"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF9315
ETF9315 "Listeria monocytogenes ja Campylobacter spp. molekulaarepidemioloogilised uuringud Eesti toiduahelas (1.01.2012−31.12.2015)", Mati Roasto, Eesti Maaülikool, Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut.
ETF9315
Listeria monocytogenes ja Campylobacter spp. molekulaarepidemioloogilised uuringud Eesti toiduahelas
Molecular epidemiology of Listeria monocytogenes and Campylobacter spp. in Estonian food chain
1.01.2012
31.12.2015
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
3. Terviseuuringud3.6. RahvatervishoidB680 Rahvatervishoid, epidemioloogia3.3. Terviseteadused (tervishoid, sotsiaalmeditsiin, hügieen, õeteadus, epidemioloogia)50,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
PerioodSumma
01.01.2012−31.12.201211 610,00 EUR
01.01.2013−31.12.201311 610,00 EUR
01.01.2014−31.12.201411 610,00 EUR
01.01.2015−31.12.201511 610,00 EUR
46 440,00 EUR

Antud uurimus käsitleb Eestis ja ka Euroopa Liidus tervikuna olulisemate zoonootiliste toidupatogeenide Listeria monocytogenes ja Campylobacter spp. seonduvaid probleeme toidu tootmise ja tarbimise ahelas. Campylobacter spp. on põhiline inimeste gastrointestinaalsete haiguste põhjustaja Euroopa Liidus. Listeria monocytogenes on otseselt seotud toiduettevõtete tootmishügieeni probleemidega ja on Euroopa Toiduohutusameti andmetel zoonootilistest haigustekitajatest kõige enam surmajuhtumeid põhjustav toidupatogeen Euroopa Liidus. Veterinaarse rahvatervishoiuga seonduvad toiduohutuse uuringute katsed teostatakse põhiliselt Eesti Maaülikooli Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituudi toiduhügieeni osakonna laboris. Eesti Maaülikooli toiduhügieeni laboratooriumi ja Tartu Veterinaar- ja Toidulaboratooriumi baasil on loodud ühine "Toidupatogeenide molekulaartüpiseerimise labor", kus teostatakse uurimisprojekti molekulaartüpiseerimisega seonduvad laborkatsed. Laborites on teadusaparatuur olemas ja teadusmeeskond omab katsete edukaks teostamiseks eelnevaid töökogemusi tunnustatud välis- ja Eesti laboratooriumides. Proovimaterjal kogutakse toidu tootmise ja tarbimise ahela erinevatest lülidest ning põhieesmärgiks on järgida laudast toidulauale printsiipi, mis hõlmab esmatootmise tasandit, töötlemise tasandit, transporti ja jaemüügitasandit. Molekulaartüpiseerimine teostatakse Listeria monocytogenes ja Campylobacter spp. valitud isolaatidega arvestades eelnevalt nimetatud printsiipi ja võimalike epidemioloogilisi mudeleid. Molekulaarmeetodid on väga olulised epidemioloogiliste uuringute ja infektsiooni algallikate määramise vahendid ning antud töös rakendame Listeria monocytogenes isoleeritud tüvede tüpiseerimisel pulseeriva välja geel-elektroforeesi (PFGE) ja Campylobacter tüvede tüpiseerimisel PFGE-d ja MLST (multi locus sequence typing) meetodit. Parima tulemuse saavutamiseks on planeeritud intensiivne teaduskoostöö humaanmeedikute, Helsingi Ülikooli loomaarstiteaduskonna toiduhügieeni ja keskkonnatervise osakonna teadlaste ja Läti Põllumajandusülikooli loomaarstiteaduskonna teadurite ja doktorantidega. Töö käigus uuritakse toidupatogeenide Campylobacter spp. ja Listeria monocytogenes võimalikke leviku teid ja seonduvaid riskitegureid ning toidutootmise ahelas profülaktiliste meetmete rakendamise võimalusi; isoleeritud toidupatogeenide tüvede bioloogilisi omadusi ning riiklike seire- ja tõrje programmide parendamise võimalusi.
Project summary Food quality and safety is of paramount importance to consumers in EU as well as in Estonia and constitutes an important competitive factor for industry in the market. The project actions will increase consumer confidence in food production in Estonia and provide industry with guidelines and scientific advice for how to prevent transmission of pathogenic bacteria through the food chain. It will provide improved data for input on risk assessments and hence risk management. Campylobacteriosis remains the most frequently reported zoonotic disease in humans in EU. High to extremely high levels of resistance to ciprofloxacin were reported in Campylobacter isolates which is likely to limit the therapeutic options for and effectiveness of the treatment of human campylobacteriosis cases. The number of listeriosis cases in humans has increased in EU. Listeriosis is an important food borne zoonosis due to the severity and high mortality associated with the disease. The main objectives are to study contamination routes, prevalence and biological properties of Listeria monocytogenes and Campylobacter spp. in Estonian food chain. The objectives of the proposed project are: 1. To trace contamination routes and to analyse source attribution of L. monocytogenes and Campylobacter spp. in Estonian food chain. 2. To study the biological properties of the Estonian L. monocytogenes and Campylobacter spp. strains. 3. To produce data which can be used by the authorities to give recommendations for the elaboration of the adequate control and prevention measures of L. monocytogenes and Campylobacter spp. at state and at industry level. Main tasks of the present project are to clarify the best practices and methods for reducing the risks of contamination, spread and survival of Listeria monocytogenes and Campylobacter spp. in Estonian food chain and to study the epidemiology of Campylobacter and Listeria monocytogenes infections. It will be the very first complex study to analyze L. monocytogenes in the Estonian food chain and to produce the adequate data for assessment the safety of the related products.
Uurimisperioodil teostati Campylobacter spp. ja L. monocytogenes levimuse ning patogeenide arvukuse määramise uuringud potentsiaalselt kõrge riski kategooriasse kuuluvates toitudes. Töö käigus koguti ja analüüsiti toiduahelast võetud proovid ning säilitati isoleeritud toidupatogeenide tüved molekulaarsete uuringute eesmärgil. Teostati isoleeritud patogeenitüvede genotüpiseerimine ning antibiootikumidele resistentsuse uuringud. Uurimuse andmeid analüüsides võime väita, et kampülobakterioosi haigestumise risk on Eestis kõrgem juhtudel, kus käideldakse ja tarbitakse importpäritolu värsket kanabroileriliha. Campylobacter spp. levimus Eesti broilerilihas oli väike ning arvukus madal, mis annab alust eeldada, et tarbides kodumaist linnuliha on tarbijate kampülobakterioosi haigestumise risk väike. Võttes arvesse tõika, et toidu analüüsid teostati "kõlblik kuni" viimase päeval ning teadmist, et risk rahvatervisele esineb juhtudel, kus tooted sisaldavad L. monocytogenes’t üle 100 pmü/g/ml kohta võib järeldada, et risk haigestuda listerioosi tarbides Eesti päritolu RTE kala- ja lihatooteid on väga madal kuni madal. Uurimuse käigus teostati isoleeritud toidupatogeenide molekulaarsed tüpiseerimised kasutades PFGE ja täisgenoomse MLST analüüsi metoodikat. Uuring lähtus püstitatud eesmärkidest, mis said projekti meeskonna poolt täidetud ning tulemused on avaldatud rahvusvahelistes üldtuntud toiduohutuse alastes teadusajakirjades, samuti eesti keelsetes populaarteaduslikes ning teadusajakirjades. Projekti meeskond on uurimustöö tulemusi ette kandnud nii eesti kui rahvusvahelistel konverentsidel. Samuti on tulemusi tutvustatud arvukatel teabepäevadel, mille osalejateks on olnud toidu algtootjad, töötlejad ning riiklikud järelevalveametnikud. Ühtekokku avaldati: 7 kategooria 1.1. artiklit; 1 kategooria 1.2. artikkel; 4 kategooria 3.4. artiklit; 5 kategooria 3.5. artiklit; 2 kategooria 5.2. konverentsi teesi; 1 kategooria 6.2. õpik ning 3 kategooria 6.3. populaarteaduslikku artiklit. Kaitstud on kaks doktoritööd ning üks magistritöö. Juhendamisel on kaks doktoritööd.