Raivo Kolde

21.04.1983
737 6137
kolde@ut.ee

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2014–...    Harvard Medical School - järeldoktor
01.08.2013–31.07.2014    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)
01.07.2012–31.07.2013    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Programeerija (0,20)
29.08.2008–08.09.2009    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, erakorraline teadur (0,50)
2007–31.07.2014    OÜ Quretec, Teadur (1,00)
01.01.2006–31.12.2007    AS Egeen bioinformaatik
 
 
Haridustee
2009–2014    Tartu Ülikool, Informaatika, PhD
2005–2008    Tartu Ülikool, Matemaatiline statistika, Msc
2001–2005    Tartu Ülikool, Matemaatiline statistika, Bsc
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2007−...    ISCB

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
3.1.
2014
1.1.
2013
5.2.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
5.2.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
5.2.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.2.
2010
5.2.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
5.1.
2009
5.2.
2009
1.1.
2008

Raivo Kolde

21.04.1983
737 6137
kolde@ut.ee

Career

Institution and occupation
01.01.2014–...    Harvard Medical School - research fellow
01.08.2013–31.07.2014    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (1,00)
01.07.2012–31.07.2013    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (0,20)
29.08.2008–08.09.2009    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow extraordinarius (0,50)
2007–31.07.2014    Quretec Ltd, Researcher (1,00)
01.01.2006–31.12.2007    AS Egeen bioinformatician
 
 
Education
2009–2014    University of Tartu, Computer Science, Phd
2005–2008    University of Tartu, Mathematical statistics, Msc
2001–2005    University of Tartu, Mathematical statistics, Bsc
 
