737 6437
www.twitter.com/hedipeterson
hedi.peterson@ut.ee

Teenistuskäik

Haridustee
2006–2015   
Tartu Ülikool, bioinformaatika PhD
2005–2006   
Uppsala Ülikool, bioinformaatika M.Sc, vahetusüliõpilane
2004–2006   
Tartu Ülikool, bioinformaatika M.Sc
2000–2004   
Tartu Ülikool, bioinformaatika B.Sc
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2018−...   
Tryggve Reference Group liige
2016−...   
Euroopa Komisjon, Horizon 2020 teaduse- ja innovatsiooni programmi granditaotluste ekspert "LIF" paneelis
2006−...   
ISCBSC
2005−...   
SOCBIN
2004−...   
ISCB
 
 
Teenistuskäigu lisainfo
Available in English;

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2017, Hedi Peterson, Researcher of the year 2017, Institute of Computer Science, University of Tartu
2010, Hedi Peterson, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Kaur Alasoo konkursitöö „Tugivektormasinate kombineerimine angiogeneesiga seotud geenide ennustamiseks” juhendamise eest loodusteaduste ja tehnika valdkonnas (I preemia)
2006, Hedi Peterson, Gertrud Thelins stipendium Tartu Ülikooli tudengitele õpinguteks Uppsala Ülikoolis, 2006/2007 õppeaasta kevadsemester
2005, Hedi Peterson, Human Research Potential & the Socio-economic Knowledge Base: Access to Research Infrastructures (ARI), 09.03-10.04.2005 Uppsala
2005, Hedi Peterson, Kristjan-Jaagu tasemeõppe stipendium, 2005/06 õppeaasta Uppsala Ülikoolis
2004, Hedi Peterson, Eesti olümpiakomitee kõrghariduse stipendium tippsportlastele, 2004/2005-2005/2006
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud; PÕHISUUND: süsteemibioloogia geeniregulatsiooni bioinformaatika, süsteemibioloogia; geeniregulatsiooni bioinformaatika
VALDKOND: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS ERIALA: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria)

Lõppenud projektid

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2019
1.1.
2019
1.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.5.
2013
3.5.
2012
1.1.
2011
3.5.
2011
3.5.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
13.09.2019
737 6437
www.twitter.com/hedipeterson
hedi.peterson@ut.ee

Career

Education
2006–2015   
University of Tartu, PhD bioinformatics
2005–2006   
University of Uppsala, M.Sc bioinformatics
2004–2006   
University of Tartu, M.Sc bioinformatics
2000–2004   
University of Tartu, B.Sc bioinformatics
 
 
R&D related managerial and administrative work
2018−...   
Member of Tryggve Reference Group
2016−...   
European Commission, Horizon 2020 research and innovation program; expert-evaluator in “LIF” expert panel
2006−...   
ISCBSC
2005−...   
SOCBIN
2004−...   
ISCB
 
 
Additional career information
Teaching activities:

1. ELIXIR-Estonia course “Web-based tools to analyse and interpret high-throughput biological data”,
Institute Pasteur, France 18.10.2016
2. ELIXIR-Estonia course “Web-based tools to analyse and interpret high-throughput biological data”,
University of Oxford, UK, 12.01.2016
3. ELIXIR Linux Command Line course, Tartu, 15.05.2015
4. ELIXIR g:Profiler course, Tartu, 05.12.2014
5. Lectures of Bioinformatics course, Tartu, autumnt 2010
6. BIIT service workshop City of Hope, USA, 23.11.2010
7. EMBO Practical course for microarray analysis, Hinxton, UK 20.10.2010
8. EMBO Practical course for microarray analysis, Hinxton, UK 15.10.2009
9. 9th BioSapiens European Bioinformatics School, Brussels, Belgium 30.01.2009
10. EBI Roadshow 2009, Tartu 07.-10.09.2009 (main local organiser)
11. ENFIN-EMBRACE workshop, Helsinki, Finland 06.10.2009

Undergraduate supervising activities:

1. Andreas Ellervee, bachelor thesis “Automatic detection of intermediate genes responsible for signal mediation from high-throughput data” 2015)
2. Henry Mägi, bachelor thesis “RNA-seq pipeline” (2014)
3. Kaur Alasoo, bachelor thesis „Combining Support Vector Machines to Predict Novel Angiogenesis Genes“ (2010) (The thesis got the First prizes from the Estonian Ministry of Education and Science from the Estonian Academy of Sciences in 2010)
4. Priidik Vaikla, bachelor thesis „Project management system by the example of BIIT scientific group“ (2008)
5. Sten Ilmjärv, bachelor thesis„Describing transcription start sites in Saccharomyces cerevisiae“ (2007)
6. Marten Teino, bachelor thesis „Scientific literature database for a research group“ (2007)
;

