Konstantin Tretjakov

20.12.1982
737 6137
kt@ut.ee
Skype: konstantin.tretjakov
Veeb: http://kt.era.ee/

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.08.2013–31.10.2015    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)
01.01.2012–31.12.2013    Ideelabor OÜ, Konsultant-arendaja (KRATT plagiaadituvastuse süsteem)
01.09.2010–01.07.2013    OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Vanemteadusinsener (sotsiaalvõrgustikke analüüsi projekt) (0,50)
01.09.2010–31.07.2013    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teadur (0,50)
01.01.2010–31.12.2010    University of California San Diego, Külalisdoktorant (geeniekspressiooni ja DNA sekventsi andmete kombineeritud analüüs, lineaarsed mudelid)
15.12.2009–15.07.2010    OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Vanemteadusinsener (sotsiaalvõrgustikke analüüs, veeblilogi analüüs, soovitussüsteemide arendus) (0,20)
01.09.2009–15.12.2009    OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Vanemteadusinsener (sotsiaalvõrgustikke analüüs, veeblilogi analüüs, soovitussüsteemide arendus) (1,00)
01.11.2008–30.06.2009    ELIKO Tehnoloogia Arenduskeskus OÜ, Projekti juht (Veebilogi andmete analüüsimeetodite ja -tarkvara arendus) (0,40)
01.02.2008–31.08.2008    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (0,90)
01.01.2006–31.12.2006    University of Bristol, Külalisuurija (geeni ekspressiooni andmete analüüs)
2005–2008    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tarkvarasüsteemide õppetool, programmeerija (Geeniandmete analüüsimeetodite arendus) (1,00)
01.02.2003–01.10.2005    WebMedia AS, Java arendaja (Veebiraamistikud, CRM süsteemide arendus, E-haiguslugu eHL) (0,50)
 
 
Haridustee
2008–...    Tartu Ülikool. Doktorant informaatikas.
2005–2008    Tartu Ülikool. M.Sc. informaatikas
2001–2005    Tartu Ülikool. B.Sc. informaatikas (cum laude)
1990–2001    Tallinna humanitaargümnaasium. (lõpetanud hõbemedaliga)
 
 
Teenistuskäigu lisainfo
alates 2001/10 - EIO (Eesti Informaatika Olümpiaad) korraldustoimkonna ja žüriiliige, BOI 2003 (Baltic Olympiad in Informatics) korraldustoimkonna liige, mitmete õpilaste mänguprogrammeerimisvõistluste kaaskorraldaja (Cobbler, StopGate, Piljard);
alates 2004/09 - TÜ Arvutiteaduse Tarkvaraarenduse Serveri ja kursuste serveri administraator (ats.cs.ut.ee, courses.cs.ut.ee);
alates 2002/03 - Regulaarselt osalen riiklike matemaatikaolümpiaadide korraldamises;
alates 2004 - TÜ Arvutiteaduse instituudi mitmete uute kursuste ja seminaride loomine ja läbiviimine. Serveri courses.cs.ut.ee asutaja.;
alates 2005 - TU ATIs õpetatud/osaliselt õpetatud/korraldatud kursused: Neurovõrgud (MTAT.03.186, 2005), Arvutigraafika (MTAT.03.015, 2005), Tarkvaratehnika (MTAT.03.094, 2005-2006), Computational Pattern Analysis and Statistical Learning (MTAT.03.205, 2006), The Mathematics of Sound and Music (MTAT.03.210, 2007), Sissejuhatus Informaatikasse (MTAT.05.074, 2009), Andmekaeve (MTAT.03.183, 2009), Bioinformaatika (MTAT.03.239, 2010);
2011.05 - BREW2011 bioinformaatika konverentsi korraldamine (http://brew2011.cs.ut.ee/);

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2008, Konstantin Tretjakov, Haridus- ja Teadusministeeriumi üliõpilaste teadustööde riikliku konkursi I preemia Magistritöö eest
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; PÕHISUUND: Bioinformaatika, Masinõpe, Signaalitöötlus
 
 
Lisainfo
Esinesin edukalt rahvusvahelistel matemaatika- ja informaatikavõistlustel IMO, IMC ning ACM.
Keelte oskus: Vene, inglise, eesti (väga hea); saksa, prantsuse (natuke alla keskmist); läti, itaalia (algaja)
ITL Ustus Aguri nimelise stipendiumi võitja 2011.

