See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus

Tõnis Tasa

https://www.etis.ee/CV/Tõnis_Tasa/est
30.10.1989
ttasa@ut.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
2021–...   
TBD-Biodiscovery OÜ, Äriarendusosakonna juhataja (1,00)
02.03.2016–30.04.2016   
Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut, teaduslik programmeerija (0,75)
01.01.2016–31.12.2016   
Tartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, bio- ja siirdemeditsiini instituut, spetsialist (0,25)
01.01.2016–01.03.2016   
Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut, teaduslik programmeerija (0,75)
01.02.2015–31.12.2015   
Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teaduslik programmeerija (0,75)
01.07.2014–31.01.2015   
Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teaduslik programmeerija (0,60)
01.05.2014–31.12.2015   
Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Mikrobioloogia instituut, spetsialist (0,25)

Kvalifikatsioon

Teaduskraadid
Tõnis Tasa, doktorikraad, 2019, (juh) Jaak Vilo; Lili Azin Milani; Tuuli Metsvaht, Bioinformatics Approaches in Personalised Pharmacotherapy (Bioinformaatika meetodid personaalses farmakoteraapias), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut.
Tõnis Tasa, magistrikraad, 2015, (juh) Priit Adler, Re-using public RNA-Seq data (Avalike RNA-Seq andmete taaskasutamine), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut.
 
 

