Hedi Peterson

737 6437
hedi.peterson@ut.ee
F-4920-2017
0000-0001-9951-5116

Teenistuskäik

Töökohad ja ametid
01.01.2017–...    Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika vanemteadur (0,80)
01.01.2014–...    Quretec, juhtivteadur
02.03.2016–31.12.2016    Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (0,80)
01.01.2016–01.03.2016    Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (0,80)
01.11.2015–31.12.2015    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (0,80)
01.09.2015–31.10.2015    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)
01.01.2014–31.08.2015    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)
01.12.2013–31.12.2013    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (1,00)
01.09.2011–30.11.2013    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (0,30)
01.07.2011–30.11.2013    Genfi Ülikool, Genfi Ülikool, järeldoktor (1,00)
01.06.2011–31.08.2011    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teadur (1,00)
01.09.2008–31.05.2011    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teadur (0,10)
01.10.2007–30.11.2007    Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (0,10)
2007–2011    OÜ Quretec, Teadur (1,00)
01.01.2007–31.12.2011    QureTec, teadur
2006–2006    Eesti Biokeskus, Erakorraline teadur (0,10)
01.01.2006–31.12.2007    Egeen, teadur
2005–2005    Eesti Biokeskus, programmeerija (0,10)
 
 
Haridustee
2006–2015    Tartu Ülikool, bioinformaatika PhD
2005–2006    Uppsala Ülikool, bioinformaatika M.Sc, vahetusüliõpilane
2004–2006    Tartu Ülikool, bioinformaatika M.Sc
2000–2004    Tartu Ülikool, bioinformaatika B.Sc
 
 
Teadusorganisatsiooniline ja -administratiivne tegevus
2016−...    Euroopa Komisjon, Horizon 2020 teaduse- ja innovatsiooni programmi granditaotluste ekspert "LIF" paneelis
2006−...    ISCBSC
2005−...    SOCBIN
2004−...    ISCB

Kvalifikatsioon

 
 
Teaduspreemiad ja tunnustused
2010, Hedi Peterson, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Kaur Alasoo konkursitöö „Tugivektormasinate kombineerimine angiogeneesiga seotud geenide ennustamiseks” juhendamise eest loodusteaduste ja tehnika valdkonnas (I preemia)
2006, Hedi Peterson, Gertrud Thelins stipendium Tartu Ülikooli tudengitele õpinguteks Uppsala Ülikoolis, 2006/2007 õppeaasta kevadsemester
2005, Hedi Peterson, Human Research Potential & the Socio-economic Knowledge Base: Access to Research Infrastructures (ARI), 09.03-10.04.2005 Uppsala
2005, Hedi Peterson, Kristjan-Jaagu tasemeõppe stipendium, 2005/06 õppeaasta Uppsala Ülikoolis
2004, Hedi Peterson, Eesti olümpiakomitee kõrghariduse stipendium tippsportlastele, 2004/2005-2005/2006
 
 
Teadustöö põhisuunad
VALDKOND: 1. Bio- ja keskkonnateadused; 1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud; PÕHISUUND: süsteemibioloogia geeniregulatsiooni bioinformaatika, süsteemibioloogia; geeniregulatsiooni bioinformaatika
VALDKOND: 3. Terviseuuringud; 3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatika; CERCS ERIALA: B110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika
VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria)

Lõppenud projektid

Publikatsioonid

Klass
Aasta
Publikatsioon
 
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.5.
2013
3.5.
2012
1.1.
2011
3.5.
2011
3.5.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007

Hedi Peterson

737 6437
hedi.peterson@ut.ee
F-4920-2017
0000-0001-9951-5116

Career

Institution and occupation
01.01.2017–...    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Senior Researcher (0,80)
01.01.2014–...    Quretec, Lead researcher
02.03.2016–31.12.2016    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (0,80)
01.01.2016–01.03.2016    University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (0,80)
01.11.2015–31.12.2015    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (0,80)
01.09.2015–31.10.2015    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (1,00)
01.01.2014–31.08.2015    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow of Bioinformatics (1,00)
01.12.2013–31.12.2013    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (1,00)
01.09.2011–30.11.2013    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (0,30)
01.07.2011–30.11.2013    Genfi Ülikool, University of Geneva, Postdoctoral researcher (1,00)
01.06.2011–31.08.2011    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow (1,00)
01.09.2008–31.05.2011    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow (0,10)
01.10.2007–30.11.2007    University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Programmer (0,10)
2007–2011    Quretec Ltd, Researcher (1,00)
01.01.2007–31.12.2011    QureTec, scientist
2006–2006    Estonian Biocentre, Extraordinary Researcher (0,10)
01.01.2006–31.12.2007    Egeen, scientist
2005–2005    Estonian Biocentre, Other staff (0,10)
 