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
3.4.
2014
1.1.
2013
3.4.
2013
3.1.
2012
6.3.
2012
1.1.
2011
3.1.
2011
1.1.
2010
3.1.
2010
3.1.
2008
3.2.
2007

Konstantin Tretjakov

20.12.1982
737 6137
kt@ut.ee
Skype: konstantin.tretjakov
Web: http://kt.era.ee/

Career

Institution and occupation
01.08.2013–31.10.2015    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow in Bioinformatics (1,00)
01.01.2012–31.12.2013    Ideelabor OÜ, Consultant-developer (KRATT plagiarism detection system)
01.09.2010–01.07.2013    Software Technology and Applications Competence Center, Senior research engineer (social network analysis project) (0,50)
01.09.2010–31.07.2013    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow (0,50)
01.01.2010–31.12.2010    University of California San Diego, Visiting graduate student (combined analysis of DNA sequence and gene expression data, linear models)
15.12.2009–15.07.2010    Software Technology and Applications Competence Center, Senior research engineer (social network analysis, log mining, recommender system development) (0,20)
01.09.2009–15.12.2009    Software Technology and Applications Competence Center, Senior research engineer (social network analysis, log mining, recommender system development) (1,00)
01.11.2008–30.06.2009    ELIKO Competence Centre in Electronics-, Info- and Communication Technologies, Project developer (Software and methods for analysis of web log data) (0,40)
01.02.2008–31.08.2008    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (0,90)
01.01.2006–31.12.2006    University of Bristol, Visiting fellow (gene expression data analysis)
2005–2008    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Chair of Software Systems, programmer (Methods for analysis of genetic data) (1,00)
01.02.2003–01.10.2005    WebMedia AS, Java developer (Web frameworks, CRM systems development, E-medical record project eHL) (0,50)
 
 
Education
2008–...    University of Tartu. PhD student, informatics.
2005–2008    University of Tartu. M.Sc in informatics
2001–2005    University of Tartu. B.Sc in informatics (cum laude)
1990–2001    Tallinn high school of humanities. (graduation with a silver medal)
 
 
Additional career information
since 2001/10 - EIO (Estonian Informatics Olympiad) jury member. BOI 2003 organizing committee member, organizer of a number of game programming contests for schoolchildren (Cobbler, StopGate, Piljard).;
since 2004/09 - Server administrator of certain university servers (ats.cs.ut.ee, courses.cs.ut.ee).;
since 2002/03 - Regularly contribute to the organization of state mathematics olympiads;
since 2004 - Creation, lecturing and supervision of a number of new courses at the Institute of Computer Science. Founder of courses.cs.ut.ee.;
since 2005 - Courses taught/contributed to/organized at UT CS institute: Neural Networks (MTAT.03.186, 2005), Computer Graphics (MTAT.03.015, 2005), Software Engineering (MTAT.03.094, 2005-2006), Computational Pattern Analysis and Statistical Learning (MTAT.03.205, 2006), The Mathematics of Sound and Music (MTAT.03.210, 2007), Introduction to Informatics (MTAT.05.074, 2009), Data Mining (MTAT.03.183, 2009), Bioinformatics (MTAT.03.239, 2010);
2011.05 - Organizer of the BREW2011 bioinformatics conference (http://brew2011.cs.ut.ee/);

Qualifications

 
 
Honours & awards
2008, Konstantin Tretjakov, Estonian Ministry of Education and Research National Contest for Young Scientists at university level: I prize for the Master's thesis
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; SPECIALITY: Bioinformatics, Machine Learning, Signal Processing
 
 
Additional information
Successfully participated in the international mathematics and informatics contests IMO, IMC and ACM.
Languages: Russian, English, Estonian (very good); German, French (slightly below average); Latvian, Italian (beginner)
Winner of the ITL's Ustus Agur scholarship 2011.

