecene genotypes in Fusarium. PeerJ, 5, e2992, 10.7717/peerj.2992.1.1.
Abarenkov, K.; Adams, R.I.; Irinyi, L.; Agan, A.; Ambrosio, E.; Antonelli, A.; Bahram, M.; Bengtsson-Palme, J.; Bok, G.; Cangren, P.; Coimbra, V.; Coleine, C.; Gustafsson, C.; He, J.; Hofmann, T.; Kristiansson, E.; Larsson, E.; Larsson, T.; Liu, Y.; Martinsson, S. ... Nilsson, R.H. (2016). Annotating public fungal ITS sequences from the built environment according to the MIxS-Built Environment standard – a report from a May 23-24, 2016 workshop (Gothenburg, Sweden). MycoKeys, 16, 1−15, 10.3897/mycokeys.16.10000.1.1.
Garnica, Sigisfredo; Schön, Max Emil; Abarenkov, Kessy; Riess, Kai; Liimatainen, Kare; Niskanen, Tuula; Dima, Bálint; Soop, Karl; Frøslev, Tobias Guldberg; Jeppesen, Thomas Stjernegaard; Peintner, Ursula; Kuhnert-Finkernagel, Regina; Brandrud, Tor Erik; Saar, Günter; Oertel, Bernhard; Ammirati, Joseph F. (2016). Determining threshold values for barcoding fungi: lessons from Cortinarius (Basidiomycota), a highly diverse and widespread ectomycorrhizal genus. FEMS Microbiology Ecology, 1−42, 10.1093/femsec/fiw045.1.1.
Hibbett D, Abarenkov K, Kõljalg U, Öpik M, Chai B, Cole JR, Wang Q, Crous PW, Robert VARG, Helgason T, Herr J, Kirk P, Lueschow S, O’Donnell K, Nilsson H, Oono R, Schoch CL, Smyth C, Walker D, Porras-Alfaro A, Taylor JW, Geiser DM. (2016). Sequence-based classification and identification of Fungi. Mycologia, 108 (6), 1049−1068, 16-130.1.1.
Bahram, Mohammad; Kohout, Petr; Anslan, Sten; Harend, Helery; Abarenkov, Kessy; Tedersoo, Leho (2016). Stochastic distribution of small soil eukaryotes resulting from high dispersal and drift in a local environment. The ISME Journal, 10 (4), 885−896.10.1038/ismej.2015.164.1.1.
Nilsson, R.H., Wurzbacher, C., Bahram, M., Coimbra, V.R., Larsson, E., Tedersoo, L., Eriksson, J., Duarte, C., Svantesson, S., Sánchez-García, M., Ryberg, M.K. (2016). Top 50 most wanted fungi. MycoKeys, 12, 29−40, 10.3897/mycokeys.12.7553.1.1.
Tedersoo, L.; Bahram, M.; Cajthaml, T.; Põlme, S.; Hiiesalu, I.; Anslan, S.; Harend, H.; Buegger, F.; Pritsch, K.; Koricheva, J.; Abarenkov, K. (2016). Tree diversity and species identity effects on soil fungi, protists and animals are context-dependent. The ISME Journal, 10 (2), 346−362.10.1038/ismej.2015.116.1.1.
Kõljalg, U.; Tedersoo, L.; Nilsson, R.H.; Abarenkov, K. (2016). Digital identifiers for fungal species. Science, 352, 1182−1183, 10.1126/science.aaf7115.6.8.
Nilsson, R.H.; Tedersoo, L.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Hartmann, M.; Unterseher, M.; Porter, T.M.; Bengtsson-Palme, J.; Walker, D.M.; De Sousa, F.; Gamper, H.A.; Larsson, E.; Larsson, K.-H.; Kõljalg, U.; Edgar, R.C.; Abarenkov, K. (2015). A comprehensive, automatically updated fungal ITS sequence dataset for reference-based chimera control in environmental sequencing efforts. Microbes and Environments, 30 (2), 145−150.10.1264%2Fjsme2.ME14121.1.1.