 
R&D related managerial and administrative work
2007−...    ISCB

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
3.1.
2014
1.1.
2013
5.2.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
5.2.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
5.2.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.2.
2010
5.2.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
5.1.
2009
5.2.
2009
1.1.
2008
  • Leitud 9 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Biomarkerite tuvastamine korduvate toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro süsteemides01.01.201131.12.2015Jaak ViloOÜ Quretec145 372,80 EUR
MUUMMTAT07037RCOBRED - Colon and Breast Cancer Diagnostic (Projekti COBRED) andmebaasi ning andmete analüüsi meetodite ja tööriistade loomine).01.03.200728.02.2010Jaak ViloTartu Ülikool396 891,34 EUR
MUUESNATSEmbrüonaalsete tüvirakkude põhised alternatiivsed testimisstrateegiad01.04.200831.03.2013Jaak ViloOÜ Quretec447 381,54 EUR
MUUENFIN (LSHG-CT-2005-518254)ENFIN - Süsteemibioloogia15.11.200514.11.2010Jaak ViloOÜ Quretec287 602,42 EUR
SFSF0180008s12Kaasaegsed teadusarvutuste meetodid, platvormid ja rakendused. 01.01.201231.12.2014Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond306 870,00 EUR
SFSF0182724s06Keerukate süsteemide modelleerimine stohhastiliste meetoditega01.01.200631.12.2011Tõnu KolloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond235 498,59 EUR
ETFETF7437Paljude geeniekspressiooniandmete ühisanalüüs (MEM)01.01.200831.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond64 222,50 EUR
SFSF0182712s06Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise meetodid, arvutuskeskkonnad ja rakendused.01.01.200631.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond584 274,70 EUR
ETFETF5694Varjatud juhuslikud struktuurid01.01.200431.12.2007Jüri LemberTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond20 656,24 EUR
  • Leitud 38 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying differentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304.10.1093/bioinformatics/btw304.1.1.
Pettai, Kristi; Milani, Lili; Tammiste, Anu; Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Eller, Triin; Nutt, David; Metspalu, Andres; Maron, Eduard (2016). Whole-genome expression analysis reveals genes associated with treatment response to escitalopram in major depression. European neuropsychopharmacology : the journal of the European College of Neuropsychopharmacology, 26 (9), 1475−1483.10.1016/j.euroneuro.2016.06.007.1.1.
Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1.10.12688/f1000research.6925.1.1.1.
Waldmann, Tanja; Rempel, Eugen; Balmer, Nina V; König, Andre; Kolde, Raivo; Gaspar, John Antonydas; Henry, Margit; Hescheler, Jürgen; Sachinidis, Agapios; Rahnenführer, Jörg; Hengstler, Jan G; Leist, Marcel (2014). Design principles of concentration-dependent transcriptome deviations in drug-exposed differentiating stem cells. Chemical Research in Toxicology, 27 (3), 408−420.10.1021/tx400402j.1.1.
Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome profiling of human tissues identifies global and tissue-specific methylation patterns. Genome Biology, 15 (4), R54.10.1186/gb-2014-15-4-r54.1.1.
Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating differential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72.10.1093/nar/gku158.1.1.
Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (Ed.). Structural and functional RNA mapping (361−373).. Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182).10.1007/978-1-4939-1062-5_28.3.1.
Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell-derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143.10.1007/s00204-012-0967-3.1.1.
Tõnisson, N.; Lokk, K; Modhukur, V.; Rajashekar, B; Martens, K; Koltšina, M; Mägi, R.; Kolde, R.; Salumets, A. (2013). DNA metylome comparison of various human tissues. European Journal of Human Genetics: European Human Genetics Conference; Pariis, Prantsusmaa; 8.–11. juuni, 2013. Nature Publishing Group, 373−373. (21; Suppl 2).5.2.
Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893.10.1002/ijc.27981.1.1.
Gaspar, John Antonydas; Doss, Michael Xavier; Winkler, Johannes; Wagh, Vilas; Hescheler, Jürgen; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Schulz, Herbert; Sachinidis, Agapios (2012). Gene expression signatures defining fundamental biological processes in pluripotent, early, and late differentiated embryonic stem cells. Stem cells and development, 21 (13), 2471−2484.10.1089/scd.2011.0637.1.1.
Lokk, Kaie; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Välk, Kristjan; Võsa, Urmo; Roosipuu, Retlav; Milani, Lili; Fischer, Krista; Koltšina, Marina; Urgard, Egon; Annilo, Tarmo; Metspalu, Andres; Tõnisson, Neeme (2012). Methylation Markers of Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer. PLoS ONE, 7 (6), e39813− .10.1371/journal.pone.0039813.1.1.
Kolde, Raivo; Laur, Sven ; Adler, Priit ; Vilo, Jaak (2012). Robust Rank Aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics, 28 (4), 573−580.10.1093/bioinformatics/btr709.1.1.
Tõnisson, N.; Lokk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Välk, K.; Roosipuu, R.; Võsa, U.; Milani, L.; Fischer, K.; Koltšina, M.; Urgard, E.; Annilo, T.; Metspalu, A. (2012). Altered DNA methylation in early-stage non-small-cell lung cancer. European Journal of Human Genetics: European Human Genetics Conference; Nürnberg, Saksamaa; 23.–26. juuni, 2012. Nature Publishing Group, 174−174. (20; Suppl 1).5.2.
Võsa, Urmo; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Fischer, Krista; Välk, Kristjan; Tõnisson, Neeme; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Annilo, Tarmo (2011). Identification of miR-374a as a prognostic marker for survival in patients with early-stage nonsmall cell lung cancer. Genes, Chromosomes and Cancer, 50 (10), 812−822.10.1002/gcc.20902.1.1.
Tserel, L.; Runnel, T.; Kisand, K.; Pihlap, M.; Bakhoff, L.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J.; Peterson, P.; Rebane, A. (2011). MicroRNA Expression Profiles of Human Blood Monocyte-derived Dendritic Cells and Macrophages Reveal miR-511 as Putative Positive Regulator of Toll-like Receptor 4. Journal of Biological Chemistry, 286 (30), 26487−26495.10.1074/jbc.M110.213561.1.1.
Chen, Y; Jorgensen, M; Kolde, R; Zhao, X; Parker, B; Valen, E; Wen, J; Sandelin, A (2011). Prediction of RNA Polymerase II recruitment, elongation and stalling from histone modification data. BMC Genomics, 12, 544.10.1186/1471-2164-12-544.1.1.
Valk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). GENE EXPRESSION-BASED APPROACHES IN DIFFERENTIATION OF METASTASES AND SECOND PRIMARY TUMOUR. 6. s1055−s1056.5.1.
Peters, Maire; Altmäe, Signe; Reimand, Jüri; Laisk, Triin; Saare, Merli; Hovatta, Outti; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Stavreus-Evers, Anneli; Salumets, Andres. (2011). Human embryo-endometrium interactions at the time of implantation. 26: 27th Annual Meeting of the European Society of Human Reproduction and Embryology, 3-6 juuli, Stockholm, Rootsi. Oxford University Press, 216−216. (1).5.1.
Kirotar, K.; Vooder, T., Kolde R.; Välk, K.; Solovjova, M.; Roosipuu, R.; Annilo, T.; Metspalu, A.; Tõnisson, N. (2011). Genome-wide methylation profiling of non-small cell lung cancer. European Journal of Human Genetics, Suppl 2: European Human Genetics Conference; Amsterdam, Holland; 28.–31. mai, 2011. Nature Publishing Group, 378−378. (19).5.2.
Välk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). Whole genome gene expression profiling of two control and three subsequent lung cancer samples of the same patient. World Conference on Lung Cancer, Amsterdam, 2011. 5.2.
Billon, Nathalie; Kolde, Raivo; Reimand, Juri; Monteiro, Miguel C; Kull, Meelis; Peterson, Hedi; Tretyakov, Konstantin; Adler, Priit; Wdziekonski, Brigitte; Vilo, Jaak; Dani, Christian (2010). Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell adipogenesis unravels new processes of adipocyte development. Genome Biology, 11 (8), R80.10.1186/gb-2010-11-8-r80.1.1.
Välk, Kristjan; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Reintam, Mari-Ann; Petzold, Cathleen; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres (2010). Gene Expression Profiles of Non-Small Cell Lung Cancer: Survival Prediction and New Biomarkers. Oncology, 79, 283−292.DOI:10.1159/000322116.1.1.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tõnis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Genome-wide promoter analysis of histone modifications in human monocyte-derived antigen presenting cells. BMC Genomics, 11, 642.10.1186/1471-2164-11-642.1.1.
Doss, Michael Xavier ; Wagh, Vilas ; Schulz, Herbert ; Kull, Meelis ; Kolde, Raivo ; Pfannkuche, Kurt ; Nolden, Tobias ; Himmelbauer, Heinz; Vilo, Jaak ; Hescheler, Jürgen ; Sachinidis, Agapios (2010). Global transcriptomic analysis of murine embryonic stem cell-derived brachyury+ (T) cells. Genes to Cells, 15 (3), 209−228.10.1111/j.1365-2443.2010.01390.x.1.1.
  • Leitud 1 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Statistilised meetodid mikroRNA aktiivsuse hindamiseks mRNA ekspressiooni abilMetsalu, TaunomagistrikraadRaivo KoldeKaitstud2011Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Matemaatilise statistika instituut
  • Leitud 1 kirjet
AutoridPealkiriAsutus
Jaak Vilo; Raivo Kolde; Priit Adler; Meelis Kull; Jüri Reimand; Hedi PetersonMEM - Multi-Experiment-Matrix Gene expression search database and toolsTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut