"Sihtfinantseerimine" projekt SF0182550Bs03
SF0182550Bs03 "Makromolekulide biosüntees ja degradatsioon (1.01.2003−31.12.2007)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
SF0182550Bs03
Makromolekulide biosüntees ja degradatsioon
Biosynthesis and degradation of macromolecules
1.01.2003
31.12.2007
Sihtfinantseerimine
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.1. BiokeemiaP310 Proteiinid, ensümoloogia1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2003−31.12.2007
PerioodSumma
01.01.2003−31.12.2003497 000,00 EEK (31 764,09 EUR)
01.01.2004−31.12.2004497 000,00 EEK (31 764,09 EUR)
01.01.2005−31.12.2005597 000,00 EEK (38 155,25 EUR)
01.01.2006−31.12.2006753 000,00 EEK (48 125,47 EUR)
01.01.2007−31.12.20071 582 000,00 EEK (101 108,23 EUR)
250 917,13 EUR

Uurime valkude ja nukleiinhapete kui elusraku põhimoleklulide biosünteesi, selle regulatsiooni, organellide moodustumist aga samuti nende molekulide lagundamist ning selle seotust rakkude suremisega nii pro- kui eukarüootses süsteemis. Teema kuulub alusuuringute valdkonda. Peamised uurimisobjektid on bakteriaalne ribosoom, selle komponentide (RNA ja valgud) biosünteesi, ribosoomide moodutumist ja geneetilise koodi realiseerumist ribosoomiel. Teisest küljest uurime kaspaaside (proteaaside) funktsioneerimist eukarüootsete rakkude programmeeritud suremisel (apoptoos), seda eriti närviraku kultuurides. Mõlemad uurimissuunad on jätkuks varemalustatud töödele. Teema täitmisel osalevad nii magistrandid, doktorandidn kui üliõpilased. Tulemused avaldatakse kõrge impakt faktoriga rahvusvahelistes teadusajakirjades.
Biosynthesis, degradatation and their regulation of nucleic acids and proteins as biological macromolecules is to be studied both in eukaryotic and procaryotic systems. The field is fundamental science. Main objects are bacterial ribosome, r-proteins and rRNAs, and the genetic code. Main problems are ribosome biogenesis, in particlur ribosome assembly and ribosomal rationale for the universal genetic code. On the other hand we study functioning of kaspases, a group of specific proteases, during programmed cell death in neural cell lines. Both subtopics have been studied in our labs during several years and therefore are contiuational. Both graduate and undergrauate students take part in the project. The results will be published in scientific journal with high impact factor.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jaanus RemmedoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007

Põhitäitjad (7)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Priit JõersdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Silja KuuskdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Aivar LiivdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Ülo MaivälidoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Juhan SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Tiina SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007
Priit VäljamäedoktorikraadEST / ENG01.01.2003−31.12.2007

Täitjad (9)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Anu AundoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Rya ErodoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Joachim Matthias GerholddoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Kalle KipperdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Katrin Krõlovmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Margus LeppikdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Dmitri Lubenetsmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Arto PulkdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007
Triinu SiibakdoktorikraadEST / ENG01.01.2003−01.01.2007

Projektiga seotud tööjõud (1)