 
Education
2006–2015    University of Tartu, PhD bioinformatics
2005–2006    University of Uppsala, M.Sc bioinformatics
2004–2006    University of Tartu, M.Sc bioinformatics
2000–2004    University of Tartu, B.Sc bioinformatics
 
 
R&D related managerial and administrative work
2016−...    European Commission, Horizon 2020 research and innovation program; expert-evaluator in “LIF” expert panel
2006−...    ISCBSC
2005−...    SOCBIN
2004−...    ISCB

Qualifications

 
 
Honours & awards
2010, Hedi Peterson, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Kaur Alasoo's bachelor thesis " Combining Support Vector Machines to Predict Novel Angiogenesis Genes" in Natural Sciences and Engineering (1st prize)
2006, Hedi Peterson, Gertrud Thelin's scholarship for University of Tartu students for studing at University of Uppsala, spring semester 2006/2007
2005, Hedi Peterson, Human Research Potential & the Socio-economic Knowledge Base: Access to Research Infrastructures (ARI), 09.03-10.04.2005 Uppsala
2005, Hedi Peterson, Kristjan-Jaak fellowship for studying at the University of Uppsala, 2005/06 academic year
2004, Hedi Peterson, Estonian Olympic Committee scholarship for Higher Education studies for National Level athletes, 2004/2005-2005/2006
 
 
Field of research
FIELD OF RESEARCH: 1. Biosciences and Environment; 1.12. Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Economic and Technological Research relating to Bio- and Environmental Sciences; SPECIALITY: systems biology, bioinformatics of gene regulation
FIELD OF RESEARCH: 3. Health; 3.11. Biochemistry, Genetics, Microbiology, Biotechnology, Molecular Biology, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics relating to Health Studies; CERCS SPECIALTY: B110 Bioinformatics, medical informatics, biomathematics, biometrics
FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control
 
 

Completed projects

Publications

Category
Year
Publication
 
1.1.
2017
1.1.
2017
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2016
1.1.
2015
1.1.
2015
1.1.
2013
1.1.
2013
1.1.
2013
3.5.
2013
3.5.
2012
1.1.
2011
3.5.
2011
3.5.
2011
1.1.
2010
1.1.
2010
1.1.
2010
5.1.
2010
5.1.
2010
1.1.
2009
1.1.
2009
3.1.
2009
1.1.
2008
1.1.
2008
1.1.
2007
3.5.
2007
  • Leitud 15 kirjet
ProgrammNumberNimiProjekti algusProjekti lõppVastutav täitjaAsutusRahastamine kokku
1.2.3.3.AgedBrainSYSBIO (305299)Aju vananemisega seotud bioloogiliste radade süsteemibioloogia01.01.201330.06.2017Jaak ViloOÜ Quretec463 520,00 EUR
IUTIUT34-4Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)01.01.201531.12.2020Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut349 800,00 EUR
MUULSHG-CT-2003-503329ATD - The Alternate Transcript Diversity Project01.03.200428.02.2007Jaak ViloEesti Biokeskus112 200,03 EUR
1.2.3.3.DETECTIVE (266838)Biomarkerite tuvastamine korduvate toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro süsteemides01.01.201131.12.2015Jaak ViloOÜ Quretec145 372,80 EUR
1.1.5.3.4.1.2.SLTAT16431TEesti eluteaduste andmete teadustaristu01.03.201631.08.2022Jaak ViloTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut987 282,88 EUR
MUUSMTAT12017T/1Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR01.11.201231.08.2015Jaak ViloTartu Ülikool393 700,00 EUR
MUUMMTAT15103RELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences01.09.201531.08.2019Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut550 003,00 EUR
MUUESNATSEmbrüonaalsete tüvirakkude põhised alternatiivsed testimisstrateegiad01.04.200831.03.2013Jaak ViloOÜ Quretec447 381,54 EUR
MUUENFIN (LSHG-CT-2005-518254)ENFIN - Süsteemibioloogia15.11.200514.11.2010Jaak ViloOÜ Quretec287 602,42 EUR
ETFETF5724Geeniregulatsiooni bioinformaatika (BiGeR)01.01.200431.12.2007Jaak ViloEesti Biokeskus33 858,74 EUR
TKTAR16013 (EXCITE) (TK148)IT Tippkeskus EXCITE01.09.201631.08.2023Maarja KruusmaaTallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut; Cybernetica AS2 642 075,15 EUR
SFSF0180008s12Kaasaegsed teadusarvutuste meetodid, platvormid ja rakendused. 01.01.201231.12.2014Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond306 870,00 EUR
MUUSMTAT08157Lähetus: Wellcome Trust Conference Centre, Genome Informatics.10.09.200814.09.2008Hedi PetersonTartu Ülikool778,70 EUR
ETFETF7437Paljude geeniekspressiooniandmete ühisanalüüs (MEM)01.01.200831.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond64 222,50 EUR
SFSF0182712s06Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise meetodid, arvutuskeskkonnad ja rakendused.01.01.200631.12.2011Jaak ViloTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond584 274,70 EUR
  • Leitud 31 kirjet
PublikatsioonKlassifikaatorFail
Fishman, Dmytro; Kisand, Kai; Hertel, Christina; Rothe, Mike; Remm, Anu; Pihlap, Maire; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Peet, Aleksandr; Meloni, Antonella; Podkrajsek, Katarina Trebusak; Battelino, Tadej; Bruserud, Øyvind; Wolff, Anette S B; Husebye, Eystein S; Kluger, Nicolas; Krohn, Kai; Ranki, Annamari; Peterson, Hedi; Hayday, Adrian ... Peterson, Pärt (2017).