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
3.4.
2014
1.1.
2013
3.4.
2013
3.1.
2012
6.3.
2012
1.1.
2011
3.1.
2011
1.1.
2010
3.1.
2010
3.1.
2008
3.2.
2007
  • Leitud 8 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
ETFETF5722Andmekaevanduse meetodid ja rakendused (DMMA)01.01.200431.12.2006Jaak ViloTartu Ülikool24 652,75 EUR
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut349 800,00 EUR
MUUSMTAT12172 (12030118)Doktorantide mobiilsus: The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD)23.09.201201.10.2012Jaak ViloTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond1 448,04 EUR
TKTAR16013 (EXCITE) (TK148)IT Tippkeskus EXCITE01.09.201631.08.2023Maarja KruusmaaTallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut; Cybernetica AS2 642 075,15 EUR
SFSF0180008s12Kaasaegsed teadusarvutuste meetodid, platvormid ja rakendused. 01.01.201231.12.2014Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond306 870,00 EUR
MUUSMTAT09072Lähetus: International Conference on Machine Learning. Montreal, Kanada13.06.200925.06.2009Konstantin TretjakovTartu Ülikool1 080,11 EUR
ETFETF7437Paljude geeniekspressiooniandmete ühisanalüüs (MEM)01.01.200831.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond64 222,50 EUR
SFSF0182712s06Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise meetodid, arvutuskeskkonnad ja rakendused.01.01.200631.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond584 274,70 EUR
  • Leitud 13 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Kuzovkin, Ilja; Tretjakov, Konstantin; Uusberg, Andero; Vicente, Raul (2016). Adaptive Interactive Learning for Training BCI Systems. Proceedings of the Sixth International Brain-Computer Interface Meeting: BCI Past, Present, and Future: BCI Meeting 2016; Pacific Grove, CA 93950, United States; 30.05.2016-03.06.2016. Ed. Gernot R. Müller-Putz, Jane E. Huggins, David Steyr. Verlag der Technischen Universität Graz, 123−123.5.2.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scientific Reports, 5 (13107), 1−11.10.1038/srep13107.1.1.
Floreskul, Volodymyr; Tretjakov, Konstantin; Dumas, Marlon (2014). Memory-Efficient Fast Shortest Path Estimation in Large Social Networks. Eighth International AAAI Conference on Weblogs and Social Media (ICWSM). AAAI Press, 91−100.3.4.
Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic file fingerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), S8.10.1186/1471-2164-14-S2-S8.1.1.
Tretyakov, Konstantin; Goldberg, Tatyana; Jin, Victor X; Horton, Paul (2013). Summary of talks and papers at ISCB-Asia/SCCG 2012. BMC Genomics, 14, I1.10.1186/1471-2164-14-S2-I1.3.4.
Leontjeva, Anna ; Tretyakov, Konstantin ; Vilo, Jaak ; Tamkivi, Taavi (2012). Fraud Detection: Methods of Analysis for Hypergraph Data. In Proceedings of the First IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Networks (IEEE/ACM CSOSN 2012): IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Network (IEEE/ACM CSOSN), Istanbul. IEEE Conference Publications, 1060−1064.3.1.
Tretjakov, Konstantin (2012). Robotiehituse lihtne valem. Arvutimaailm, 52−53.6.3.
Tretyakov, K.; Laur, S.; Vilo, J. (2011). G = MAT: Linking Transcription Factor Expression and DNA Binding Data. PLoS ONE, 6 (1), e14559.10.1371/journal.pone.0014559.1.1.
Tretyakov, Konstantin; Armas-Cervantes, Abel; García-Bañuelos, Luciano; Vilo, Jaak; Dumas, Marlon (2011). Fast Fully Dynamic Landmark-based Estimation of Shortest Path Distances in Very Large Graphs. CIKM’11, October 24–28, 2011, Glasgow, Scotland, UK.. Association for Computing Machinery (ACM) , 1785−1794.10.1145/2063576.2063834.3.1.
Billon, Nathalie; Kolde, Raivo; Reimand, Juri; Monteiro, Miguel C; Kull, Meelis; Peterson, Hedi; Tretyakov, Konstantin; Adler, Priit; Wdziekonski, Brigitte; Vilo, Jaak; Dani, Christian (2010). Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell adipogenesis unravels new processes of adipocyte development. Genome Biology, 11 (8), R80.10.1186/gb-2010-11-8-r80.1.1.
Kull, M.; Tretyakov, K.; Vilo, J. (2010). An evolutionary model of DNA substring distribution. In: Elomaa,T.; Mannila, H.; Orponen, P. (Ed.). Algorithms and Applications (147−157).. Berlin / Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science).10.1007/978-3-642-12476-1_10.3.1.
Tkatchenko, A.; Tretjakov, K.; Adler, P.; Vilo, J. (2008). Text mining for automatic annotation of microarray experiment clusters. Databases and Information Systems: 8th International Baltic Conference on Databases and Information Systems; Tallinn; 02-05 June 2008. Ed. Haav, H.-M.; Kalja, A. Tallinn University of Technology Press, 423−426.3.1.
Tretyakov, K. (2007). Machine Learning Techniques in Spam Filtering. In: Satish, D.; Prabhakar, K.R. (Ed.). Combating Spam (6−33).. The ICFAI University Press.3.2.
  • Leitud 10 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Automatic Personalized Playlist GenerationSemjonova, AnastassiamagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2011Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Adaptive Interactive Learning: a Novel Approach to Training Brain-Computer Interface SystemsKuzovkin, IljamagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2013Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Automatic musical key detectionAljanaki, AnnamagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2011Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Detecting Influential Transcription Factors Using Linear ModelsŠipilov, NikitamagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2010Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Fast Approximate Max-correlation QueriesFishman, DmytromagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2013Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Memory-Efficient Fast Shortest Path Estimation in Large GraphsFloreskul, VolodymyrmagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2013Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Named Entity Recognition for the Estonian LanguageTkatšenko, AleksandrmagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2010Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Probabilistic Localization of a Soccer RobotKallas, PriitmagistrikraadKonstantin TretjakovKaitstud2013Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Shortest Path Approximation in Very Large GraphsArmas, AbelmagistrikraadLuciano Garcia Banuelos; Konstantin TretjakovKaitstud2011Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tarkvarasüsteemide õppetool
Statistical Analysis of Hypergraph Data with Application to Fraud DetectionLeontjeva, AnnamagistrikraadTaavi Tamkivi; Konstantin TretjakovKaitstud2010Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Matemaatilise statistika instituut
  • Leitud 2 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries in a Network of Interconnected NodesKonstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas Cervantes; Jaak Vilo; Marlon DumasSkype Technologies OÜ
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries Using a Data StructureKonstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas Cervantes; Jaak Vilo; Marlon DumasSkype Technologies OÜ