Tedersoo, Leho; Anslan, Sten; Bahram, Mohammad; Põlme, Sergei; Riit, Taavi; Liiv, Ingrid; Kõljalg, Urmas; Kisand, Veljo; Nilsson, R. Henrik; Hildebrand, Falk; Bork, Peer; Abarenkov, Kessy (2015). Shotgun metagenomes and multiple primer pair-barcode combinations of amplicons reveal biases in metabarcoding analyses of fungi. MycoKeys, 10, 1−43.10.3897/mycokeys.10.4852.1.1.
Tedersoo, Leho; Ramirez, Kelly S.; Nilsson, R Henrik; Kaljuvee, Aivi; Kõljalg, Urmas; Abarenkov, Kessy (2015). Standardizing metadata and taxonomic identification in metabarcoding studies. GigaScience, 4 (34), 1−4.10.1186/s13742-015-0074-5.6.8.
Tedersoo, L.; Bahram, M.; Ryberg, M.; Otsing, E.; Kõljalg, U.; Abarenkov, K. (2014). Global biogeography of the ectomycorrhizal /sebacina lineage (Fungi, Sebacinales) as revealed from comparative phylogenetics analyses. Molecular Ecology, 23 (16), 4168−4183.10.1111/mec.12849.1.1.
Tedersoo, L.; Bahram, M.; Põlme, S.; Kõljalg, U.; Yorou, N.S.; Wijesundera, R.; Villarreal-Ruiz, L.; Vasco-Palacios, A.; Quang Thu, P.; Suija, A.; Smith, M.E.; Sharp, C.; Saluveer, E.; Saitta, A.; Ratkowsky, D.; Pritsch, K.; Riit, T.; Põldmaa, K.; Piepenbring, M.; Phosri, C. ... Abarenkov, K. (2014). Global diversity and geography of soil fungi. Science, 346 (6213), 1078.10.1126/science.1256688.1.1.
Nilsson, R. Henrik; Hyde, Kevin D.; Pawłowska, Julia; Ryberg, Martin; Tedersoo, Leho; Aas, Anders Bjørnsgard; Alias, Siti A.; Alves, Artur; Anderson, Cajsa Lisa; Antonelli, Alexandre; Arnold, A. Elizabeth; Bahnmann, Barbara; Bahram, Mohammad; Bengtsson-Palme, Johan; Berlin, Anna; Branco, Sara; Chomnunti, Putarak; Dissanayake, Asha; Drenkhan, Rein; Friberg, Hanna ... Abarenkov, Kessy (2014). Improving ITS sequence data for identification of plant pathogenic fungi. Fungal Diversity, 67 (1), 11−19.10.1007/s13225-014-0291-8.1.1.
Hartmann, Martin; Niklaus, Pascal A; Zimmermann, Stephan; Schmutz, Stefan; Kremer, Johann; Abarenkov, Kessy; Lüscher, Peter; Widmer, Franco; Frey, Beat (2014). Resistance and resilience of the forest soil microbiome to logging-associated compaction. The ISME Journal, 8 (1), 226−244, 10.1038/ismej.2013.141.1.1.
Veldre, V.; Abarenkov, K.; Bahram, M.; Martos, F.; Selosse, M.-A.; Tamm, H.; Kõljalg, U.; Tedersoo, L. (2013). Evolution of nutritional modes of Ceratobasidiaceae (Cantharellales, Basidiomycota) as revealed from publicly available ITS sequences<span class="Bold"></span>. Fungal Ecology, 6 (4), 256−268, 10.1016/j.funeco.2013.03.004.1.1.
Lindahl, Björn D.; Nilsson, R. Henrik; Tedersoo, Leho; Abarenkov, Kessy; Carlsen, Tor; Kjøller, Rasmus; Kõljalg, Urmas; Pennanen, Taina; Rosendahl, Søren; Stenlid, Jan; Kauserud, Håvard (2013). Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers – a user&#39;s guide. New Phytologist, 199 (1), 288−299, 10.1111/nph.12243.1.1.
Bengtsson-Palme, Johan; Ryberg, Martin; Hartmann, Martin; Branco, Sara; Wang, Zheng; Godhe, Anna; De Wit, Pierre; Sánchez-García, Marisol; Ebersberger, Ingo; de Sousa, Filipe; Amend, Anthony; Jumpponen, Ari; Unterseher, Martin; Kristiansson, Erik; Abarenkov, Kessy; Bertrand, Yann J. K.; Sanli, Kemal; Eriksson, K. Martin; Vik, Unni; Veldre, Vilmar ... Nilsson, R. Henrik (2013). Improved software detection and extraction of ITS1 and ITS2 from ribosomal ITS sequences of fungi and other eukaryotes for analysis of environmental sequencing data. Methods in Ecology and Evolution, 4 (10), 914−919, 10.1111/2041-210X.12073.1.1.
