See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF5724
ETF5724 "Geeniregulatsiooni bioinformaatika (BiGeR) (1.01.2004−31.12.2007)", Jaak Vilo, Eesti Biokeskus.
ETF5724
Geeniregulatsiooni bioinformaatika (BiGeR)
Bioinformatics of Gene Regulation (BiGeR)
1.01.2004
31.12.2007
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
AsutusRollPeriood
Eesti Biokeskuskoordinaator01.01.2004−31.12.2007
PerioodSumma
01.01.2004−31.12.2004115 000,00 EEK (7 349,84 EUR)
01.01.2005−31.12.2005135 294,12 EEK (8 646,87 EUR)
01.01.2006−31.12.2006138 000,00 EEK (8 819,81 EUR)
01.01.2007−31.12.2007141 480,00 EEK (9 042,22 EUR)
33 858,74 EUR
0,00 EUR

Elusorganismide normaalseks tööks on vajalik et geeniproduktid avalduksid ainult neis kudedes ja rakkudes kus neid on vaja ning ainult neil ajahetkedel mil neid on vaja vastavalt bioloogilistele protsessidele või väliskeskkonna mõjudele. Selle saavutamiseks peab geenide regulatsioon toimuma täpselt ning robustselt. Seepärast on ka väga oluline et meil tuleb paremini mõista kõiki geenide regulatsiooni aspekte suures skaalas kogu genoomi ulatuses. Käesolevas projektis on kavas 1) arendada välja andmebaas nii eksperimentaalselt tõestatud kui ka bioinformaatika meetoditega ennustatud geenide regulatsiooni aspekte valgustava informatsiooni talletamiseks ja analüüsiks, ning 2) arendada välja uudseid arvutuslikke meetode geenide regulatsiooni aspektide uurimiseks (in silico). Sellise andmebaasi loomine võimaldab edasi arendada uusi analüüsimeetodeid transkriptsioonifaktorite ning nende seondumissaitide kohta individuaalselt kui ka kombinatsioonis, geeniregulatsiooni moodulite kohta (millised geenid on mis tingimustes omavahel sarnaselt reguleeritud), ning veel üldisemalt geeniregulatsiooni võrgustike ning nende võrgustike omaduste kohta (kõikide trenskriptsioonifaktorite ning nende poolt reguleeritud geenide võrgud ehk graafid). Peale esmast andmebaasi loomist sooritame erinevaid arvutuslikke eksperimente geeniregulatsiooni mehhanimide ennustamiseks ning talletame saadud informatsiooni andmebaasi. Andmebaasi arendame edasi selliselt et uudseid analüüsitulemusi (ning ka varasemat infot) saaks efektiivselt võrrelda muu andmebaasis sisalduva teabega - nii eksperimentaalselt tõestatud kui ka ennustatud informatsiooniga. Projekti käigus loodud analüüsi-, võrdluse- ja visualiseerimise meetodid lisatakse olemasolevasse funktsionaalse genoomika tarbeks tehtud andmekaevandust (Dat Mining) võimaldavasse tarkvarapaketti Expression Profiler ning tehakse kättesaadavaks kõikidele teadlastele Eestis ja mujal. Projekti käigus kogutud uue informatsiooni teeme kättesaadavaks muu hulgas Euroopa Bioinformaatika Instituudi (EMBL-EBI) kodulehekülgedel (http://ep.ebi.ac.uk/) kustkaudu nende levik teadusmaailma on kõige efektiivsem. Samuti pakub koostöö EBI-ga võimalust kasutada suuremaid ja kiiremaid arvutiressursse.
For organism to function properly the gene products have to appear only in those tissues and cells where they are needed and only then when they are needed depending on the biological processes or environental pressures. In order to achieve this gene regulation has to function precisely and robustly. It is of a major importance to better understand all aspects of such regulation in large scale. In this project we propose to 1) establish a database for storing information about experimental as well as in silico predicted aspects about the gene regulation and 2) to develop novel computational methods for studying aspects of gene regulation in silico. The database will enable us to further develop novel analysis techniques for predicting information about transcription factors, their binding sites and combinations thereof, modules in transcriptional regulation (which genes are coregulated under specific biological processes), and more general gene regulatory networks and properties. After the establishment of the database the various computational analyses will be performed and analysis results entered. Database will be developed so that these results can be efficiently compared against other previously known experimentally verified information and/or previous predictions. New analysis and visualization methods that will developed during the project will be incorporated into the Expression Profiler and made available as a web enabled service. We will also make available the tools and results at the European Bioinformatics Institute web site (http://ep.ebi.ac.uk/) where they can be used on large scale computer environment.