Jaak Vilo

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
vilo@ut.ee
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformaatika ;
BIIT rühm http://biit.cs.ut.ee/ ;
TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja.
Eesti Teaduste Akadeemia liige
Google Scholar profiil: http://eid.ee/3qj

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2012–...    Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01)
01.09.2009–...    Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20)
01.12.2007–...    Tartu Ülikool, Professor (Bioinformaatika), Arvutiteaduse instituut. (1,00)
01.01.2006–...    OÜ Quretec, juhatuse liige (0,05)
2008–2008    Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    Tartu Ülikool, Vanemteadur, Arvutiteaduse instituut (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    Tartu Ülikool, Dotsent, Arvutiteaduse instituut (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, erak. vanemteadur, 0.1
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,Senior Techincal Officer / Researcher
01.01.1997–31.12.1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse instituut, uurimisassistent
01.01.1993–31.12.1997    Helsingi Ülikool, assistent (5-aastane ametikoht)
01.01.1991–31.12.1993    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
01.01.1990–31.12.1990    Küberneetika Instituut, insener
01.01.1989–31.12.1990    Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja
 
 
Haridustee
1991–1999    Helsingi Ülikool, Arvutiteadus, PhD, 2002
1984–1991    Tartu Ülikool, Rakendusmatemaatika, 1991
1973–1984    Tallinna II Keskkool (Reaalkool)
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2014−...    Tartu Ülikooli Realia ja Naturalia valdkonna nõukogu liige.
2012−...    Tartu Ülikooli Senati liige 2012-
2012−...    ETAG Hindamisnõukogu liige
2012−...    Eesti Teaduste Akadeemia liige
2011−...    TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja, instituudi nõukogu esimees
2011−...    Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuuri ETAIS nõukogu esimees
2008−...    Tartu Ülikooli Teadusarvutuste Keskuse Nõukogu liige
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Mitmete ajakirjade (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) reviewer
2000−...    Rahvusvahelise bioinformaatika seltsi ISCB liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), liige
2014−2014    ECCB - valdkonna programmkomitee juht
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Rahvusvahelise ESFRI projekti ELIXIR ajutise nõukogu liige (Eesti teaduslik esindaja)
2010−2010    Euroopa Bioinformaatika konverentsi ECCB2010 Programmkomitee Valdkonna juht
2008−2011    Euroopa bioinformaatika teadusinfrastruktuuri projekti ELIXIR hariduse- ja teadusressursside alakomiteede liige, Eesti esindaja.
2007−2015    Matemaatika-Informaatika teaduskonna nõukogu liige
2006−2011    Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010" juhtkomitee juht
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, juuni 2005, (Põhjamaade Bioinformaatika seltsi) konverentsi programm- ja orgkomitee liige.
2005−2005    Bioinformaatika professori valimiste nõukogude liige (TTÜ, TÜ)
2005−2009    Eesti GRID juhtkomitee liige (THM moodustatud)
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Programmkomitee liige
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Programmikomitee liige

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2016, Jaak Vilo, Väike medal, Tartu Ülikool
2015, Jaak Vilo, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Sten Ilmjärve konkursitöö „Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel” juhendamise eest terviseuuringutevaldkonnas (I preemia meditsiinivaldkonna doktoritööde kategoorias);
2014, Jaak Vilo, Infotehnoloogia Ettevõtete Liidu (ITL) Aasta tegija 2013
2013, Jaak Vilo, Eesti Valgetähe III klassi teenetemärk
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - ajakirja aasta 2009 parima teadusartikli preemia nominent
2010, Jaak Vilo, Haridus- ja tedusministri tänukiri Jüri Reimandi doktoritöö (2010 aasta peapreemia doktoritööde hulgas) juhendamise eest
2008, Jaak Vilo, Haridus- ja teadusministri tänukiri Konstantin Tretjakovi I preemia väärilise magistritöö juhendamise eest.
2004, Jaak Vilo, Parima posteri auhind - ISMB-ECCB 2004, Glasgow
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria); PÕHISUUND: Bioinformaatika, andmekaeve
 
 
Lisainfo
Ph.D., Helsingi Ülikool, 2002.

Lõppenud projektid

Juhendamisel väitekirjad

Juhendatud väitekirjad

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994

Jaak Vilo

14.11.1966
737 5483
+372 50 49 365
vilo@ut.ee
http://biit.cs.ut.ee/
Professor, Bioinformatics;
BIIT group http://biit.cs.ut.ee/,
Head of the Institute of Computer Science, University of Tartu
Member of Estonian Academy of Sciences
Google Scholar profile: http://eid.ee/3qj

