See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Sihtfinantseerimine" projekt SF_0182582As03
SF_0182582As03 "Inimese Genoom II (1.01.2003−31.12.2007)", Andres Metspalu, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
SF_0182582As03
Inimese Genoom II
Human Genome II
1.01.2003
31.12.2007
Teadus- ja arendusprojekt
Sihtfinantseerimine
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB434 Agrokeemia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt60,0
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB760 Psühhonoomika 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)30,0
4. Loodusteadused ja tehnika4.16. Biotehnoloogia (loodusteadused ja tehnika)T490 Biotehnoloogia 2.3. Teised tehnika- ja inseneriteadused (keemiatehnika, lennundustehnika, mehaanika, metallurgia, materjaliteadus ning teised seotud erialad: puidutehnoloogia, geodeesia, tööstuskeemia, toiduainete tehnoloogia, süsteemianalüüs, metallurgia, mäendus, tekstiilitehnoloogia ja teised seotud teadused).10,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2003−31.12.2007

Tegime LD uuringu 4 genoomi piirkonnas ühe megabaasi ulatuses võrdlevalt 8 Euroopa populatsioonis ning kasutasime HapMapi andmeid CEPH perekondade kohta võrdluseks. Selgus, et LD struktuur on Euroopas (Lõuna Itaaliast kuni Eestini (haarates ka 2 Alpiküla Lõuna Tiroolist) ühtne kui vaadata seda läbi sagedaste SNPde prisma. Harvemate SNPdega on pilt keerulisem ja eri populatsioonidel on oma väiksed iseärasused. Tegime selle koostöös eelkõige GSFiga Thomas Meitingeri laboris, Münchenis (Mueller, Lõhmussaar et al (2005) Am J Hum Genet. 76, 387-398). Selle jätkuks tegime uue eksperimendi kus 1090 eestlast genotypiseeriti 1532 SNP markeriga ja selgus et HapMapi tag SNPd  sobivad hasti Eesti populatsiooni assotsiatsiooniuuringuteks (Monpertit, Nelis jt 2005 PlosGenetics). Genotüpiseerimise tehnoloogia ja selle rakenduste edasiarendused ja kasutamine on kulgenud edukalt, on loodud rida uusi mikrokiipe (CF, meeleoluhäitete uurimiskiip jt). Lisaks SNPde analüüsile oleme dots. Ants Kure juhtimisel välja töötanud koopiaarvu variatsiooni analüüsi meetodi MAPH mille eest Katrin Männikule omistati ETA esimene preemia. Tulemused publitseeriti hiljuti (Patsalis et al., (2005) Eur. J. Med. genet 4
The project is focused on fundamental studies of the human genome with the main goal to accomplish detailed genetic description of the Estonian population together with LD map. This information can be used in EGP immediately. In addition, we will study gene expression and protein synthesis in such a way that makes it possible to relate it to the SNP marker information. These analytical data can be used in drug development. The basic methods we are going to use to achieve these goals are: genotyping using APEX micro arrays (up to 60 000 SNPs), cDNA expression analysis on micro arrays (up to 35 000 cDNAs) and protein analysis (chromatography, 1-D and 2-D electrophoresis, MALDI-TOF and protein micro arrays). Comparative genomics will be used to compare mouse and human genomes in order to find new candidate genes involved in regulatory pathways and diseases and to generate K/O mice as disease models to prove the hypotheses. As a new technology, we will implement in situ oligonucleotide array synthesis using Febit approach. Estonian DNA samples will come from the EGP, the rest (Asian, African, Europe) through our collaborations. This project needs strong input of bioinformatics, which we have at hand, but need to develop further.