Jooksvad projektid

Lõppenud projektid

Juhendamisel väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.3.
2022
Helgi Padari, Hiie Soeorg, Tõnis Tasa, Tuuli Metsvaht, Karin Kipper, Koit Herodes, Kersti Oselin, Maarja Hallik, Mari-Liis Ilmoja, Irja Lutsar (2022). Ampitsilliini farmakokineetika enneaegsetel ja ajalistel vastsündinutel esimesel elunädalal. Eesti Arst, 101 (2), 121−121.
1.1.
2021
Padari, Helgi; Soeorg, Hiie; Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Kipper, Karin; Herodes, Koit; Oselin, Kersti; Hallik, Maarja; Ilmoja, Mari-Liis; Lutsar, Irja (2021). Ampicillin Pharmacokinetics During First Week of Life in Preterm and Term Neonates. The Pediatric Infectious Disease Journal, 40 (5), 464−472. DOI: 10.1097/INF.0000000000003061.
1.1.
2020
Häppölä, Paavo; Havulinna, Aki S; Tasa, Tõnis; Mars, Nina J; Perola, Markus; Kallela, Mikko; Milani, Lili; Koskinen, Seppo; Salomaa, Veikko; Neale, Benjamin M; Palotie, Aarno; Daly, Mark; Ripatti, Samuli (2020). A data-driven medication score predicts 10-year mortality among aging adults. Scientific Reports, 10 (1), 15760. DOI: 10.1038/s41598-020-72045-z.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Colorectal Cancer Screening with Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.19.20177931.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Recommendations for Primary Prevention of Skin Melanoma. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.25.20181610.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Prostate Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.23.20180570.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Breast Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.17.20176263.
1.1.
2019
Tasa, T,; Krebs, K.; Kals, M.; Mägi, R.; Lauschke, V.M.; Haller, T.; Puurand, T.; Remm, M.; Esko, T.; Metspalu, A.; Vilo, J.; Milani, L. (2019). Genetic variation in the Estonian population: pharmacogenomics study of adverse drug effects using electronic health records. European Journal of Human Genetics, 442−454. DOI: 10.1038/s41431-018-0300-6.
1.1.
2019
Haller, Toomas; Tasa, Tõnis; Metspalu, Andres (2019). Manhattan Harvester and Cropper: a system for GWAS peak detection. BMC Bioinformatics, 20, 22−22. DOI: 10.1186/s12859-019-2600-4.
1.1.
2019
Hallik, Maarja; Ilmoja, Mari-Liis; Tasa, Tõnis; Standing, Joseph F.; Takkis, Kalev; Veigure, Rūta; Kipper, Karin; Jalas, Tiiu; Raidmäe, Maila; Uibo, Karin; Starkopf, Joel; Metsvaht, Tuuli (2019). Population Pharmacokinetics and Dosing of Milrinone After Patent Ductus Arteriosus Ligation in Preterm Infants. Pediatric Critical Care Medicine, 20 (7), 621−629. DOI: 10.1097/PCC.0000000000001879.
1.1.
2018
Padari, Helgi; Metsvaht, Tuuli; Germovsek, Eva; Barker, Charlotte; Kipper, Karin; Herodes, Koit; Standing, Joseph; Oselin, Kersti; Tasa, Tõnis; Soeorg, Hiie; Lutsar, Irja (2018). Pharmacokinetics of penicillin G in preterm and term neonates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. DOI: 10.1128/AAC.02238-17.
1.1.
2018
Rekker, K.; Tasa, T.; Saare, M.; Samuel, K.; Kadastik, Ü.; Karro, H.; Götte, M.; Salumets, A.; Peters, M. (2018). Differentially-Expressed miRNAs in Ectopic Stromal Cells Contribute to Endometriosis Development: The Plausible Role of miR-139-5p and miR-375. International Journal of Molecular Sciences, 19 (12), 3789−3789. DOI: 10.3390/ijms19123789.
6.7.
2018
Tasa, Tõnis; Kalamees, Riste; Vilo, Jaak; Lutsar, Irja; Metsvaht, Tuuli (2018). External evaluation of population pharmacokinetic models for vancomycin in neonates. In: biorxiv.. DOI: 10.1101/458125.
1.1.
2017
Hallik, Maarja; Tasa, Tõnis; Starkopf, Joel; Metsvaht, Tuuli (2017). Dosing of Milrinone in Preterm Neonates to Prevent Postligation Cardiac Syndrome: Simulation Study Suggests Need for Bolus Infusion. Neonatology, 111 (1), 8−11. DOI: 10.1159/000447049.
1.1.
2017
Guha M, Saare M, Maslovskaja J, Kisand K, Liiv I, Haljasorg U, Tasa T, Metspalu A, Milani L, Peterson P. (2017). DNA breaks and chromatin structural changes enhance the transcription of Autoimmune Regulator target genes. Journal of Biological Chemistry, 292 (16), 6542−6554. DOI: 10.1074/jbc.M116.764704.
1.1.
2017
Rekker, Kadri; Saare, Merli; Eriste, Elo; Tasa, Tõnis; Kukuškina, Viktorija; Roost, Anne Mari; Anderson, Kristi; Samuel, Külli; Karro, Helle; Salumets, Andres; Peters, Maire (2017). High-throughput mRNA sequencing of stromal cells from endometriomas and endometrium. Reproduction, 154 (1), 93−100. DOI: 10.1530/REP-17-0092.
1.1.
2017
Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Kalamees, Riste; Vilo, Jaak; Lutsar, Irja (2017). DosOpt: A Tool for Personalized Bayesian Dose Adjustment of Vancomycin in Neonates. Therapeutic Drug Monitoring, 39 (6), 604−613. DOI: 10.1097/FTD.0000000000000456.
1.1.
2016
Tamme, K.; Oselin, K.; Kipper, K.; Tasa, T.; Metsvaht, T.; Karjagin, J; Herodes, K.; Kern, H.; Starkopf J. (2016). Pharmacokinetics and pharmacodynamics of piperacillin/tazobactam during high volume haemodiafiltration in patients with septic shock. Acta Anaesthesiologica Scandinavica, 60 (2), 230−240. DOI: 10.1111/aas.12629.
1.1.
2016
Padari, Helgi; Oselin, Kersti; Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Lõivukene, Krista; Lutsar, Irja (2016). Coagulase negative staphylococcal sepsis in neonates: do we need to adapt vancomycin dose or target? BMC Pediatrics, 16 (1), 206−206. DOI: 10.1186/s12887-016-0753-0.
25.03.2022

Tõnis Tasa

https://www.etis.ee/CV/Tõnis_Tasa/eng
30.10.1989
ttasa@ut.ee

Career

Institutions and positions
2021–...   
TBD-Biodiscovery OÜ, Head of Business Development (1,00)
02.03.2016–30.04.2016   
University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Scientific Programmer (0,75)
01.01.2016–31.12.2016   
University of Tartu, Faculty of Medicine, Institute of Biomedicine and Translational Medicine, Specialist (0,25)
01.01.2016–01.03.2016   
University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Scientific Programmer (0,75)
01.02.2015–31.12.2015   
University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Scientific Programmer (0,75)
01.07.2014–31.01.2015   
University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Scientific Programmer (0,60)
01.05.2014–31.12.2015   
University of Tartu, Faculty of Medicine, Department of Microbiology, Specialist (0,25)

Qualifications

Academic degrees
Tõnis Tasa, Doctor's Degree, 2019, (sup) Jaak Vilo; Lili Azin Milani; Tuuli Metsvaht, Bioinformatics Approaches in Personalised Pharmacotherapy, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science.
Tõnis Tasa, Master's Degree, 2015, (sup) Priit Adler, Re-using public RNA-Seq data, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science.
 
