Jaak Vilo

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
vilo@ut.ee
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformaatika ;
BIIT rühm http://biit.cs.ut.ee/ ;
TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja.
Eesti Teaduste Akadeemia liige
Google Scholar profiil: http://eid.ee/3qj

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2012–...    Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01)
01.09.2009–...    Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20)
01.12.2007–...    Tartu Ülikool, Professor (Bioinformaatika), Arvutiteaduse instituut. (1,00)
01.01.2006–...    OÜ Quretec, juhatuse liige (0,05)
2008–2008    Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    Tartu Ülikool, Vanemteadur, Arvutiteaduse instituut (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    Tartu Ülikool, Dotsent, Arvutiteaduse instituut (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, erak. vanemteadur, 0.1
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,Senior Techincal Officer / Researcher
01.01.1997–31.12.1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse instituut, uurimisassistent
01.01.1993–31.12.1997    Helsingi Ülikool, assistent (5-aastane ametikoht)
01.01.1991–31.12.1993    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
01.01.1990–31.12.1990    Küberneetika Instituut, insener
01.01.1989–31.12.1990    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
 
 
Haridustee
1991–1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteadus, PhD, 2002
1984–1991    Tartu Ülikool, Rakendusmatemaatika, 1991
1973–1984    Tallinna II Keskkool (Reaalkool)
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2014−...    Tartu Ülikooli Realia ja Naturalia valdkonna nõukogu liige.
2012−...    Tartu Ülikooli Senati liige 2012-
2012−...    ETAG Hindamisnõukogu liige
2012−...    Eesti Teaduste Akadeemia liige
2011−...    TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja, instituudi nõukogu esimees
2011−...    Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuuri ETAIS nõukogu esimees
2008−...    Tartu Ülikooli Teadusarvutuste Keskuse Nõukogu liige
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Mitmete ajakirjade (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) reviewer
2000−...    Rahvusvahelise bioinformaatika seltsi ISCB liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), liige
2014−2014    ECCB - valdkonna programmkomitee juht
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Rahvusvahelise ESFRI projekti ELIXIR ajutise nõukogu liige (Eesti teaduslik esindaja)
2010−2010    Euroopa Bioinformaatika konverentsi ECCB2010 Programmkomitee Valdkonna juht
2008−2011    Euroopa bioinformaatika teadusinfrastruktuuri projekti ELIXIR hariduse- ja teadusressursside alakomiteede liige, Eesti esindaja.
2007−2015    Matemaatika-Informaatika teaduskonna nõukogu liige
2006−2011    Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010" juhtkomitee juht
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, juuni 2005, (Põhjamaade Bioinformaatika seltsi) konverentsi programm- ja orgkomitee liige.
2005−2005    Bioinformaatika professori valimiste nõukogude liige (TTÜ, TÜ)
2005−2009    Eesti GRID juhtkomitee liige (THM moodustatud)
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Programmkomitee liige
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Programmikomitee liige

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2016, Jaak Vilo, Väike medal, Tartu Ülikool
2015, Jaak Vilo, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Sten Ilmjärve konkursitöö „Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel” juhendamise eest terviseuuringutevaldkonnas (I preemia meditsiinivaldkonna doktoritööde kategoorias);
2014, Jaak Vilo, Infotehnoloogia Ettevõtete Liidu (ITL) Aasta tegija 2013
2013, Jaak Vilo, Eesti Valgetähe III klassi teenetemärk
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - ajakirja aasta 2009 parima teadusartikli preemia nominent
2010, Jaak Vilo, Haridus- ja tedusministri tänukiri Jüri Reimandi doktoritöö (2010 aasta peapreemia doktoritööde hulgas) juhendamise eest
2008, Jaak Vilo, Haridus- ja teadusministri tänukiri Konstantin Tretjakovi I preemia väärilise magistritöö juhendamise eest.
2004, Jaak Vilo, Parima posteri auhind - ISMB-ECCB 2004, Glasgow
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria); PÕHISUUND: Bioinformaatika, andmekaeve
 
 
Lisainfo
Ph.D., Helsingi Ülikool, 2002.

