"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7473
ETF7473 "Geenide ekspressioonimustri, ja staatuse (epigeneetilised muutused, geenivariatsioon, koopiaarvu muutused) uurimine mitteväikserakulise kopsuvähi korral kasvajate molekulaarse klassifitseerimise ning varajase diagnostika ja ravi optimeerimise eesmärg (1.01.2008−31.12.2011)", Neeme Tõnisson, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
ETF7473
Geenide ekspressioonimustri, ja staatuse (epigeneetilised muutused, geenivariatsioon, koopiaarvu muutused) uurimine mitteväikserakulise kopsuvähi korral kasvajate molekulaarse klassifitseerimise ning varajase diagnostika ja ravi optimeerimise eesmärg
Studies on the gene expression changes and their status (epigenetic alterations, gene variation, copy number changes) for efficient molecular profiling, possible early detection and optimization of therapy of non-small cell lung cancer
1.01.2008
31.12.2011
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
3. Terviseuuringud3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatikaB200 Tsütoloogia, onkoloogia, kantseroloogia3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)100,0
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008300 000,00 EEK (19 173,49 EUR)
01.01.2009−31.12.2009288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
01.01.2010−31.12.2010264 000,00 EEK (16 872,68 EUR)
01.01.2011−31.12.201116 872,00 EUR
71 324,72 EUR

Kopsuvähi diagnostikas kasutatakse tänapäeval praktikas laialdaselt kliinilis-histoloogilist klassifikatsiooni, mille kohaselt kopsuvähk jaguneb väikserakuliseks (SCLC - small cell lung carcinoma, esinemusest ca. 20%) ja mitteväikserakuliseks vähiks (NSCLC - non small cell lung carcinoma, esinemusest ca. 80%). Selline klassifikatsioon ei ole aga sageli piisav vähi täpse alamtüübi ja ravi tulemuslikkuse hindamisel. Näiteks NSCLC sagedaseim vorm, adenokartsinoom on ühtlasi pea kõige heterogeesem, mis raskendab täpset histoloogilist klassifitseerimist. Projekt keskendub NSCLC erinevate genoomsete tasandite molekulaarsete markerite otsimisele, kus tuginedes globaalse geeniekspressiooni andmetele otsitakse geenide muutunud avaldumise seoseid koopiaarvu muutuste ja promootorite muutunud metülatsioonitasemega ning nende kolme taseme seoseid haigete täpsema fenotüübi ja ravi tulemuslikkusega. Erinevate genoomsete tasandite uurimiseks rakendatakse kaasaegset, kõrge läbilaskevõime ja heade tehniliste omadustega firma Illumina BeadArray/BeadStation platvormi, milline on meie instituudis olemas. Projekt on jätkuks ja paralleeluuringuks 2005. aastal alanud uuringule "Mitteväikserakulise kopsuvähi diferentsiaalselt ekspresseeruvate geenide avastamine, kasvajate molekulaarne fenotüpiseerimine varajase diagnostika ja ravistrateegiate optimiseerimiseks”. Viimase käigus on kogunenud hulgaliselt andmeid, mida meie arvates oleks otstarbekas kompleksselt edasi uurida, kasutades koopiaarvu ja metülatsioonitaseme muutuste määramist. Samaaegselt jätkatakse uute proovide kogumist ja analüüsi. Uuringu lõppeesmärgiks on leida mitteväikserakulise kopsuvähi jaoks minimaalne geenikomplekt, SNP profiil, metülatsiooniprofiil, koopiaarvu muutuste profiil või kombinatsioon nendest, mille analüüs annaks piisavalt informatsiooni kasvajate täpseks klassifitseerimiseks, ravi tulemuste, metastaaside tekke ja organismi vastuvõtlikkuse prognoosimiseks konkreetsele vähkkasvajale. Uuritavate verest eraldatud DNA-l on kaks kasutusala - seda vajatakse võrdlusmaterjalina kasvajapuhuste koopiaarvu muutuste selgitamiseks. Teiseks võrreldakse saadud SNP ja koopiaarvu variantide andmeid TÜ Eesti Geenivaramu tervete kontrollindiviidide DNA proovidega ja otsitakse kopsuvähi pärilikku riski mõjutavate haplotüüpe ning koopiaarvu polümorfismie. Töö uudsus seisneb eeskätt kompleksses lähenemises kasvajaspetsiifilistele ja kasvajariskga seotud genoomsetele muutustele.
By the clinical and histological parameters of the lung cancer, its nowadays usually described as non-small cell (NSCLC, approximately 80%) and small-cell type (ca 20% of the total prevalence). This broad classification is by far insufficient to describe the exact subtype and and the prognosis or response to therapy in a given patient. For example, the most common subtype of NSCLC, lung adenocarcinoma, is also a very heterogeneous type of cancer, which often makes the histological subgrouping a complicated issue. The study is aimed to provide large-scale integrated data on different molecular genetic levels. Based on the global gene expression data, the relationships between the altered expression level and the copy number and / or promoter methylation level of the given genes will be studied. The data and relationships between the different levels is used as a molecular signature of a given tumour sample, which will be matched to the phenotype of the patient and the response to therapy. A modern, high-throughput and high-reproducibility BeadArray / BeadStation platform from Illumina, Inc. will be applied to study the different molecular genetic levels of NSCLC – gene expression, gene variation (SNP, copy number variations, copy number alterations) and methylation patterns. The study will be a follow-up and extension of the global gene expression study of NSCLC, initiated in 2005. During the almost completed study, large datasets of expression data were obtained, which we see as a solid basis for the current study, and which should be, at least partially complemented by additional data. At the same time, new NSCLC patients will be enrolled to the study. The ultimate goal of the study is to provide a minimal set of marker genes, SNP-s, methylation signature or a set of copy number variants, or a combination of these, which would be sufficiently informative to enable a better grouping of the NSCLC and predict the individual susceptibility or response to therapy for the given tumour. Blood DNA, extracted from the sampe patients has a dual use – first, it is required for the study of copy number alterations in the cancer and second, it provides data on SNP and copy number variation, which can be compared to the healthy control samples, from Estonian Genome Foundation. Thereby, variants likely to be associated with the cancer can be found. The novelty of the study is based on the complex large-scale analysis of the molecular genetic changes related to NSCLC.