See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Personaalne uurimistoetus" projekt PUT766
PUT766 "Inimese geneetiline varieeruvus Lõuna Aasias, genees ja järelmid (1.01.2015−31.12.2016)", Gyaneshwer Chaubey, Eesti Biokeskus.
PUT766
Inimese geneetiline varieeruvus Lõuna Aasias, genees ja järelmid
Human genetic diversity in South Asia, genesis and implications
1.01.2015
31.12.2016
Teadus- ja arendusprojekt
Personaalne uurimistoetus
Stardiprojekt
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
2. Ühiskonnateadused ja kultuur2.11. SotsiaalteadusedS250 Demograafia5.4. Teised sotsiaalteadused (sotsiaal- ja kultuurantropoloogia, etnoloogia, demograafia, inim-, majandus- ja sotsiaalgeograafia, munitsipaal- ja regionaalplaneering, haldusjuhtimine, õigusteadus, lingvistika, politoloogia, sotsioloogia jne.15,0
2. Ühiskonnateadused ja kultuur2.11. SotsiaalteadusedS213 Sotsiaalstruktuuride uuringud5.4. Teised sotsiaalteadused (sotsiaal- ja kultuurantropoloogia, etnoloogia, demograafia, inim-, majandus- ja sotsiaalgeograafia, munitsipaal- ja regionaalplaneering, haldusjuhtimine, õigusteadus, lingvistika, politoloogia, sotsioloogia jne.15,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt70,0
AsutusRollPeriood
Eesti Biokeskuskoordinaator01.01.2015−31.12.2018
PerioodSumma
01.01.2015−31.12.201556 400,00 EUR
01.01.2016−31.12.201656 400,00 EUR
112 800,00 EUR

Inimese kui liigi geneetilise mitmekesisuse vaatevinklist on Lõuna Aasia erilise tähtsusega, sest just seal on Aafrika kõrval inimesed geneetiliselt kõige varieeruvamad ehk rikkamad. Selle varieeruvuse (ja selle geneesi) uurimine on keskse tähtsusega mõistmaks meie geneetilise ülesehituse ja keskkonna vaheliste interaktsioonide tulemusel tekkivat fenotüüpi sh. haigusi. Selles projektis on meie eesmärk rekonstrueerida Lõuna Aasia inimpopulatsioonide demograafiline ajalugu, et mõista tänase geneetilise varieeruvuse geneesi. Selleks kasutame nii avalikult kasutatavaid kui meie endi poolt loodud uusi andmeid, sealhulgas ka täielikult järjendatud inimgenoome. Peamised küsimusteringid puudutavad i) Euraasia asustamise lainete arvu ja iseloomu, ii) regionaalseid segunemismustreid Neandertaali ja Denisova inimestega ning iii) Lõuna Aasia põhja ja lõuna piirkondade geneetiliste algete segunemisprotsessi, mis paistab olema keskse rolliga piirkonna geneetilise varieeruvusmustri kujunemisel.
In terms of global genetic diversity of our species, South Asia holds a central role as a major reservoir of genetic variability second only to that in Africa. This is of profound importance regarding understanding the interactions between our genetic architecture and the environment, which inter alia are manifested in diseases. Using the in-house and public whole genome sequences data we aim in this proposal to further the understanding of present-day genetic diversity of South Asian populations by reconstructing the demographic past of the Subcontinent. Main groups of questions relate to: i) initial peopling of Eurasia (number of colonizartion events), ii) regional patterns of admixture with ancient extinct hominid species and iii) characterization of the admixture (time, extent and regional patterns) between ancestral northern and southern South Asians, a process that appares to have been a central force in shaping the extant South Asian genetic landscape.
Progress Y kromosoomi ja autosoomidega seotud genoomipiirkondade analüüsi puudutavas tehnoloogias andis meile uusi võimalusi uurimistöös püstitatud hüpoteeside kontrollimiseks. Y kromosoomi puhul liikusime SNP-de genotüpiseerimiselt capture-tüüpi sekveneerimisele. Y kromosoomi resekveneerimisandmestik avaldati teadusartiklina ajakirjas Genome Research (Karmin jt. 2015). Autosomaalse analüüsi puhul saavutasime suurema lahutusvõime alleelisagedustel põhinevat analüüsi haplotüübipõhise lähenemisega täiendades (Chaubey jt. 2015). PI osales ka raamatupeatüki kirjutamisel. Edasi testisime neoliitikumis aset leidnud põlluharimise leviku seotust haplogrupiga J2 (Singh jt. 2016). Vastupidiselt populaarsele arvamusele leidsime me, et sellel haplogrupil on Lõuna-Aasias kompleksne struktuur. Mahukas India juutide päritolu käsitlevas töös pakkusime me välja nende ajalis-ruumilise ekspansiooni mudeli (Chaubey jt. 2016). Viisime läbi ka kaks uurimust India hõimurahvaste –bhilide ja gondide - päritolu kohta. Bhilide puhul leidsime nende ootamatult lähedase suguluse Kesk-India keeleliselt eripäraste nihalidega, samas kui Lõuna-Aasia suurim hõimurahvas gondid osutus lähimaks põhjamunda keeli rääkivate rahvastega (Chaubey jt. 2017 a, b). Nendele töödele lisaks osalesime projektis, mille eesmärgiks oli välja selgitada Gangese madaliku hõimurahvaste nahapigmentatsiooni eest vastutavate alleelide jaotus (Mishra et al. 2017). Andsime oma panuse sadu täisgenoome hõlmanud uurimistöösse (Pagani jt. 2016), mille tulemusena pakuti välja uus, kaht Aafrikast väljarännanud inimeste lainet eeldav mudel.