Autoantibody Repertoire in APECED Patients Targets Two Distinct Subgroups of Proteins.

. Frontiers in immunology, 8, 976−976.10.3389/fimmu.2017.00976.
1.1.
Lepik, Kaido; Annilo, Tarmo; Kukuškina, Viktorija; eQTLGen Consortium; Kisand, Kai; Kutalik, Zoltán; Peterson, Pärt; Peterson, Hedi (2017). C-reactive protein upregulates the whole blood expression of CD59 - an integrative analysis. PLoS Computational Biology.10.1371/journal.pcbi.1005766.1.1.
Colaianna, Marilena; Ilmjärv, Sten; Peterson, Hedi; Kern, Ilse; Julien, Stephanie; Baquié, Mathurin; Pallocca, Giorgia; Bosgra, Sieto; Sachinidis, Agapios; Hengstler, Jan G; Leist, Marcel; Krause, Karl-Heinz (2017). Fingerprinting of neurotoxic compounds using a mouse embryonic stem cell dual luminescence reporter assay. Archives of toxicology, 365−391.s00204-016-1690-2.1.1.
Altmäe, S; Tamm-Rosenstein, K; Esteban, F.J.; Simm, J; Kolberg, L; Peterson, H; Metsis, M; Haldre, K; Horcajadas, J.A.; Salumets, A; Stavreus-Evers, A. (2017). Natural cycle is superior to artificial cycle in endometrial preparation for frozen embryo transfer in women with recurrent implantation failure: endometrial transcriptome analysis. Reproductive BioMedicine Online, XX−XX.x [ilmumas].1.1.
Šahmatova, Liisi; Sügis, Elena; Šunina, Marina; Hermann, Helen; Prans, Ele; Pihlap, Maire; Abram, Kristi; Rebane, Ana; Peterson, Hedi; Peterson, Pärt; Kingo, Külli; Kisand, Kai (2017). Signs of innate immune activation and premature immunosenescence in psoriasis patients. Scientific reports, 7 (1), 7553−7553.10.1038/s41598-017-07975-2.1.1.
Fernando, Ruani N; Chaudhari, Umesh; Escher, Sylvia E; Hengstler, Jan G; Hescheler, Jürgen; Jennings, Paul; Keun, Hector C; Kleinjans, Jos C S; Kolde, Raivo; Kollipara, Laxmikanth; Kopp-Schneider, Annette; Limonciel, Alice; Nemade, Harshal; Nguemo, Filomain; Peterson, Hedi; Prieto, Pilar; Rodrigues, Robim M; Sachinidis, Agapios; Schäfer, Christoph; Sickmann, Albert ... Rogiers, Vera (2016). "Watching the Detectives" report of the general assembly of the EU project DETECTIVE Brussels, 24-25 November 2015. Archives of toxicology, 90 (6), 1529−1539.10.1007/s00204-016-1719-6.1.1.
Meyer, Steffen; Woodward, Martin; Hertel, Christina; Vlaicu, Philip; Haque, Yasmin; Kärner, Jaanika; Macagno, Annalisa; Onuoha, Shimobi C; Fishman, Dmytro; Peterson, Hedi; Metsküla, Kaja; Uibo, Raivo; Jäntti, Kirsi; Hokynar, Kati; Wolff, Anette S B; ,; Krohn, Kai; Ranki, Annamari; Peterson, Pärt; Kisand, Kai ... Hayday, Adrian (2016). AIRE-Deficient Patients Harbor Unique High-Affinity Disease-Ameliorating Autoantibodies. Cell, 166 (3), 582−595.10.1016/j.cell.2016.06.024.1.1.
Altmäe, Signe; Tamm-Rosenstein, Karin; Esteban Francisco J.; Simm, Jaak; Kolberg, Liis; Peterson, Hedi; Metsis, Madis; Haldre, Kai; Horcajadas, Jose A.; Salumets, Andres; Stavreus-Evers, Anneli (2016). Endometrial transcriptome analysis indicates superiority of natural over artificial cycles in recurrent implantation failure patients undergoing frozen embryo transfer. Reproductive BioMedicine Online, 32 (6), 597−613.10.1016/j.rbmo.2016.03.004.1.1.
Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Profiler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199.10.1093/nar/gkw199.1.1.