Blaalid, R.; Kumar, S.; Nilsson, R.H.; Abarenkov, K.; Kirk, P.M.; Kauserud, H. (2013). ITS1 versus ITS2 as DNA metabarcodes for fungi. Molecular Ecology Resources, 13 (2), 218−224, 10.1111/1755-0998.12065.1.1.
Kõljalg, Urmas; Nilsson, Henrik; Abarenkov, Kessy; Tedersoo, Leho; Taylor, Andy; Bahram, Mohammad; Bates, Scott; Bruns, Thomas; Bengtsson-Palme, Johan; O&#39;Callaghan, Tony; Douglas, Brian; Drenkhan, Tiia; Eberhardt, Ursula; Dueñas, Margarita; Grebenc, Tine; Griffith, Gareth; Hartmann, Martin; Kirk, Paul; Kohout, Petr; Larsson, Ellen ... Larsson, Karl-Henrik (2013). Towards a unified paradigm for sequence-based identification of Fungi. Molecular Ecology, 22 (21), 5271−5277.10.1111/mec.12481.1.1.
Hyde, K.D.; Udayanga, D.; Manamgoda, D.S.; Tedersoo, L.; Larsson, E.; Abarenkov, K., Bertrand, Y.; Oxelman, B.; Hartmann, M.; Kauserud, H.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Nilsson, R.H. (2013). Incorporating molecular data in fungal systematics: a guide for aspiring researchers. Current Research in Environmental and Applied Mycology, 3 (1), 1−32, 10.5943/cream/3/1/1.1.2.
Bengtsson, J.; Hartmann, M.; Unterseher, M.; Vaishampayan, P.; Abarenkov, K.; Durso, L.; Bik, E.M.; Garey, J.R.; Eriksson, K.M.; Nilsson, R.H. (2012). Megraft: a software package to graft ribosomal small subunit (16S/18S) fragments onto full-length sequences for accurate species richness and sequencing depth analysis in pyrosequencing-length metagenomes and similar environmental datasets. Research in Microbiology, 163, 407−412, 10.1016/j.resmic.2012.07.001.1.1.
Nilsson, R.H.; Tedersoo, L.; Abarenkov, K.; Ryberg, M.; Kristiansson, E.; Hartmann, M.; Schoch, C.L.; Nylander, J.A.A.; Bergsten, J.; Porter, T.M.; Jumpponen, A.; Vaishampayan, P.; Ovaskainen, O.; Hallenberg, N.; Bengtsson-Palme, J.; Eriksson, K.M.; Larsson, K.-H.; Larsson, E.; Kõljalg, U. (2012). Five simple guidelines for establishing basic authenticity and reliability of newly generated fungal ITS sequences. MycoKeys, 4, 37−62, 10.3897/mycokeys.4.3606.1.2.
Nilsson, RH; Veldre, V; Wang, Z; Eckart, M; Branco, S; Hartmann, M; Quince, C; Godhe, A; Bertrand, Y; Alfredsson, JF; Larsson, K-H; Kõljalg, U; Abarenkov, K. (2011). A note on the incidence of reverse complementary fungal ITS sequences in the public sequence databases and a software tool for their detection and reorientation. Mycoscience, 52 (4), 278−282, 10.1007/s10267-010-0086-z.1.1.
Tedersoo, L; Abarenkov, K; Nilsson, RH; Schüβler, A; Grelet, G-A; Kohout, P; Oja, J; Bonito, GM; Veldre, V; Jairus, T; Ryberg, M; Larsson, K-H; Kõljalg, U. (2011). Tidying up International Nucleotide Sequence Databases: ecological, geographical and sequence quality annotation of ITS sequences of mycorrhizal fungi. PLoS ONE, 6 (9), e24940, 10.1371/journal.pone.0024940.1.1.
  • Leitud 1 kirjet
NimetusAsutusVastutav isik
Mükoloogilised kogud (TU(M))Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli loodusmuuseum ja botaanikaaedAve Suija