Career

Institution and occupation
01.01.2012–...    Estonian Academy of Sciences, Member (0,01)
01.09.2009–...    STACC - Software Technologies and Applications Competence Center, Strategic area leader (0,20)
01.12.2007–...    University of Tartu, Professor (Bioinformatics), Institute of Computer Science (1,00)
01.01.2006–...    Quretec Ltd, Member of Board (0,05)
2008–2008    Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20)
01.09.2005–30.11.2007    University of Tartu, Senior Researcher, Institute of Computer Science (1,00)
01.09.2004–31.08.2005    University of Tartu, Associate Professor, Institute of Computer Science (0,50)
01.01.2002–31.12.2006    Eesti Biokeskus, scientist, grant holder (0.1)
01.01.2002–31.12.2006    EGeen Inc, Director of Informatics
01.01.1999–31.12.2002    European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,
01.01.1997–31.12.1999    University of Helsinki, Department of Computer Science, Research assistent
01.01.1993–31.12.1997    University of Helsinki, Research assistent (5-year official elected position holder)
01.01.1991–31.12.1993    University of Helsinki, Department of Computer Science teaching assistant
01.01.1990–31.12.1990    Institute of Cybernetics, Talinn, Engineer
01.01.1989–31.12.1990    University of Helsinki (teaching assistant)
 
 
Education
1991–1999    Ph.D., University of Helsinki, Computer Science, 2002
1984–1991    M.Sc., Tartu University, Applied Mathematics. 1991
1973–1984    Tallinn II Secondary School (Reaalkool)
 
 
R&D related managerial and administrative work
2014−...    Member of the council of Realia et Naturalia area of the University of Tartu
2012−...    Member of the Senate of University of Tartu
2012−...    Estonian Research Council evaluation board member
2012−...    Member of Estonian National Academy of Sciences
2011−...    Head of the Institute of Computer Science, Head of the Council
2011−...    Chairman of the board of Estonian Scientific Computing Infrastructure (ETAIS)
2008−...    Member of the board of the High Performance Computing Center, University of Tartu
2006−...    ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- ..
2000−...    Reviewer for several journals (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc)
2000−...    International Society for Computational Biology (ISCB, http://www.iscb.org/) liige
1991−...    Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), professional member
2014−2014    ECCB - Programme committee area co-chair (gene expression)
2011−2016    Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht
2011−2013    Member of the interim board of ELIXIR, the international bioinformatics research infrastructure project. Scientific representative of Estonia.
2010−2010    European Conference on Computational Biology (ECCB-2010) - Programme committee Area Chair
2008−2011    Representative of Estonia to ELIXIR (ESFRI Infrastructure Bioinformatics project) education and science resources subcommittees
2007−2015    Member of the council of the faculty of Mathematics and Informatics
2006−2011    Head of the Steering committee of the "National Programme of the Estonian Language Technology (2006-2010)"
2005−2005    Bioinformatics 2005, Tartu, June 2005 - Programme and Organizational committee member
2005−2009    Member of the Estonian GRID board appointed by the Ministry of Research and Education
2004−2004    WABI 2004 Program committee member
2004−2010    Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Program Committee member
2004−2009    European Conference on Computational Biology (ECCB) Program Committee Member

Qualifications

 
 
Honours & awards
2016, Jaak Vilo, Small Medal, University of Tartu
2015, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Sten Ilmjärv PhD thesis that received the I prize in national PhD series.
2014, Jaak Vilo, The "Person of the Year of 2013" by Estonian Association of ICT companies
2013, Jaak Vilo, Estonian Order of the White Star III class
2010, Jaak Vilo, Genome Biology - Best Research Paper Award 2009 shortlisted nominee
2010, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Jüri Reimands PhD that received top national prize in PhD series
2008, Jaak Vilo, Ministrer of Education and Science - award to Konstantin Tretjakov MSc work (I prize) supervision
2004, Jaak Vilo, Best poster award - ISMB/ECCB 2004, Glasgow (10 out of over 1000 posters)
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control ; SPECIALITY: Bioinformatics, systems biology, and data mining
 
 
Additional information
Doctor of Philosophy (Ph.D.)
University of Helsinki, 2002

Completed projects

Dissertations under supervision

Supervised dissertations

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.1.
2014
1.3.
2014
3.1.
2014
6.7.
2014
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
1.3.
2013
6.6.
2013
6.7.
2013
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
1.1.
2012
3.1.
2012
3.4.
2012
6.6.
2012
6.7.
2012
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
1.1.
2011
3.1.
2011
5.1.
2011
5.1.
2011
5.2.
2011
6.6.
2011
6.6.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
1.2.
2010
3.1.
2010
3.1.
2010
3.2.
2010
3.2.
2010
3.4.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
3.1.
2009
3.2.
2009
6.3.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
3.1.
2008
5.2.
2008
6.6.
2008
6.6.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
3.5.
2007
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2006
6.6.
2005
1.1.
2004
1.1.
2003
1.1.
2003
3.1.
2003
6.2.
2003
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.1.
2002
1.2.
2002
2.3.
2002
1.1.
2001
1.1.
2001
1.1.
2001
1.2.
2001
3.1.
2001
1.1.
2000
3.2.
2000
1.1.
1998
5.2.
1998
3.2.
1997
3.1.
1996
3.2.
1996
3.5.
1996
3.1.
1994