See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"EMP finantsmehhanismi teaduskoostöö toetus" projekt EMP265
EMP265 "Arktika seenestiku määramine elurikkuse informaatika vahenditega (3.09.2013−31.08.2016)", Leho Tedersoo, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
EMP265
Arktika seenestiku määramine elurikkuse informaatika vahenditega
Biodiversity in the dark: High-throughput sequence analyses of arctic fungal communities (BioFun)
3.09.2013
31.08.2016
Teadus- ja arendusprojekt
EMP finantsmehhanismi teaduskoostöö toetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.4. Ökoloogia, biosüstemaatika ja -füsioloogiaB270 Taimeökoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
4. Loodusteadused ja tehnika4.6. ArvutiteadusedP175 Informaatika, süsteemiteooria1.1. Matemaatika ja arvutiteadus (matemaatika ja teised sellega seotud teadused: arvutiteadus ja sellega seotud teadused (ainult tarkvaraarendus, riistvara arendus kuulub tehnikavaldkonda)50,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskondkoordinaator03.09.2013−31.08.2016
PerioodSumma
03.09.2015−31.08.2016270 000,00 EUR
270 000,00 EUR
Info- ja kommunikatsioonitehnoloogiad

Arktiliste koosluste seened on tugevasti kohastunud väga toitainetevaesele ja orgaanikarikkale mullastikule ning karmidele keskkonnatingimustele. Arktilised seenekooslused on võrreldes parasvöötme kooslustega puudulikult uuritud. Seente elurikkuse määramiseks kasutatakse peamiselt molekulaarseid meetodeid, sest enamik seeneliik ei vilju. Hiljuti välja töötatud nn. „uue põlvkonna“ sekveneerimise meetoditel on piisav läbilaskevõime, et süvitsi uurida mullas ja taimejuurtes olevaid seenekooslusi, ent uutel meetoditel on omad puudused. Käesoleva projekti eesmärgid on: 1) võrrelda erinevate sekveneerimismeetodite tõhusust; 2) standardiseerida neid meetodeid, et saada adekvaatset kvantitatiivset pilti seenekooslustest; 3) arendada välja üldine molekulaarne seente määraja, mis põhineb mahukate andmebaaside, klasterdamis-, järjendamis- ja fülogeneesimeetodite ühildamisel; 4) viia arktika seente viljakehadest kogutud DNA järjestused avalikesse andmebaasidesse; 5) määrata mulla, kliima, taimeliigi ja ruumilise kauguse suhteline mõju seenekoosluste struktuurile ja elurikkusele arktikas; 6) määrata parasvöötmes kasvavate reliktsete arktiliste taimede mükoriissed seened; 7) viimaste eesmärkide põhjal hinnata kliimamuutuste mõju arktilistele taimedele ja seentele, mis võimaldab välja töötada rakendusi looduskaitses.
Fungi are key players in terrestrial ecosystems as decomposers, pathogens and mutualists. In arctic habitats, ecto- and ericoid mycorrhizal and root endophytic symbiosis dominate due to adaptation to highly organic, nutrient-poor soils. However, little is known about the fungal diversity in arctic habitats. Since most fungi do not produce conspicuous fruit-bodies, DNA-based methods are required to uncover the fungal diversity. The recently developed high-throughput sequencing techniques provide a great potential for exploring the fungal diversity, but these methods have their shortcomings and inherent biases. This project aims to 1) compare the relative performance of high-throughput sequencing tools; 2) develop strategies for standardization and improved quantitative view (through analysis of mock communities); 3) develop a global fungal identifier by integrating high-quality sequence databases, clustering, alignment and phylogenetics tools; 4) populate sequence databases with high quality reference data from fruit-bodies of arctic fungi; 5) disentangle the effects of underlying climatic, edaphic, plant-related, and confounding spatial factors on structuring arctic soil fungal communities and their relative diversity; 6) determine the fungal communities of relict arctic plants in temperate habitats; and 7) provide a prognosis of the gradual large-scale climate change on arctic plants and fungi (based on aims 5,6), with a perspective for developing conservation measures.