"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7497
ETF7497 "Seedetrakti indigeense mikrofloora mõju resistentsete mikroobitüvede kolonisatsioonile (1.01.2008−31.12.2011)", Epp Sepp, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond.
ETF7497
Seedetrakti indigeense mikrofloora mõju resistentsete mikroobitüvede kolonisatsioonile
The impact of indigenous gastrointestinal microflora on the colonisation of resistant microbial strains.
1.01.2008
31.12.2011
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB100 Biomeditsiini ajalugu ja filosoofia, teoreetiline bioloogia, evolutsiooni üldised küsimused 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Arstiteaduskondkoordinaator01.01.2008−31.12.2011
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008300 000,00 EEK (19 173,49 EUR)
01.01.2009−31.12.2009288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
01.01.2010−31.12.2010228 000,00 EEK (14 571,86 EUR)
01.01.2011−31.12.201114 571,60 EUR
66 723,50 EUR

Tänapäeval on suurenenud normaalsest mikrofloorast pärit resistentsete oportunistlike mikroobide poolt põhjustatud infektsioonide osakaal. Eriti ohustatud on enneaegsed vastsündinud, kellel puudub kontakt oma lähedastega ja nende esmane kolonisatsioon toimub enamasti antibiootikumravi foonil haigla keskkonnast pärit resistentsete mikroobid. Oportunistlike tekitajate resistentsuse üheks põhjuseks on mikroobiliikide ja tüvede vahel horisontaalselt levivad integronid, mis võivad siduda erinevaid antibiootikumide resistentsusgeene. Integronide esinemissagedust seostatakse antibakteriaalse raviga, kuid meie uuringute andmetel sõltus see inimeste vanusest. Antibiootikumnaiivsete laste seedetraktis, kelle mikrofloora ei ole veel välja kujunenud, oli integrone sisaldavaid mikroobitüvesid rohkem kui eakatel inimestel (63% vs 17%). Seega võib interonide olemasolu olla seotud seedetrakti erinevate mikroobikooslustega enneaegsed versus ajalistel lastel, kus mikrofloora liigirikkus ja hulgalised vahekorrad oportunistlike patogeenidega mõjutavad antibiootikumresistentsete tüvede kolonisatsiooni. Töö eesmärkideks on: 1. prospektiivses uuringus võrrelda intensiivravi osakondadesse hospitaliseeritud ja antibakteriaalset ravi saavate sügavalt enneaegsete vastsündinute (sünnikaal < 1200 grammi) ja tervete ajaliste laste seedetrakti esmast kolonisatsiooni integrone sisaldavate enterobakteritega ja teha kindlaks seda soodustavaid riskifaktoreid 2. võrrelda sügavalt enneaegsete ja tervete ajaliste laste seedetrakti mikrofloora kvalitatiivset ja kvantitatiivset koostist kasutades mitmeid erinevaid molekulaardiagnostilisi metoodikaid 3. selgitada, kas ja kuidas sooletrakti mikrofloora struktuur mõjutab kolonisatsiooni integrone sisaldavate enterobakteritega ja hinnata integronides sisalduvate resistentsuse geenide püsimist kahe esimese eluaasta jooksul. Uuring annab teoreetilise aluse, kuidas erinevate mikroobigruppide kvalitatiivne ja kvantitatiivne koostis mõjutab laste kujunevas seedetrakti mikroflooras integrone sisaldavate mikroobitüvede kandlust. Antud tulemuste alusel on võimalik kindlaks teha kolonisatsiooni resistentsust tagavad mikroobigrupid või tüved, mida saaks edaspidi kasutada seedetrakti mõjutamiseks, et vähendada resistentsuse geeni sisaldavate mikroobitüvede kandlust. Sellega seoses väheneb populatsioonis ravimresistentsete mikroobide osakaal ning paranevad endogeensete tekitajate poolt põhjustatud infektsioonide ravitulemused ja vähenevad ravikulud.
Nowadays the number of infections due to resistant opportunistic microbial strains has increased. The preterm newborns, lacking contact with mother microflora are at high risk as they are primarily colonised with resistant microbes originating from hospital environment and are treated with antibiotics. One of the reasons for the spread of resistance in opportunistic agents are integrons, horisontally spreading between microbial species and strains. The presence of integrons is probably due to previous antibacterial treatment. Our earlier results indicate that it was dependant on age. We found that more integron containing strains in gastrointestinal tract of antibiotic-naive children than in strains isolated from adults (63% vs 17%). Thus, the presence of integrons is probably connected to different microbial species variety of gastrointestinal tract in preterm versus full-term children, influencing the colonisation with antibiotic resistant strains. The aims of our study are: 1. to compare the primary colonisation of gastrointestinal tract with integron containing enterobacteria in preterm newborns (birth weight < 1200 grams), who are hospitalised to the intensive care unit and antibiotic treated and in healthy normal newborns and to detect risk factors of the colonisation with integron containing microbes in a prospective study. 2. to compare the quantitative and qualitative composition of preterm and healthy newborns applying molecular methods. 3. to detect if and how the structure of gut microflora influences the colonisation with integron containing enterobacteria and to evaluate the persistence of resistance genes during two first years of life. The study gives theoretical basis how different qualitative and quantitative composition of various microbial groups influences the carriage/colonisation of integron containing strains. The results enable to detect beneficial colonisation resistance guaranteeing microbe groups or strains. The application of those latter described microbes may decrease the resistance to antibiotics of opportunistic agents. We hope to improve treatment results of infections caused by endogenous agents due to the possibility to use cheaper and narrow spectrum antibiotics in case of agents without resistance problems. This leads to the decrease of resistant microbes in the population and treatment costs.