 

Projects in progress

Completed projects

Dissertations under supervision

Publications

Category
Year
Publication
 
1.3.
2022
Helgi Padari, Hiie Soeorg, Tõnis Tasa, Tuuli Metsvaht, Karin Kipper, Koit Herodes, Kersti Oselin, Maarja Hallik, Mari-Liis Ilmoja, Irja Lutsar (2022). Ampitsilliini farmakokineetika enneaegsetel ja ajalistel vastsündinutel esimesel elunädalal. Eesti Arst, 101 (2), 121−121.
1.1.
2021
Padari, Helgi; Soeorg, Hiie; Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Kipper, Karin; Herodes, Koit; Oselin, Kersti; Hallik, Maarja; Ilmoja, Mari-Liis; Lutsar, Irja (2021). Ampicillin Pharmacokinetics During First Week of Life in Preterm and Term Neonates. The Pediatric Infectious Disease Journal, 40 (5), 464−472. DOI: 10.1097/INF.0000000000003061.
1.1.
2020
Häppölä, Paavo; Havulinna, Aki S; Tasa, Tõnis; Mars, Nina J; Perola, Markus; Kallela, Mikko; Milani, Lili; Koskinen, Seppo; Salomaa, Veikko; Neale, Benjamin M; Palotie, Aarno; Daly, Mark; Ripatti, Samuli (2020). A data-driven medication score predicts 10-year mortality among aging adults. Scientific Reports, 10 (1), 15760. DOI: 10.1038/s41598-020-72045-z.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Colorectal Cancer Screening with Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.19.20177931.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Recommendations for Primary Prevention of Skin Melanoma. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.25.20181610.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Prostate Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.23.20180570.
6.7.
2020
Tasa, Tõnis; Puustusmaa, Mikk; Tõnisson, Neeme; Kolk, Berit; Padrik, Peeter (2020). Precision Breast Cancer Screening with a Polygenic Risk Score. In: medRxiv. DOI: 10.1101/2020.08.17.20176263.
1.1.
2019
Tasa, T,; Krebs, K.; Kals, M.; Mägi, R.; Lauschke, V.M.; Haller, T.; Puurand, T.; Remm, M.; Esko, T.; Metspalu, A.; Vilo, J.; Milani, L. (2019). Genetic variation in the Estonian population: pharmacogenomics study of adverse drug effects using electronic health records. European Journal of Human Genetics, 442−454. DOI: 10.1038/s41431-018-0300-6.
1.1.
2019
Haller, Toomas; Tasa, Tõnis; Metspalu, Andres (2019). Manhattan Harvester and Cropper: a system for GWAS peak detection. BMC Bioinformatics, 20, 22−22. DOI: 10.1186/s12859-019-2600-4.
1.1.
2019
Hallik, Maarja; Ilmoja, Mari-Liis; Tasa, Tõnis; Standing, Joseph F.; Takkis, Kalev; Veigure, Rūta; Kipper, Karin; Jalas, Tiiu; Raidmäe, Maila; Uibo, Karin; Starkopf, Joel; Metsvaht, Tuuli (2019). Population Pharmacokinetics and Dosing of Milrinone After Patent Ductus Arteriosus Ligation in Preterm Infants. Pediatric Critical Care Medicine, 20 (7), 621−629. DOI: 10.1097/PCC.0000000000001879.
1.1.
2018
Padari, Helgi; Metsvaht, Tuuli; Germovsek, Eva; Barker, Charlotte; Kipper, Karin; Herodes, Koit; Standing, Joseph; Oselin, Kersti; Tasa, Tõnis; Soeorg, Hiie; Lutsar, Irja (2018). Pharmacokinetics of penicillin G in preterm and term neonates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. DOI: 10.1128/AAC.02238-17.
1.1.
2018
Rekker, K.; Tasa, T.; Saare, M.; Samuel, K.; Kadastik, Ü.; Karro, H.; Götte, M.; Salumets, A.; Peters, M. (2018). Differentially-Expressed miRNAs in Ectopic Stromal Cells Contribute to Endometriosis Development: The Plausible Role of miR-139-5p and miR-375. International Journal of Molecular Sciences, 19 (12), 3789−3789. DOI: 10.3390/ijms19123789.
6.7.
2018
Tasa, Tõnis; Kalamees, Riste; Vilo, Jaak; Lutsar, Irja; Metsvaht, Tuuli (2018). External evaluation of population pharmacokinetic models for vancomycin in neonates. In: biorxiv.. DOI: 10.1101/458125.
1.1.
2017
Hallik, Maarja; Tasa, Tõnis; Starkopf, Joel; Metsvaht, Tuuli (2017). Dosing of Milrinone in Preterm Neonates to Prevent Postligation Cardiac Syndrome: Simulation Study Suggests Need for Bolus Infusion. Neonatology, 111 (1), 8−11. DOI: 10.1159/000447049.
1.1.
2017
Guha M, Saare M, Maslovskaja J, Kisand K, Liiv I, Haljasorg U, Tasa T, Metspalu A, Milani L, Peterson P. (2017). DNA breaks and chromatin structural changes enhance the transcription of Autoimmune Regulator target genes. Journal of Biological Chemistry, 292 (16), 6542−6554. DOI: 10.1074/jbc.M116.764704.
1.1.
2017
Rekker, Kadri; Saare, Merli; Eriste, Elo; Tasa, Tõnis; Kukuškina, Viktorija; Roost, Anne Mari; Anderson, Kristi; Samuel, Külli; Karro, Helle; Salumets, Andres; Peters, Maire (2017). High-throughput mRNA sequencing of stromal cells from endometriomas and endometrium. Reproduction, 154 (1), 93−100. DOI: 10.1530/REP-17-0092.
1.1.
2017
Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Kalamees, Riste; Vilo, Jaak; Lutsar, Irja (2017). DosOpt: A Tool for Personalized Bayesian Dose Adjustment of Vancomycin in Neonates. Therapeutic Drug Monitoring, 39 (6), 604−613. DOI: 10.1097/FTD.0000000000000456.
1.1.
2016
Tamme, K.; Oselin, K.; Kipper, K.; Tasa, T.; Metsvaht, T.; Karjagin, J; Herodes, K.; Kern, H.; Starkopf J. (2016). Pharmacokinetics and pharmacodynamics of piperacillin/tazobactam during high volume haemodiafiltration in patients with septic shock. Acta Anaesthesiologica Scandinavica, 60 (2), 230−240. DOI: 10.1111/aas.12629.
1.1.
2016
Padari, Helgi; Oselin, Kersti; Tasa, Tõnis; Metsvaht, Tuuli; Lõivukene, Krista; Lutsar, Irja (2016). Coagulase negative staphylococcal sepsis in neonates: do we need to adapt vancomycin dose or target? BMC Pediatrics, 16 (1), 206−206. DOI: 10.1186/s12887-016-0753-0.
25.03.2022

Otsi projekti

  • {{item.Name}}
Asutus on projekti finantseerija   Asutus on projekti teostaja  
  • {{searchListItem.Name}}
Kõik   Tavaprojektid   Ülemprojektid   Alamprojektid  
Uus Frascati (2015)
Uus ja vana Frascati (otsing uue järgi väljastab ka seotud vanad)
Kõik
Käimasolevad
Lõppenud
Algus
Hajus
Täpne
Uus otsing (Beetaversioon) Lihtotsing Tühjenda
  • Leitud 6 kirjet
ProgrammLiikNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusFinantseerijapoolne rahastamine
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut699 600,00 EUR
TKSLTMR16142T (TK142)Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus (TK142)01.01.201601.03.2023Andres MetspaluTartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu4 474 349,50 EUR
PRGPRG184Haruldaste ja sagedaste geenivariantide mõju ravimite kõrvaltoimetele01.01.201831.12.2022Lili Azin MilaniTartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut834 750,00 EUR
TKAlamprojektTAR16013 (EXCITE) (TK148)IT Tippkeskus EXCITE01.09.201601.03.2023Maarja KruusmaaTallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Cybernetica AS2 121 014,65 EUR
TKSLTAT16148T (TK148)IT Tippkeskus EXCITE (TK148)01.01.201601.03.2023Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut1 446 840,73 EUR
PUT; PUT_OPPUT1197Milrinooni toime tsentraalsele ja regionaalsele verevoolule enneaegsetel vastsündinutel peale avatud arterioosjuha ligeerimist01.01.201631.12.2019Tuuli MetsvahtTartu Ülikool, Meditsiiniteaduste valdkond, kliinilise meditsiini instituut177 600,00 EUR