Lõppenud projektid

Juhendamisel väitekirjad

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994

Jaak Vilo

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
vilo@ut.ee
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformatics;
BIIT group http://biit.cs.ut.ee/,
Head of the Institute of Computer Science, University of Tartu
Member of Estonian Academy of Sciences
Google Scholar profile: http://eid.ee/3qj

Career

Institution and occupation
01.01.2012–...    Estonian Academy of Sciences, Member (0,01)
01.09.2009–...    STACC - Software Technologies and Applications Competence Center, Strategic area leader (0,20)
01.12.2007–...    University of Tartu, Professor (Bioinformatics), Institute of Computer Science (1,00)
01.01.2006–...    Quretec Ltd, Member of Board (0,05)
2008–2008    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    University of Tartu, Senior Researcher, Institute of Computer Science (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    University of Tartu, Associate Professor, Institute of Computer Science (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, scientist, grant holder (0.1)
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,
01.01.1997–31.12.1999    University of Helsinki, Department of Computer Science, Research assistent
01.01.1993–31.12.1997    University of Helsinki, Research assistent (5-year official elected position holder)
01.01.1991–31.12.1993    University of Helsinki, Department of Computer Science teaching assistant
01.01.1990–31.12.1990    Institute of Cybernetics, Talinn, Engineer
01.01.1989–31.12.1990    University of Helsinki (teaching assistant)
 
 
Education
1991–1999    Ph.D., University of Helsinki, Computer Science, 2002
1984–1991    M.Sc., Tartu University, Applied Mathematics. 1991
1973–1984    Tallinn II Secondary School (Reaalkool)
 
 
R&D related managerial and administrative work
2014−...    Member of the council of Realia et Naturalia area of the University of Tartu
2012−...    Member of the Senate of University of Tartu
2012−...    Estonian Research Council evaluation board member
2012−...    Member of Estonian National Academy of Sciences
2011−...    Head of the Institute of Computer Science, Head of the Council
2011−...    Chairman of the board of Estonian Scientific Computing Infrastructure (ETAIS)
2008−...    Member of the board of the High Performance Computing Center, University of Tartu
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Reviewer for several journals (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc)
2000−...    International Society for Computational Biology (ISCB, http://www.iscb.org/) liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), professional member
2014−2014    ECCB - Programme committee area co-chair (gene expression)
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Member of the interim board of ELIXIR, the international bioinformatics research infrastructure project. Scientific representative of Estonia.
2010−2010    European Conference on Computational Biology (ECCB-2010) - Programme committee Area Chair
2008−2011    Representative of Estonia to ELIXIR (ESFRI Infrastructure Bioinformatics project) education and science resources subcommittees
2007−2015    Member of the council of the faculty of Mathematics and Informatics
2006−2011    Head of the Steering committee of the "National Programme of the Estonian Language Technology (2006-2010)"
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, June 2005 - Programme and Organizational committee member
2005−2009    Member of the Estonian GRID board appointed by the Ministry of Research and Education
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Program Committee member
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Program Committee Member

Qualifications

 
 
Honours & awards
2016, Jaak Vilo, Small Medal, University of Tartu
2015, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Sten Ilmjärv PhD thesis that received the I prize in national PhD series.
2014, Jaak Vilo, The "Person of the Year of 2013" by Estonian Association of ICT companies
2013, Jaak Vilo, Estonian Order of the White Star III class
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - Best Research Paper Award 2009 shortlisted nominee
2010, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Jüri Reimands PhD that received top national prize in PhD series
2008, Jaak Vilo, Ministrer of Education and Science - award to Konstantin Tretjakov MSc work (I prize) supervision
2004, Jaak Vilo, Best poster award - ISMB/ECCB 2004, Glasgow (10 out of over 1000 posters)
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control ; SPECIALITY: Bioinformatics, systems biology, and data mining
 
 
Additional information
Doctor of Philosophy (Ph.D.)
University of Helsinki, 2002

Completed projects

Dissertations under supervision

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994
  • Leitud 66 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
MUUSMTAT07203/14. Baltiche Sommershule "Techniche Informatik/Informationtechnik" in Tartu.15.05.200831.10.2008Jaak ViloTartu Ülikool3 822,43 EUR
MUULMTAT05234ABC output calculation update (under MIS framework)08.11.200521.11.2005Jaak ViloTartu Ülikool3 408,79 EUR
1.2.3.3.AgedBrainSYSBIO (305299)Aju vananemisega seotud bioloogiliste radade süsteemibioloogia01.01.201330.06.2017Jaak ViloOÜ Quretec463 520,00 EUR
MUULMTAT13089Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine01.01.201330.06.2013Jaak ViloTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut46 158,00 EUR
ETFETF5722Andmekaevanduse meetodid ja rakendused (DMMA)01.01.200431.12.2006Jaak ViloTartu Ülikool24 652,75 EUR
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut349 800,00 EUR
MUUSMTAT07203Arvutiteaduse instituudi kursuste veebiserver courses.cs.ut.ee22.10.200727.12.2007Jaak ViloTartu Ülikool7 030,28 EUR
MUUSMTAT07210Arvutiteaduse tarkvaraarenduse server 222.10.200717.12.2007Jaak ViloTartu Ülikool6 263,34 EUR
MUULSHG-CT-2003-503329ATD - The Alternate Transcript Diversity Project01.03.200428.02.2007Jaak ViloEesti Biokeskus112 200,03 EUR
MUUSMTAT11170 (11-03-01-32)Auditooriumi tagasiside süsteem12.10.201130.11.2011Jaak ViloTartu Ülikool4 620,00 EUR
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Biomarkerite tuvastamine korduvate toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro süsteemides01.01.201131.12.2015Jaak ViloOÜ Quretec145 372,80 EUR
MUUSMTAT13061T (3.2.1201.13-0019)BioMedIT01.04.201331.05.2015Jaak ViloTartu Ülikool465 876,80 EUR
MUUMMTAT07037RCOBRED - Colon and Breast Cancer Diagnostic (Projekti COBRED) andmebaasi ning andmete analüüsi meetodite ja tööriistade loomine).01.03.200728.02.2010Jaak ViloTartu Ülikool396 891,34 EUR
MUUSMTAT14089Doktorant Dmytro Fishmani osalemine Sitsiilias toimuvas suvekoolis First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014)14.06.201420.06.2014Jaak ViloTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut1 279,64 EUR
MUUSMTAT12172 (12030118)Doktorantide mobiilsus: The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD)23.09.201201.10.2012Jaak ViloTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond1 448,04 EUR
MUUMMTAT15042REE-IT - Eesti Edinburghi teaduse tippkeskus - digitaalne võrgustunud majandus01.06.201531.05.2016Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut170 000,00 EUR
MUUSMTATEesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool20.05.200630.10.2006Jaak ViloTartu Ülikool4 473,82 EUR
MUUSMTAT07106/3Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduste suvekool ESSCaSS'2010 korraldamine.01.05.201031.10.2010Jaak ViloTartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut6 391,16 EUR
1.1.5.3.4.1.2.SLTAT16431TEesti eluteaduste andmete teadustaristu01.03.201631.08.2022Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut987 282,88 EUR
MUUSMTAT07184Eesti keele keeletehnoloogiline tugi "2006-2010” programmi koordineerimiseks, juhtkomitee töö korraldamiseks, programmi eesmärkide täitmise jälgimiseks17.09.200731.03.2008Jaak ViloTartu Ülikool9 586,75 EUR
MUUSMTAT12017TEesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga (ELIXIR)01.01.201230.09.2012Jaak ViloTartu Ülikool30 000,00 EUR
MUUSMTAT12017T/1Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR01.11.201231.08.2015Jaak ViloTartu Ülikool393 700,00 EUR
EKRMEKRM05-63Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200531.12.2005Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond17 256,15 EUR
EKKTTEKKTT06-12Elektrooniliste teatmeteoste kasutajasõbralikud päringusüsteemid01.01.200631.12.2008Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond67 746,35 EUR
MUUMMTAT15103RELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences01.09.201531.08.2019Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut550 003,00 EUR
  • Leitud 115 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Sflomos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Raffoul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422.<a href='http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2016.02.002' target='_blank'>10.1016/j.ccell.2016.02.002</a>.1.1.
Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Profiler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199.<a href='http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkw199' target='_blank'>10.1093/nar/gkw199</a>.1.1.
Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying differentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304.<a href='http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw304' target='_blank'>10.1093/bioinformatics/btw304</a>.1.1.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scientific Reports, 5 (13107), 1−11.<a href='http://dx.doi.org/10.1038/srep13107' target='_blank'>10.1038/srep13107</a>.1.1.
Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570.<a href='http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv468' target='_blank'>10.1093/nar/gkv468</a>.1.1.
Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053.<a href='http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv073' target='_blank'>10.1093/bioinformatics/btv073</a>.1.1.
Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1.<a href='http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.6925.1' target='_blank'>10.12688/f1000research.6925.1</a>.1.1.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient deficiency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505.<a href='http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamcr.2015.06.006' target='_blank'>10.1016/j.bbamcr.2015.06.006</a>.1.1.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Biene, Tuuliki; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). The role of Tribbles homolog 3 (TRIB3) in the cellular stress response to glucose starvation. In: .Tribbles pseudokinases - At the crossroads of metabolism, cancer, immunity and development; Budapest, Hungary; 22-24 April, 2015.. 5.2.
Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome profiling of human tissues identifies global and tissue-specific methylation patterns. Genome Biology, 15 (4), R54.<a href='http://dx.doi.org/10.1186/gb-2014-15-4-r54' target='_blank'>10.1186/gb-2014-15-4-r54</a>.1.1.
Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating differential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72.<a href='http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku158' target='_blank'>10.1093/nar/gku158</a>.1.1.
Hériché, JK. ; Lees, JG. ; Morilla, I.; Walter, T. ; Petrova, B.; Julia Roberti, M.; Hossain, MJ.; Adler, P.; Fernández, JM.; Krallinger, M.; Haering, CH.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ranea, JA. ; Orengo, C.; Ellenberg, J (2014). Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes involved in mitotic chromosome condensation. Molecular Biology of the Cell, 25 (16), 2522−2536.<a href='http://dx.doi.org/10.1091/mbc.E13-04-0221' target='_blank'>10.1091/mbc.E13-04-0221</a>.1.1.
Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409.<a href='http://dx.doi.org/10.4161/15592294.2014.970052' target='_blank'>10.4161/15592294.2014.970052</a>.1.1.
Vilo, Jaak (2014). Nutikas jätkusuutlik Eesti. Riigikogu Toimetised, 29, 40−47.1.3.
Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (Ed.). Structural and functional RNA mapping (361−373).. Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182).<a href='http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-1062-5_28' target='_blank'>10.1007/978-1-4939-1062-5_28</a>.3.1.
Vilo, Jaak (2014). Teadus – väike, kuid oluline arengumootor. Arengufondi mõtteraamat.. 6.7.
Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. Bioinformatics, 29 (7), 886−893.1.1.
Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic file fingerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), S8.<a href='http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-14-S2-S8' target='_blank'>10.1186/1471-2164-14-S2-S8</a>.1.1.
Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell-derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143.<a href='http://dx.doi.org/10.1007/s00204-012-0967-3' target='_blank'>10.1007/s00204-012-0967-3</a>.1.1.
Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identifies IL-11 as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303.1.1.
Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459.1.3.
Adler, Priit; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2013). Prioritization of protein-protein interactions associated with Alzheimer’s disease using data mining. <i>Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK VII aastakonverentsi artiklite kogumik: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli VII aastakonverents 15.-16.11.2013.</i> 3.5.
Vilo, Jaak (2013). Jaak Vilo: tasuta ei võrdu odav. Postimees, .6.6.
Tiit, Ene-Margit; Engelbrecht, Jüri; Eamets, Raul; Vilo, Jaak; Bahovski, Erkki; Aaviksoo, Ain (2013). Ekspertarvamused eestlaste rändest. Käpp, Triin (Toim.). Eesti ustest - sisse, välja : kõned, artiklid, esseed (101−118).. Tartu: Eesti Keele Sihtasutus.6.7.
Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893.<a href='http://dx.doi.org/10.1002/ijc.27981' target='_blank'>10.1002/ijc.27981</a>.1.1.
  • Leitud 35 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Analysis and visualisation of large scale microarray data - doktorikraadJaak Vilo; Juhan SedmanKaitstud2015Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Annotation Driven Hierarchical Clustering Analysis - magistrikraad (teaduskraad)Jaak ViloKaitstud2007Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Automatic Prediction of Source Code Contribution Type - magistrikraad (teaduskraad)Ulrich Norbisrath; Jaak ViloKaitstud2007Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Bioinformatics data integration - doktorikraadJaak Vilo; Hedi PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Bioinformatics Models for Disease Risk Assessment - doktorikraadJaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Biomedical Text Mining - doktorikraadJaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Co-expression queries across multiple experiments - magistrikraad (teaduskraad)Jaak Vilo; Sven Laur; Jüri LemberKaitstud2008Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Discovery, Modelling and Simulation of Stem Cell Regulatory Networks in Silico - doktorikraadJaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Eestikeelsete terviselugude andmekaeve - doktorikraadKadri Muischnek; Jaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool
Electronic health data for personalized medicineReisberg, SulevdoktorikraadJaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Enabling Personalized Medicine through Law: Possibilities, Obstacles, and RisksPormeister, KärtdoktorikraadIrene Kull; Jaak Vilo; Katrin Õunap; Barbara J. Evans (University of Houston, TX)JuhendamiselTartu Ülikool
Estimating differential expression from multiple indicatorsIlmjärv, StendoktorikraadJaak Vilo; Eero Vasar; Hendrik LuukKaitstud2015Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut
Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes - doktorikraadJaak Vilo; Juhan SedmanKaitstud2015Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut
Functional Analysis of Gene Lists, Networks and Regulatory Systems - doktorikraadJaak ViloKaitstud2010Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding - magistrikraad (teaduskraad)Jaak Vilo; Sven LaurKaitstud2008Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Gene Ontology mining tool GOSt - magistrikraad (teaduskraad)Jaak ViloKaitstud2006Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Globaalne geeniekspressioonianalüüs üle mitme ekspressiooniandmestiku - magistrikraad (teaduskraad)Jaak ViloKaitstud2007Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Haplotype inference using overlapping segments - magistrikraad (teaduskraad)Jaak Vilo; Sven LaurKaitstud2006Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Integration methods for multi-omic dataLepik, KaidodoktorikraadJaak Vilo; Hedi PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Kiire klasterdamine meetrilistes ruumides - magistrikraad (teaduskraad)Jaak ViloKaitstud2004Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Klasterduspõhine motiiviotsing lühikestel peptiididelAllikivi, Mari-LiismagistrikraadMeelis Kull; Jaak ViloKaitstud2015Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Large-scale gene expression data analysisUfliand, AnnadoktorikraadJaak ViloJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Machine learning methods in Bioinformatics - doktorikraadJaak Vilo; Sven LaurJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond
Management and analysis of massive full-scale genome data.Tasa, TõnisdoktorikraadJaak Vilo; Lili Azin Milani; Reedik MägiJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Methods for re-using public gene expression data - doktorikraadJaak ViloKaitstud2014Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
  • Leitud 3 kirjet
TüüpPrioriteedi numberPrioriteedi kuupäevPrioriteedi klassifikaatorPealkiriAutoridFailAsutused
Patentne leiutisUS 14/079,62613.11.2013Rahvusvaheline (IPC)Peptiidide profileerimine ja humoraalse immuunsuse monitooringKaia Palm; Lagle Kasak; Anri Kivil; Ave Kris Lend; Toomas Neuman; Arno Pihlak; Anti Alman; Mari-Liis Krupp; Meelis Kull; Balaji Rajashekar; Sulev Reisberg; Martin Sauk; Gerli Viikmaa; Jaak ViloProtobios OÜ
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries in a Network of Interconnected NodesKonstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas Cervantes; Jaak Vilo; Marlon DumasSkype Technologies OÜ
Patentne leiutis24.10.2011USA (USPC)Processing Search Queries Using a Data StructureKonstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas Cervantes; Jaak Vilo; Marlon DumasSkype Technologies OÜ
  • Leitud 2 kirjet
PealkiriValdkondKontaktisikAsutus
Andmekaeve, masinõpe, algoritmid4. Loodusteadused ja tehnikaJaak ViloTartu Ülikool
Statistiliste uuringute IT lahendused ja uuringute andmebaasidJaak ViloTartu Ülikool