Qualifications

 
 
Honours & awards
2017, Hedi Peterson, Researcher of the year 2017, Institute of Computer Science, University of Tartu
2010, Hedi Peterson, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Kaur Alasoo's bachelor thesis " Combining Support Vector Machines to Predict Novel Angiogenesis Genes" in Natural Sciences and Engineering (1st prize)
2006, Hedi Peterson, Gertrud Thelin's scholarship for University of Tartu students for studing at University of Uppsala, spring semester 2006/2007
2005, Hedi Peterson, Human Research Potential & the Socio-economic Knowledge Base: Access to Research Infrastructures (ARI), 09.03-10.04.2005 Uppsala
2005, Hedi Peterson, Kristjan-Jaak fellowship for studying at the University of Uppsala, 2005/06 academic year
2004, Hedi Peterson, Estonian Olympic Committee scholarship for Higher Education studies for National Level athletes, 2004/2005-2005/2006
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.12. Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Economic and Technological Research relating to Bio- and Environmental Sciences; SPECIALITY: systems biology, bioinformatics of gene regulation
FIELD OF RESEARCH: 3. Health; 3.11. Biochemistry, Genetics, Microbiology, Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics relating to Health Studies; CERCS SPECIALITY: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALITY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control
 
 

Completed projects

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2019
1.1.
2019
1.1.
2018
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.5.
2013
3.5.
2012
1.1.
2011
3.5.
2011
3.5.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
13.09.2019
  • Leitud 19 kirjet
ProgrammLiikNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusFinantseerijapoolne rahastamine
1.2.3.3.AgedBrainSYSBIO (305299)Aju vananemisega seotud bioloogiliste radade süsteemibioloogia01.01.201330.06.2017Jaak ViloOÜ Quretec463 520,00 EUR
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut583 000,00 EUR
PSGPSG59Arvutuslik analüüs ja teadmised bioloogilistest andmetest (OmicNet)01.01.201831.12.2020Hedi PetersonTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut150 000,00 EUR
MUULSHG-CT-2003-503329ATD - The Alternate Transcript Diversity Project01.03.200428.02.2007Jaak ViloEesti Biokeskus112 200,03 EUR
2.2.VLTAT18415B cell repertoire bioinformatic analysis in APS-l patients01.08.201831.01.2021Hedi PetersonTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut21 083,75 EUR
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Biomarkerite tuvastamine korduvate toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro süsteemides01.01.201131.12.2015Jaak ViloOÜ Quretec145 372,80 EUR
1.1.5.3.4.1.2.SLTAT16431TEesti eluteaduste andmete teadustaristu01.03.201631.08.2022Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut987 282,88 EUR
MUUSMTAT12017T/1Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR01.11.201231.08.2015Jaak ViloTartu Ülikool393 700,00 EUR
1.2.3.4.MMTAT15103RELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences01.09.201531.08.2019Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut550 003,00 EUR
MUUESNATSEmbrüonaalsete tüvirakkude põhised alternatiivsed testimisstrateegiad01.04.200831.03.2013Jaak ViloOÜ Quretec447 381,54 EUR
MUUENFIN (LSHG-CT-2005-518254)ENFIN - Süsteemibioloogia15.11.200514.11.2010Jaak ViloOÜ Quretec287 602,42 EUR
ETFETF5724Geeniregulatsiooni bioinformaatika (BiGeR)01.01.200431.12.2007Jaak ViloEesti Biokeskus33 858,74 EUR
TKAlamprojektTAR16013 (EXCITE) (TK148)IT Tippkeskus EXCITE01.09.201601.03.2023Maarja KruusmaaTallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Cybernetica AS2 642 075,15 EUR
TKSLTAT16148T (TK148)IT Tippkeskus EXCITE (TK148)01.01.201601.03.2023Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut1 446 840,73 EUR
SFSF0180008s12Kaasaegsed teadusarvutuste meetodid, platvormid ja rakendused. 01.01.201231.12.2014Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond306 870,00 EUR
MUUSMTAT08157Lähetus: Wellcome Trust Conference Centre, Genome Informatics.10.09.200814.09.2008Hedi PetersonTartu Ülikool778,70 EUR
ETFETF7437Paljude geeniekspressiooniandmete ühisanalüüs (MEM)01.01.200831.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond64 222,50 EUR
SFSF0182712s06Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise meetodid, arvutuskeskkonnad ja rakendused.01.01.200631.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond584 274,70 EUR
1.2.3.4.MLTAT18497R (825775)Ühistaristu loomine Euroopa, Kanada ja Aafrika rahvuslike kohortide jaoks01.01.201931.12.2022Kaur AlasooTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut206 250,00 EUR