IsikKraadAsutusAmetKoormusKoormus väljaspoolOsalemise periood
ProjektisKoormus väljaspool
Kai VirumäeTartu Ülikool, teadur1...−31.12.2006
Projektid
Projekt
ETF5512; "Mitokondriaalse DNA intaktsuse säilitamine: replikatsioon ja segregatsioon"; Juhan Sedman;
ETF5822; "Modifitseeritud nukleosiidide roll ribosoomides"; Jaanus Remme;
ETF5848; "Glükopolümeeride degradatsiooni ensümoloogia: ensüümide protsessiivsus, seda tagavad struktuurid ja mõjutavad faktorid"; Priit Väljamäe;
ETF7013; "Interaktsioonid mitokondri ja raku kui terviku vahel: pseudohüüfne diferentseerumine ja mtDNA sünteesi kontroll"; Juhan Sedman;
ETF7072; "Ribosoomi subühikutevahelise silla B2a biokeemiline analüüs"; Aivar Liiv;
HLK05-12; "Laboratoorsete eukarüootsete mikroorganismide, loomsete rakukultuuride ning transgeensete embrüonaalsete tüvirakkude kollektsioon"; Juhan Sedman;
SF0182550As03; "Makromolekulide biosüntees ja degradatsioon"; Jaanus Remme;
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Leppik, Margus; Peil, Lauri; Kipper, Kalle; Liiv, Aivar; Remme, Jaanus (2007). Substrate specificity of the pseudouridine synthase RluD in Escherichia coli. FEBS Journal, 274 (21), 5759−5766.
Pulk, A; Maiväli, Ü; Remme, J. (2006). Identification of nucleotides in E. coli 16S rRNA essential for ribosome subunit association. RNA-A Publication of the RNA Society, 12 (5), 790−796.
Iskakova, E.; Szaflarski, W.; Dreyfus, M.; Remme, J.; Nierhaus, K. (2006). Troubleshooting coupled in vitro transcription–translation system derived from Escherichia coli cells: synthesis of high-yield fully active proteins. Nucleic Acids Research, 34 (19), e135.
Liiv, A.; Karitkina, D.; Maivali, U.; Remme, J. (2005). Analysis of the function of E-coli 23S rRNA helix-loop 69 by mutagenesis. BMC Molecular Biology, 6, -.
Xu, JH.; Golshani, A.; Aoki, H.; Remme, J.; Chosay, J.; Shinabarger, DL.; Ganoza, MC. (2005). Protected nucleotide G2608 in 23S rRNA confers resistance to oxazolidinones in E-coli. Biochemical and Biophysical Research Communications, 328 (2), 471−476.
Ougland, R.; Zhang, CM.; Liiv, A.; Johansen, RF.; Seeberg, E.; Remme, J.; Falnes, PO. (2004). AlkB restores the biological function of mRNA and tRNA inactivated by chemical methylation. Molecular Cell, 16 (1), 107−116.
Maiväli, U.; Remme, J. (2004). Definition of bases in 23S rRNA essential for ribosomal subunit association. RNA-A Publication of the RNA Society, 10 (4), 600−604.
Liiv, A.; Remme, J. (2004). Importance of transient structures during post-transcriptional refolding of the pre-23 S rRNA and ribosomal large subunit assembly. Journal of Molecular Biology, 342 (3), 725−741.
Allas, U.; Liiv, A.; Remme, J. (2003). Functional interaction between RNase III and the Escherichia coli ribosome. BMC Molecular Biology, 4, -.
Jõers, P.; Gerhold, J. M.; Sedman, T.; Kuusk, S.; Sedman, J. (2007). The helicase CaHmi1p is required for wild-type mitochondrial DNA organization in Candida albicans. FEMS Yeast Research, 7 (1), 118−130.10.1111/j.1567-1364.2006.00132.x.
Sedman, T.; Joers, P.; Kuusk, S.; Sedman, J. (2005). Helicase Hmi1 stimulates the synthesis of concatemeric mitochondrial DNA molecules in yeast Saccharomyces cerevisiae. Current Genetics, 47 (4), 213−222.
Kuusk, S.; Sedman, T.; Joers, P.; Sedman, J. (2005). Hmi1p from Saccharomyces cerevisiae mitochondria is a structure-specific DNA helicase. Journal of Biological Chemistry, 280 (26), 24322−24329.
Kipper, K.; Valjamae, P.; Johansson, G. (2005). Processive action of cellobiohydrolase Cel7A from Trichoderma reesei is revealed as 'burst' kinetics on fluorescent polymeric model substrates. Biochemical Journal, 385, 527−535.
Hilden, L.; Valjamae, P.; Johansson, G. (2005). Surface character of pulp fibres studied using endoglucanases. Journal of Biotechnology, 118 (4), 386−397.
Gruno, M.; Valjamae, P.; Pettersson, G.; Johansson, G. (2004). Inhibition of the Trichoderma reesei cellulases by cellobiose is strongly dependent on the nature of the substrate. Biotechnology and Bioengineering, 86 (5), 503−511.
Valjamae, P.; Kipper, K.; Pettersson, G.; Johansson, G. (2003). Synergistic cellulose hydrolysis can be described in terms of fractal-like kinetics. Biotechnology and Bioengineering, 84 (2), 254−257.
Liiv, A.; O'Connor, M. (2006). Mutations in the intersubunit bridge regions of 23S rRNA. Journal of Biological Chemistry, 281 (40), 29850−29862.10.1074/jbc.M603013200.
Juhendamised
Juhendamised
Margus Leppik, magistrikraad (teaduskraad), 2007, (juh) Jaanus Remme; Aivar Liiv, Pseudouridiini süntaasi RluD substraadi spetsiifilisus in vivo ja in vitro, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
Rya Ero, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Jaanus Remme, tRNA modifikatsiooniensüümide TrmA ja TruB mõju in vitro transkribeeritud tRNA aminoatsüleerimisele, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Mardo Kõivomägi, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Jaanus Remme; Tõnis Örd, Inimese TRIB3 alias NIPK mRNA isovormide iseloomustamine, Tartu Ülikool, Mikrobioloogia instituut.
Arto Pulk, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Jaanus Remme, Escherichia coli 16S rRNA positsioonid, mis mängivad olulist rolli 70S ribosoomi assotsiatsioonis, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Triinu Siibak, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Jaanus Remme, Antibiootikumide klooramfenikool ja erütromütsiin mõju ribosoomide assambleerumisele eubakteris Escherichia coli, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Triinu Siibak, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Jaanus Remme, Antibiootikumide klooramfenikool ja erütromütsiin mõju ribosoomide assambleerumisele eubakteris Escherichia coli, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Triinu Siibak, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Jaanus Remme, Antibiootikumide klooramfenikool ja erütromütsiin mõju ribosoomide assambleerumisele eubakteris Escherichia coli, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Kai Virumäe, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Jaanus Remme, tRNA 3`-CCA rollist translatsioonil ja aminohappe rollist aminoatsüül-tRNA selektsioonil, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Ülo Maiväli, doktorikraad, 2004, (juh) Jaanus Remme, Uurimus bakteri ribosoomi struktuuri-funktsiooni seostest, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
Priit Jõers, doktorikraad, 2007, (juh) Juhan Sedman, Studies of the Mitochondrial Helicase Hmi1p in Candida albicans and Saccharomyces cerevisiae, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
Lauri Tõntson, magistrikraad, 2007, (juh) Inimese heterotrimeersete guaniinnukleotiide siduvate valkude ekspressioon Saccharomyces cerevisiaes, Tartu Ülikool, Füüsika-keemiateaduskond.
Anu Aun, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Juhan Sedman, Interaktsioonid pärmi Saccharomyces cerevisiae helikaasi Hmi1 ja tugivalgu Ste5 vahel, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Anu Aun, (juh) Juhan Sedman, Filamentse kasvu signaaliülekanderaja moduleerimine mitokondriaalsete valkude poolt, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Üldise ja mikroobibiokeemia õppetool.
Silja Kuusk, doktorikraad, 2006, (juh) Juhan Sedman, Biochemical properties of Hmi1p, a DNA helicase from Saccharomyces cerevisiae mitochondria, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Katrin Krõlov, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Priit Väljamäe; Juhan Sedman, Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse DNA polümeraasi Mip1 puhastamine ja biokeemiline analüüs, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Dmitri Lubenets, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Juhan Sedman, Saccharomyces cerevisiae helikaasi Hmi1 mitokondriaalse transpordi uurimine in vivo, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Dmitri Lubenets, (juh) Juhan Sedman, Mitokondriaalse DNA metabolismis osalevad valkkompleksid, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Üldise ja mikroobibiokeemia õppetool.
Tiina Sedman, doktorikraad, 2005, (juh) Juhan Sedman, Characterization of the yeast Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA helicase Hmi1, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
Kalle Kipper, magistrikraad (teaduskraad), 2005, (juh) Priit Väljamäe, Trichoderma reesei tsellobiohüdrolaas Cel7A protsessiivsus tselluloosi hüdrolüüsil, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.