"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF6609
ETF6609 "Semliki Forest viiruse replikatsioonisüsteemi ning viirus-peremees interaktsioonide uurimine ja kasutamine (1.01.2006−31.12.2007)", Andres Merits, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
ETF6609
Semliki Forest viiruse replikatsioonisüsteemi ning viirus-peremees interaktsioonide uurimine ja kasutamine
Mechanisms involved in the Semliki Forest virus replication and virus-host interactions: basic studies and potential use for gene technology.
1.01.2006
31.12.2007
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringud 1.3. Keemiateadused (keemia ja muud seotud teadused)34,0
4. Loodusteadused ja tehnika4.16. Biotehnoloogia (loodusteadused ja tehnika) 2.3. Teised tehnika- ja inseneriteadused (keemiatehnika, lennundustehnika, mehaanika, metallurgia, materjaliteadus ning teised seotud erialad: puidutehnoloogia, geodeesia, tööstuskeemia, toiduainete tehnoloogia, süsteemianalüüs, metallurgia, mäendus, tekstiilitehnoloogia ja teised seotud teadused).33,0
3. Terviseuuringud3.1. Biomeditsiin 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)33,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2006−31.12.2007
PerioodSumma
01.01.2006−31.12.2006180 000,00 EEK (11 504,10 EUR)
01.01.2007−31.12.2007184 440,00 EEK (11 787,86 EUR)
23 291,96 EUR

Semliki Forest viirus (SFV, perekond Alphavirus) on pikka aega olnud kasutusel mudelina viroloogilistes ja rakubioloogilistes uuringutes. Sellele vaatamata on paljud SFV molekulaarbioloogia (eriti viirus-peremees interaktsioonidega seotud) protsessid siiani ebaselged. Seepärast on kavandatud uurimuse peamiseks eesmärgiks viiruse replikatsiooni ja sellega kaasneva patogeensusega seotud fundamentaalsete protsesside väljaselgitamine ning uurimine. Kavandatud töö raames uuritakse SFV replikatsioonikompleksi moodustumist, rakulise stressi, metabolismi mahasurumise ja programmeeritud surma indutseerimist ning seoseid nende protsesside vahel. Samuti kavandatakse uurida ja iseloomustada SFV kodeeritud valkude, eriti nsP1 ja nsP2 valkude, potentsiaalseid rakulisi sihtmärke. Nakatunud organismi tasandil on kavas uurida SFV levimise teid ja mehhanisme. Esimeseks etapiks sellises uurimuses on uudsete, marker geene kandvate, SFV genoomide konstrueerimine ja nende iseloomustamine. Teiseks kavandatavaks lähenemiseks on SFV infektsioonile reageerivate reporter-süsteemide konstrueerimine. Erilist tähelepanu kavandatakse pühendada uurimaks SFV infektsiooni rakkudes, mis on kas SFV produktiivsele infektsioonile resistentsed või milles SFV tekitab ajutise või persistentse infektsiooni. Omandatud andmeid ja materjale kasutatakse uudsete omadustega geeniekspressiooni-süsteemide kavandamisel ja väljatöötamisel. Laboratoorsetes katsetes analüüsitakse loodud süsteemide omadusi, eriti nende potentsiaalset kasutamist geenivaktsiinide kandjatena ja vähivastase teraapia vektoritena.
Semliki Forest virus (SFV) belongs to the genus Alphavirus and has been used as a model in virology and cell biology. The proposed research represents an important step towards understanding how basic molecular processes, involved in virus replication, lead to virus-induced pathology. The mechanisms of SFV replicase complex formation, induction of ER-stress, host cell metabolism shutdown and apoptosis, as well as connections between these processes will be studied. Search and characterization of cellular targets for SFV encoded proteins, especially nsP1 and nsP2 , will also be performed. At the organism level, we plan to study the pathway of infection by using SFV genomes carrying a novel type of marker gene and by constructing a novel SFV responsive reporter systems. Specific attention will be dedicated to studies of SFV interactions with cells, which are resistant to productive infection and with cells, where SFV establishes persistent infection. The obtained information will be used for rational design and construction of the new generation of improved SFV based gene expression systems. The possibilities of the use of these systems for gene vaccination and for anti-cancer therapy will be evaluated in preliminary experiments.