See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF9109
ETF9109 "Lihheniseerunud seente morfoloogia-põhise taksonoomia testimine molekulaarsete markerite abil ning seosed ökoloogiliste uuringutega (1.01.2012−31.12.2015)", Tiina Randlane, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.
ETF9109
Lihheniseerunud seente morfoloogia-põhise taksonoomia testimine molekulaarsete markerite abil ning seosed ökoloogiliste uuringutega
Testing morphology-based taxonomy of lichenized fungi using molecular markers, with consequences for ecological studies
1.01.2012
31.12.2015
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.4. Ökoloogia, biosüstemaatika ja -füsioloogiaB290 Süstemaatiline botaanika, taksonoomia, morfoloogia, fütogeograafia, kemotaksonoomia, mittesoontaimede füsioloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2012−31.12.201212 000,00 EUR
01.01.2013−31.12.201312 000,00 EUR
01.01.2014−31.12.201412 000,00 EUR
01.01.2015−31.12.201512 000,00 EUR
48 000,00 EUR

Projekt koosneb 3 tegevusest (TEG) eesmärgiga aidata kaasa evolutsiooniliselt põhjendatud taksonite väljaselgitamisele sugukonnas Parmeliaceae, ja võimaldada seeläbi adekvaatse ökoloogilise informatsiooni kogumist seire, looduskaitse jms tarbeks. TEG 1. Tsetrarioidsete taksonite piiritlemine. Selle tegevuse raames uurime valitud taksonite fülogeneesi, nt liikide eristamist Vulpicida juniperinus–V. tubulosus–V. tilesii kompleksis, liigipaaride ja kemotüüpide evolutsioonilist põhjendatust perekonnas Cetrelia ning mõnede tsetrarioidsete taksonite perekondlikku kuuluvust. Morfoloogia-põhiste taksonite piiritlemist kontrollitakse mitme lookuse (ITS, Mcm7 ja mtSSU) järjestustel põhinevate analüüsidega. Praktilise väljundina koostatakse kasutaja-sõbralik maailma tsetrarioidsete samblike määraja. TEG 2. Euroopa Usnea liikide määramine molekulaarsete markerite alusel. Jätkame fülogeneetilisi analüüse selles perekonnas, lisades väheuuritud liike sektsioonidest Usnea ja Ceratinae ning suurendades analüüsitavate eksemplaride arvu (vähemalt 3 eksemplari igast liigist). Täiendavalt kasutame ITS geneetiliste distantside mõõtmist, et hinnata seniste, morfoloogial põhinevate liikide eristamise sobivust. TEG 3. Valitud taksonite populatsiooniuuringud. Mõnede taksonite puhul uurime lisaks populatsioonide ökoloogilisi eelistusi või geneetilist mitmekesisust. Näiteks analüüsime statistiliselt Vulpicida juniperinus–V. tubulosus sekveneeritud eksemplaride kasvukohtade ökoloogilist andmestikku eesmärgiga välja selgitada, kas monofüleetilised klaadid on seotud mingite ökoniššidega. Koostöös Šveitsi instituudiga WSL valime välja mikrosatelliidid, et võrrelda Usnea subfloridana fertiilsete ja steriilsete populatsioonide geneetilist mitmekesisust eri tüüpi majandamistasemega metsades. Eeldatavasti seisneb projekti põhiline tähtsus uues informatsioonis – evolutsiooniliselt põhjendatud taksonite piiritlemises perekondades Vulpicida, Cetrelia ja Usnea ning mõne tsetrarioidse liigi süstemaatilise asendi täpsustamises. Projektil on ka praktilisi väljundeid. Liikide täpsem piiritlemine võimaldab koguda adekvaatset ökoloogilist informatsiooni taksonite kohta, mis on olulised looduskaitses, liikide seires või bioindikaatoritena. Kasutaja-sõbralik tsetrarioidsete samblike määraja peaks olema abiks laiale teadlaste, üliõpilaste ja loodushuviliste ringile. Usnea subfloridana populatsiooniuuringud võimaldavad loodetavasti demonsteerida geneetilise mitmekesisuse vaesumise varajast indikatsiooni.
The project is divided into 3 workpackages (WP) and aims to contribute to recognition of evolutionarily reasonable taxa in Parmeliaceae, providing consequently adequate information for biomonitoring and conservation activities. WP 1. Delimitation of taxa in the cetrarioid group of Parmeliaceae. In this WP we plan to study the phylogeny of selected taxa (separation of Vulpicida juniperinus–V. tubulosus–V. tilesii complex, species pairs and chemotypes in genus Cetrelia, systematic position of some cetrarioid taxa) using ITS, Mcm7 and mtSSU sequences, and prepare, as a practical outcome, a user-friendly worldwide identification key for cetrarioid lichens. WP 2. Identification of European Usnea species with molecular markers. We plan to continue phylogenetic studies in this group (ca 30 species) by including additional samples of species from both sections (Usnea and Ceratinae), at least three specimens for each taxon, and by using calculation of inter- and infraspecific ITS distances for evalution the species limits. WP 3. Population studies of selected taxa. For some taxa phylogenetic and population studies will be carried out concurrently. The information about ecological niches (locality, substrate, vegetation, soil type and light conditions) of all sequenced Vulpicida tubulosus–V. juniperinus samples will be analysed statistically aiming to find out their ecological preferences (if these exist). In cooperation with Swiss WSL, microsatellite markers will be selected for the study of Usnea subfloridana populations with fertile and sterile specimens. We will compare genetic diversity of U. subfloridana populations from plantation forests, managed forests and adjacent forest reserves with no current management. The main importance of the project lies in new scientific information which may be obtained. The project has also practical implications. A strong decrease in species richness has brought biodiversity on the political agenda on national and international levels. Thus the "proper" delimitation of species is of great value for nature conservation practices, ecology, biomonitoring etc. Compilation of a world identification key for cetrarioid species (many of which are endangered or applicable as indicator organisms) will be of practical importance for a wide circle of users. The lichen population studies (a case study on Usnea subfloridana) will deal with early indication of decreasing level of local genetic diversity.
Projekt koosnes 3 tegevusest (TEG) eesmärgiga aidata kaasa evolutsiooniliselt põhjendatud taksonite piiritlemisele suguk Parmeliaceae ja võimaldada seega adekvaatse ökoloogilise info kogumist. TEG1. Tsetrarioidsete taksonite piiritlemine. Avalikustati tsetrarioidsete samblike andmebaas, mille abil saab määrata iga taksoni (149 liigi) fülogeneetilise asendi. Osaleti rahvusvahelises uuringus Parmeliaceae evolutsioonilise ajaloo kohta (andmestik 293 taksoni 6 lookuse kohta). Tegeldi liigipiiridega perekonnas Vulpicida, kus 5 geenipuu vahel ilmnesid tugevad konfliktid, seega kasutasime liidetud lookuste puu ja liigipuude analüüse. Tulemusena liitsime seni iseseisvad V. tubulosus ja V. tilesii liigiga V. juniperinus; nüüd on perekonnas 6 asemel 4 liiki. TEG2. Usnea liikide määramine molekulaarsete markerite alusel. Uuring hõlmas 144 Usnea isendit 18 morfoliigist. Koostati 6 geenipuud, 6 lookuse liidetud puu ning mitme meetodiga liigipuid. Osa morfoliike oli geneetiliselt monofüleetilised, teised moodustasid klaade, kus morfoliigid olid eristamatud. Tõime välja liikide rühmad, mis vajavad edasisi uuringuid ning kirjeldasime uue liigi U. parafloridana. TEG3. Valitud taksonite populatsiooniuuringud. Viidi läbi liigi Usnea subfloridana populatsiooniuuringud mikrosatelliitidega. Esmalt disainiti koostöös Šveitsi teadlastega 9 liigispetsiifilist praimerit, järgnes taustauuring U. s. geneetilise mitmekesisuse kohta Eestis. Kõik 9 lookust olid polümorfsed; hoolimata vegetatiivsest paljunemisviisist on U. s. geneetiline mitmekesisus uuritud alal kõrge. Teiseks uurisime sama liigi geneetilist mitmekesisust aluselise tolmusaaste pikaajalise mõju piirkonnas Lõuna-Eestis. Mõned geneetilise mitmekesisuse näitajad ei erinenud saastatud ja saastamata populatsioonides, kuid tundlikumad näitajad olid tolmusaastega aladel oluliselt väiksemad. Tõenäoliselt on saastatud alade Usnea populatsioonid mõjutatud pidevast pudelikaelaefektist. Lisaks käsitlesime veel samblike populatsioonidele mõju avaldavaid erinevaid tegureid, nt võra avatust okasmetsades, maapinnahäiringuid loopealsetel jm.