Cosset, É., Martinez, Y., Preynat-Seauve, O., Lobrinus, J.A., Tapparel, C., Cordey, S., Peterson, H., Petty, T.J., Colaianna, M., Tieng, V. and Tirefort, D. (2015). Human three-dimensional engineered neural tissue reveals cellular and molecular events following cytomegalovirus infection. Biomaterials, 296−308.10.1016/j.biomaterials.2015.02.094.1.1.
Jon Ison,*, Kristoffer Rapacki, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Emil Rydza, Piotr Chmura, Christian Anthon, Niall Beard, Karel Berka, Dan Bolser, Tim Booth, Anthony Bretaudeau, Jan Brezovsky, Rita Casadio, Gianni Cesareni, Frederik Coppens, Michael Cornell, Gianmauro Cuccuru, Kristian Davidsen, Gianluca Della Vedova, Tunca Dogan, Olivia Doppelt-Azeroual, Laura Emery, Elisabeth Gasteiger, Thomas Gatter, Tatyana Goldberg, Marie Grosjean, Björn Grüning, Manuela Helmer-Citterich, Hans Ienasescu, Vassilios Ioannidis, Martin Closter Jespersen, Rafael Jimenez, Nick Juty, Peter Juvan, Maximilian Koch, Camille Laibe, Jing-Woei Li, Luana Licata, Fabien Mareuil, Ivan Mičetić, Rune Møllegaard Friborg, Sebastien Moretti, Chris Morris, Steffen Möller, Aleksandra Nenadic, Hedi Peterson, Giuseppe Profiti, Peter Rice, Paolo Romano, Paola Roncaglia, Rabie Saidi, Andrea Schafferhans, Veit Schwämmle, Callum Smith, Maria Maddalena Sperotto, Heinz Stockinger, Radka Svobodová Vařeková, Silvio C.E. Tosatto, Victor de la Torre, Paolo Uva, Allegra Via, Guy Yachdav, Federico Zambelli, Gert Vriend, Burkhard Rost, Helen Parkinson, Peter Løngreen1 and Søren Brunak (2015). Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources. Nucleic Acids Research, 44 (D1), D38−D47.10.1093/nar/gkv1116.1.1.
Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell-derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143.10.1007/s00204-012-0967-3.1.1.
Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identifies IL-11 as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303.1.1.
Nayernia, Z.; Turchi, L.; Cosset, E.; Peterson, H.; Dutoit, V.; Dietrich, P.; Tirefort, D.; Chneiweiss, H.; Lobrinus, J.; Krause, K-H.; Virolle, T.; Preynat-Seauve, O. (2013). The relationship between brain tumor cell invasion of engineered neural tissues and in vivo features of glioblastoma. Biomaterials, 34 (33), 8279−8290.10.1016/j.biomaterials.2013.07.006.1.1.
Adler, Priit; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2013). Prioritization of protein-protein interactions associated with Alzheimer’s disease using data mining. Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK VII aastakonverentsi artiklite kogumik: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli VII aastakonverents 15.-16.11.2013. 3.5.
Nikolaeva, Elena; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2012). In silico modeling of histone modification dynamics associated with pluripotency in human embryonic stem cells. Bioinformatics Research and Education Workshop 2012; University of Bergen, Bergen, Norway; May 3rd-6th, 2012. 3.5.
Tserel, L.; Runnel, T.; Kisand, K.; Pihlap, M.; Bakhoff, L.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J.; Peterson, P.; Rebane, A. (2011). MicroRNA Expression Profiles of Human Blood Monocyte-derived Dendritic Cells and Macrophages Reveal miR-511 as Putative Positive Regulator of Toll-like Receptor 4. Journal of Biological Chemistry, 286 (30), 26487−26495.10.1074/jbc.M110.213561.1.1.
Nikolaeva, Elena; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2011). Visualization of ChiP data for Embryonic Stem Cell Database. Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK viienda aastakonverents; Eesti; 25.-26. novembril 2011. 3.5.
