"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7556
ETF7556 "ˇInimese papilloomiviiruse E2 valgu interaktsioonid rakuliste faktoritega (1.01.2008−31.12.2011)", Reet Kurg, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut.
ETF7556
ˇInimese papilloomiviiruse E2 valgu interaktsioonid rakuliste faktoritega
Genomic targets of human papillomavirus E2 protein
1.01.2008
31.12.2011
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudP330 Bioenergeetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008345 600,00 EEK (22 087,87 EUR)
01.01.2009−31.12.2009331 776,00 EEK (21 204,35 EUR)
01.01.2010−31.12.2010331 776,00 EEK (21 204,35 EUR)
01.01.2011−31.12.201121 204,00 EUR
85 700,57 EUR

Papilloomiviirused (PV) on väikesed, DNA genoomiga viirused, mis nakatavad ja transformeerivad peremeesorganismi epiteelkoe basaalseid rakke. Inimese papilloomioviirus (HPV) on laialt levinud patogeen, mille esinemissagedus Eestis on 37%, noorte naiste seas ulatub see näitaja 58%. HPV nakkus kulgeb enamasti ilma sümptomiteta ja regresseerub organismi immuunvastuse tulemusena. Kuid mõningatel juhtudel ei suuda organism HPVga transformeerunud rakkude vohamist kontrollida ja võib areneda kasvaja. Nakatumine kõrge riskiga HPV tüüpidega võib olla emakakaelavähi põhjustajaks. Praegu on turul saadaval profülaktiline vaktsiin HPV vastu, mis peaks vähendama nakatumist selle patogeeniga. Kuid kuna tegemist on VLP-del põhineva vaktsiiniga, siis on hilja seda kasutada olukordades, kus HPV on juba integreerunud inimese genoomi. PV E2 valgu ekspressioon HPV-positiivsetes rakkudes on võimeline inhibeerima HPV-ga transformeeritud rakkude kasvu ja seega on võimalik kasutada E2 valgu ekspressiooni HPV-ga nakatunud rakkude proliferatsiooni maha surumiseks ja nende paljunemise kontrollimiseks. Selleks on aga vaja teada kõiki E2 ekspressioonist tulenevaid positiivseid ja negatiivseid efekte imetaja rakkudes. E2 on transkriptsioonifaktor, mis seondub kõrge afiinsusega palindroomsele E2 konsensusjärjestuste ACCGN4CGGT, mida leidub inimese genoomis tuhandeid kordi. E2 seondumisel inimese genoomis paiknevatele E2 konsensusjärjestustele võib E2 valgu ekspressioon mõjutada E2 konsensusjärjestuste läheduses asuvate geenide avaldumist. Antud projekti eesmärgiks on uurida kas ja kuidas HPV E2 valk seondub inimese genoomis paiknevatele E2 konsensusjärjestustele ja kas E2 seondumine oma konsensusjärjestustele mõjutab lähedal asuvate geenide ekspressiooni taseme muutusi. Selleks on meil plaanis kaardistada inimese genoomis esinevad E2 konsensusjärjestused in silico, testida eksperimentaalselt kas E2 valk seondub inimeses genoomis esinevatele konsensusjärjestustele ja kontrollida, kas E2 seondumine konsensusjärjestustele genoomi kontekstis põhjustab lähedal asuvate geenide ekspressioonitaseme muutusi. Antud uuringud annavad meile olulist informatsiooni viiruse regulaatorvalgu E2 omaduste kohta ja tema sobivuse kohta terapeutikumiks.
Papillomaviruses (PV) are small DNA viruses which infect basal layers of the epithelial cells. Papillomaviruses are widely spread in nature; according to our recent study, the overall prevalence of HPV in Estonia is 37% reaching as high as 58% among young women. Although the incidence of HPV is high, under normal conditions these infections are controlled and eliminated by host, and go without clinical symptoms. However, some infections that are not controlled and persist for a long time can cause more severe pathologies and even cancer. Certain types of HPV, high-risk HPV16, 18, 31 and 33 have been recognized as causative agents of cervical cancer. Now prophylactic vaccine against HPV is available, but it is too late to use these VLP-based vaccines when HPV is already integrated into genome. The expression of viral E2 protein can inhibit growth of HPV-immortalized cells mostly by repressing E6/E7 expression, and it has been shown that HPV-positive cervical carcinoma cells are sensitive to the reintroduction of papillomavirus E2 protein. Thou, it possible to use E2 as a therapeutic agent to interfere with the proliferation of cells infected and/or transformed by papillomaviruses in order to control the proliferation of virally transformed cells and reduce the symptoms of the specific papillomavirus-associated disease, or to prevent their recurrence. Second, not very much is known to what extent and how E2 is inhibiting cellular proliferation in HPV-negative cells. E2 is a transcription factor that binds DNA sequence-specifically and therefore may be involved in control of expression of cellular genes containing consensus E2BSs occurring thousands of times in human genome. The specific aim of the project is to identify the genomic targets of the HPV E2 protein, and to investigate if and how HPV E2 proteins alter cellular gene expression after binding to their consensus sites within the human genome. For this we plan to identify in silico E2 binding motifs (E2BS) within the human genome, to test whether the E2 protein binds to genomic E2BS in the chromatin context, and to test whether E2 binding to genomic E2BSs alters gene expression of nearby genes. These studies will give us valuable information about the mechanisms of action of HPV E2 proteins as well as about its suitability for therapeuticum.