Nikolaeva, Elena; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2011). Visualization of ChiP data for ESCD. Bioinformatics Research and Education Workshop 2011; University of Tartu, Tartu, Estonia; May 20-22, 2011. 3.5.
Jung, Marc; Peterson, Hedi ; Chavez, Lukas; Kahlem, Pascal; Lehrach, Hans ; Vilo, Jaak ; Adjaye, James (2010). A Data Integration Approach to Mapping OCT4 Gene Regulatory Networks Operative in Embryonic Stem Cells and Embryonal Carcinoma Cells. PLoS ONE, 5 (5), e10709.10.1371/journal.pone.0010709.1.1.
Billon, Nathalie; Kolde, Raivo; Reimand, Juri; Monteiro, Miguel C; Kull, Meelis; Peterson, Hedi; Tretyakov, Konstantin; Adler, Priit; Wdziekonski, Brigitte; Vilo, Jaak; Dani, Christian (2010). Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell adipogenesis unravels new processes of adipocyte development. Genome Biology, 11 (8), R80.10.1186/gb-2010-11-8-r80.1.1.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tõnis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Genome-wide promoter analysis of histone modifications in human monocyte-derived antigen presenting cells. BMC Genomics, 11, 642.10.1186/1471-2164-11-642.1.1.
Rebane, Ana; Tserel, Liina; Kisand, Kai; Backhoff, Lairi; Runnel, Toomas; Kolde, Raivo; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Balanced Expression of miRNA-S Secures Differentiation and Maturation of Human Blood Monocyte Derived Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 512−513.5.1.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tonis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Gene Expression and Epigenetic Changes in Differentiation of Human Macrophages and Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 526−526.5.1.
Adler, P.; Kolde, R.; Kull, M.; Tkachenko, A.; Peterson, H.; Reimand, J.; Vilo, J. (2009). Mining for coexpression across hundreds of datasets using novel rank aggregation and visualisation methods. Genome Biology, 10 (12), R139.10.1186/gb-2009-10-12-r139.1.1.
  • Leitud 6 kirjet
PealkiriJuhendatavKraadJuhendajaKaitsmise staatusKaitsmise aastaAsutus
Automatic mapping of free texts tobioinformatics ontology termJaaniso, ErikmagistrikraadHedi PetersonKaitstud2016Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Bioinformatics data integrationFishman, DmytrodoktorikraadJaak Vilo; Hedi PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Integration methods for multi-omic dataLepik, KaidodoktorikraadJaak Vilo; Hedi PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut
Methodology for datadriven disease modelsKolberg, LiisdoktorikraadHedi PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Methods for integrating omics and health dataSalumets, AhtodoktorikraadHedi Peterson; Pärt PetersonJuhendamiselTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut
Promootorjärjestuste uurimine BxD hiireliini geeniekspressiooni dünaamika aluselIlmjärv, StenmagistrikraadHedi Peterson; Jaak ViloKaitstud2009Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool
  • Leitud 1 kirjet
AutoridPealkiriAsutus
Jaak Vilo; Raivo Kolde; Priit Adler; Meelis Kull; Jüri Reimand; Hedi PetersonMEM - Multi-Experiment-Matrix Gene expression search database and toolsTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut