"Sihtfinantseerimine" projekt SF0180164s08
SF0180164s08 "Makromolekulide biosünteesi mehhanismid (1.01.2008−31.12.2013)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
SF0180164s08
Makromolekulide biosünteesi mehhanismid
Mechanism of biosynthesis of biolgical macromolecules
1.01.2008
31.12.2013
Sihtfinantseerimine
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.1. BiokeemiaP310 Proteiinid, ensümoloogia1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.20082 070 000,00 EEK (132 297,11 EUR)
01.01.2009−31.12.20091 880 448,00 EEK (120 182,53 EUR)
01.01.2010−31.12.20101 773 400,00 EEK (113 340,92 EUR)
01.01.2011−31.12.2011113 340,00 EUR
01.01.2012−31.12.2012113 340,00 EUR
01.01.2013−31.12.2013113 340,00 EUR
705 840,56 EUR

Geneetilise informatsiooni realiseerimine toimub makrolmolekulide sünteesi kaudu. Taotletava projekti põhieesmärk on uurida geneetilist informatsiooni kandvate bioloogiliste makromolekulide sünteesi molekulaarseid mehhanisme. Sel eesmärgil identifitseerime seni tundmata ensüüme ja iseloomustame tuntud ensüümide osa sünteesi protsessides. Uurime kindlate DNA ja RNA struktuurielementide tähtsust biosünteesi protsesside suunamisel. Uurimuse objektideks on DNA süntees pärmi mitokondrites, rRNA ja tRNA biogenees ning valkude süntees bakterites. Nimetatud uurimused kuuluvad alusuuringute valdkonda. Taotletav projekt on oluliseks osaks doktoriõppe läbiviimisel Tartu Ülikoolis.
The genetic information is realized through biosynthsis of macromolecules. The main objective of the project is to study molecular mechanisms of biosynthesis of biological macromolecules. The new players involved in DNA replication, rRNA modification, and ribosome assembly will be identified. An importance of the DNA and RNA structural elements in directing replication, translation, and ribosome biogenesis is studied. The study objects are DNA replication in yeast mitochondria, bacterial translation, and bacterial ribosome biogenesis. The research belongs to fundamental sciences. The project is important part of PhD studies in Tartu University.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jaanus RemmedoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013

Põhitäitjad (12)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Rya ErodoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Joachim Matthias GerholddoktorikraadEST / ENG01.01.2011−31.12.2013
Priit JõersdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2012
Kalle KipperdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Silja KuuskdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Aivar LiivdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Ülo MaivälidoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2010
Arto PulkdoktorikraadEST / ENG01.01.2011−31.12.2012
Juhan SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Tiina SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Tiina TammdoktorikraadEST / ENG01.01.2011−31.12.2013
Priit VäljamäedoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013

Täitjad (11)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Anu AundoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Rya ErodoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2012
Joachim Matthias GerholddoktorikraadEST / ENG01.01.2008−22.12.2010
Katrin Krõlovmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Margus LeppikdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013
Dmitri Lubenetsmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2008−01.01.2010
Anton Giuseppe PaierEST / ENG01.01.2011−31.12.2013
Kerli PiirmagistrikraadEST / ENG01.01.2011−31.12.2013
Arto PulkdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−27.08.2010
Triinu SiibakdoktorikraadEST / ENG01.01.2008−01.01.2012
Triin TammsalumagistrikraadEST / ENG01.01.2008−31.12.2013

Projektiga seotud tööjõud (3)

IsikKraadAsutusAmetKoormusKoormus väljaspoolOsalemise periood
ProjektisKoormus väljaspool
Kai VirumäeTartu Ülikool, teadur101.01.2008−31.12.2013
Tiina TammTartu Ülikool, teadur101.01.2008−31.12.2010
Triinu Siibakteadur101.01.2011−31.12.2012
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Pulk, A.; Liiv, A.; Peil, L.; Maiväli, Ü.; Nierhaus, K.; Remme, J. (2010). Ribosome reactivation by replacement of damaged proteins. Molecular Microbiology, 75 (4), 801−814.10.1111/j.1365-2958.2009.07002.x.
Ero, R.; Leppik, M.; Liiv, A.; Remme, J. (2010). Specificity and kinetics of 23S rRNA modification enzymes RlmH and RluD. RNA-A Publication of the RNA Society, 16 (11), 2075 −2084.10.1261/rna.2234310.
Siibak, T.; Remme, J. (2010). Subribosomal particle analysis reveals the stages of bacterial ribosome assembly at which rRNA nucleotides are modified. RNA-A Publication of the RNA Society, 16 (10), 2023−2032.10.1261/rna.2160010.
Siibak, T; Peil, L;Xiong, L; Mankin, A;Remme, J;Tenson, T. (2009). Erythromycin- and Chloramphenicol-Induced Ribosomal Assembly Defects Are Secondary Effects of Protein Synthesis Inhibition. Chemotherapy Research and Practice, 53 (2), 563−571.
Kipper, K.; Hetényi, C.; Sild, S.; Remme, J.; Liiv, A. (2009). Ribosomal intersubunit bridge B2a is involved in factor-dependent translation initiation and translational processivity. Journal of Molecular Biology, 385 (2), 405−422.10.1016/j.jmb.2008.10.065.
Ero, R.; Peil, L.; Liiv, A.; Remme, J. (2008). Identification of pseudouridine methyltransferase in Escherichia coli. RNA-A Publication of the RNA Society, 14 (10), 2223−2233.10.1261/rna.1186608.
Peil, L.; Virumäe, K.; Remme, J. (2008). Ribosome assembly in Escherichia coli strains lacking the RNA helicase DeaD/CsdA or DbpA. FEBS Journal, 275 (15), 3772−3782.10.1111/j.1742-4658.2008.06523.x.
Visacka, K.; Gerhold, JM.; Petrovicova, J.; Kinsky, S.; Jõers, P.; Nosek, J.; Sedman, J.; Tomaska, L. (2009). Novel subfamily of mitochondrial HMG-box containing proteins: Functional analysis of Gcf1p from Candida albicans. Microbiology, 155 (4), 1226−1240.
Gerhold, Joachim M.; Aun, Anu; Sedman, Tiina; Jõers, Priit; Sedman, Juhan (2010). Strand Invasion Structures in the Inverted Repeat of Candida albicans Mitochondrial DNA Reveal a Role for Homologous Recombination in Replication. Molecular Cell, 39 (6), 851−861.10.1016/j.molcel.2010.09.002.
Kurasin, M.; Väljamäe, P. (2011). Processivity of cellobiohydrolases is limited by the substrate. Journal of Biological Chemistry, 286, 169−177.
Viikov, K.; Väljamäe, P.; Sedman, J. (2011). Yeast mitochondrial DNA polymerase is a highly processive single-subunit enzyme. Mitochondrion, 11 (1), 119−126.10.1016/j.mito.2010.08.007.
Jalak, Jürgen; Väljamäe, Priit (2010). Mechanism of initial rapid rate retardation in cellobiohydrolase catalyzed cellulose hydrolysis. Biotechnology and Bioengineering, 106 (6), 871−883.10.1002/bit.22779.
Velleste, Riin; Teugjas, Hele; Väljamäe, Priit (2010). Reducing end-specific fluorescence labeled celluloses for cellulase mode of action. Cellulose, 17 (1), 125−138.10.1007/s10570-009-9356-3.
Siibak, T.; Peil, L.; Dönhofer, A.; Tats, A.; Remm, M.; Wilson, D.; Tenson, T.; Remme, J. (2011). Antibiotic-induced ribosomal assembly defects result from changes in the synthesis of ribosomal proteins. Molecular Microbiology, 80 (1), 54−67.10.1111/j.1365-2958.2011.07555.x.
Kipper, K., Sild, S., Hetenyi, C., Remme, J., Liiv, A. (2011). Pseudouridylation of 23S rRNA helix 69 promotes peptide release by release factor RF2 but not by release factor RF1. Biochimie, 93 (5), 834−844.10.1016/j.biochi.2010.12.018.
Lõoke, M.; Reimand, J.; Sedman, T.; Sedman, J.; Järvinen, L.; Värv, S.; Peil, K.; Kristjuhan, K.; Vilo, J.; Kristjuhan, A. (2010). Relicensing of transcriptionally inactivated replication origins in budding yeast. Journal of Biological Chemistry, 285 (51), 40004−40011.10.1074/jbc.M110.148924.
Viikov, K.; Väljamäe, P.; Sedman, J. (2010). Yeast mitochondrial DNA polymerase is a highly processive single-subunit enzyme. Mitochondrion, 11 (1), 119−126.10.1016/j.mito.2010.08.007.
Remme, J. (2011). How to avoid undesirable interactions during ribosome assembly? Molecular Microbiology, 82 (2), 269−271.10.1111/j.1365-2958.2011.07838.x.
Peil, L.; Starosta, AL.; Lassak, J.; Atkinson, GC; Virumäe, K.; Spitzer, M.; Tenson, T.; Jung, K.; Remme, J.; Wilson, DN. (2013). Distinct XPPX sequence motifs induce ribosome stalling, which is rescued by the translation elongation factor EF-P. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110 (38), 15265−15270.10.1073/pnas.1310642110.
Samhita, L.; Virumäe, K.; Remme, J.; Varshney, U. (2013). Initiation with elongator tRNAs. Journal of Bacteriology, 195 (18), 4202−4209.10.1128/JB.00637-13.
Leppik, M., Ero, R., Liiv, A., Kipper, K., Remme, J. (2012). Different sensitivity of H69 modification enzymes RluD and RlmH to mutations in Escherichia coli 23S rRNA. Biochimie, 94 (5), 1080−1089.
Peil, L.; Starosta, A.; Virumäe, K.; Atkinson, G.C.; Tenson, T.; Remme, J.; Wilson, D.N. (2012). Lysine 34 of translation elongation factor EF-P is hydroxylated by YfcM. Nature Chemical Biology, 8 (8), 695−697.10.1038/nchembio.1001.
Aun, Anu; Tamm, Tiina; Sedman, Juhan (2013). Dysfunctional Mitochondria Modulate cAMP-PKA Signaling and Filamentous and Invasive Growth of Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 193 (2), 467−481.10.1534/genetics.112.147389.
Viikov K , Jasnovidova O , Tamm T , Sedman J (2012). C-Terminal Extension of the Yeast Mitochondrial DNA Polymerase Determines the Balance between Synthesis and Degradation. PLoS ONE, 7 (3), e33482.10.1371/journal.pone.0033482.
Reimand, Jüri; Aun, Anu ; Vilo, Jaak ; Vaquerizas, Juan M ; Sedman, Juhan ; Luscombe, Nicholas M (2012). m:Explorer - multinomial regression models reveal positive and negative regulators of longevity in yeast quiescence. Genome Biology, 13 (6), R55.10.1186/gb-2012-13-6-r55.
Teugjas, Hele; Väljamäe, Priit (2013). Product inhibition of cellulases studied with 14C-labeled cellulose substrates. Biotechnology for Biofuels, 6 (104), Article Number: 104.10.1186/1754-6834-6-104.
Teugjas, Hele; Väljamäe, Priit (2013). Selecting β-glucosidases to support cellulases in cellulose saccharification. Biotechnology for Biofuels, 6 (105), Article nr 105.10.1186/1754-6834-6-105.
Kont, Riin; Kurashin, Mihhail; Teugjas, Hele; Väljamäe, Priit (2013). Strong cellulase inhibitors from the hydrothermal pretreatment of wheat straw. Biotechnology for Biofuels, 6, 1−14.10.1186/1754-6834-6-135.
Vaher, M.; Helmja, K.; Käsper, A.; Kurasin, M.; Väljamäe, P.; Kudrjasova, M.; Koel, M.; Kaljurand, M. (2012). Capillary electrophoretic monitoring of hydrothermal pre-treatment and enzymatic hydrolysis of willow: comparison with HPLC and NMR. Catalysis Today, 196 (1), 34−41.10.1016/j.cattod.2012.02.047.
Jalak, J.; Kurashin, M.; Teugjas, H.; Väljamäe, P. (2012). Endo-exo synergism in cellulose hydrolysis revisited. Journal of Biological Chemistry, 287 (34), 28802−28815.
Horn, S.; Sorlie, M.; Varum, K.; Väljamäe, P.; Eijsink, V. (2012). Measuring processivity. Methods in Enzymology, 510, 69−95.10.1016/B978-0-12-415931-0.00005.
Tamm, Tiina (2012). A thiamine-regulatable epitope-tagged protein expression system in fission yeast. In: Lorence, A. (Ed.). Recombinant Gene Expression: Reviews and Protocols, Third Edition (417−432).. Humana Press. (Methods in Molecular Biology; 824).10.1007/978-1-61779-433-9_22.
Tamm, T.; Grallert, A.; Grossman, E.P.; Alvarez-Tabares, I.; Stevens, F.E.; Hagan, I.M. (2011). Brr6 drives the Schizosaccharomyces pombe spindle pole body nuclear envelope insertion/extrusion cycle. Journal of Cell Biology, 195 (3), 467−484.10.1083/jcb.201106076.
Olspert, A.; Paves, H.; Toomela, R.; Tamm, T.; Truve, E. (2010). Cocksfoot mottle sobemovirus coat protein contains two nuclear localization signals. Virus Genes, 40 (3), 423−431.10.1007/s11262-010-0456-9.
Tamm, T. (2009). Plasmids with E2 epitope tags: tagging modules for N- and C-terminal PCR-based gene targeting in both budding and fission yeast, and inducible expression vectors for fission yeast. Yeast, 26 (1), 55−66.10.1002/yea.1650.
Juhendamised
Juhendamised
Ene-Ly Jõgeda, magistrikraad, 2013, (juh) Kristi Huik; Jaanus Remme; Radko Avi, GBV-C esinemine ja mõju HIV infektsiooni nakatumisele Eesti süstivate narkomaanide populatsioonis, Tartu Ülikool.
Margus Leppik, doktorikraad, 2013, (juh) Jaanus Remme; Aivar Liiv, Substrate specifisity of the multisite specific pseudouridine synthase RluD (Multisait spetsiifilise pseudouridiini süntaasi RluD spetsiifika), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Molekulaarbioloogia õppetool.
Rya Ero, doktorikraad, 2012, (juh) Jaanus Remme; Aivar Liiv, Modifier view of the bacterial ribosome (Bakteriaalne ribosoom modifitseeritud nukleosiidide vaatevinklist), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Kalle Kipper, doktorikraad, 2011, (juh) Jaanus Remme; Aivar Liiv, Studies on the role of helix 69 of 23S rRNA in factor-dependent translation initiation, elongation, and termination (23S rRNA heeliksi 69 roll translatsiooni initsiatsiooni, elongatsiooni ja terminatsiooni faktorsõltuvates etappides), Tartu Ülikool.
Pavel Kudrin, magistrikraad, 2011, (juh) Kalle Kipper; Jaanus Remme, Tänu oma rollile subühikute assotsiatsioonil subühikutevaheline sild B3 on oluline ribosoomi funktsionaalsuse jaoks, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Triinu Siibak, doktorikraad, 2011, (juh) Jaanus Remme; Tanel Tenson, Effect of antibiotics on ribosome assembly is indirect (Antibiootikumide mõju ribosoomide kokkupakkimisele on kaudne), Tartu Ülikool.
Arto Pulk, doktorikraad, 2010, (juh) Jaanus Remme, Bakteri ribosoomide uurimus keemilise modifitseerimise meetoditega, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Tiit Örd, magistrikraad, 2010, (juh) Tõnis Örd; Jaanus Remme, TRB3 mRNA-de populatsiooni koosseis inimese rakuliinides tavatingimustel ja stressi korral, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Molekulaarbioloogia õppetool.
Lauri Peil, doktorikraad, 2009, (juh) Jaanus Remme, Ribosome assembly factors in Escherichia coli (Ribosoomide kokkupakkimise faktorid soolekepikeses Escherichia coli), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Reigo Timm, magistrikraad, 2009, (juh) Tõnis Örd; Jaanus Remme, Trb3 geeni ekspressiooni ja Trb3 nokauthiire iseloomustamine erinevatel toitumistingimustel, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Kadri Juhkam, magistrikraad, 2008, (juh) Tõnis Örd; Jaanus Remme, Inimese TRB3 mRNA isovormide 5´ UTR-ide mõju translatsiooni efektiivsusele ja ekspressiooni analüüs kasvajarakkudes, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Veiko Voolaid, magistrikraad, 2008, (juh) Veljo Kisand; Jaanus Remme, Rakuväline DNA vesikeskkonnas ja resistentsusgeenide detekteerimine kasutades Acinetobacter baylyi looduslikku kompetentsust, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Daima Örd, doktorikraad, 2008, (juh) Tõnis Örd; Jaanus Remme, Studies on the stress-inducible pseudokinase TRB3, a novel inhibitor of transcription factor ATF4 (Uurimus stressi poolt indutseeritavast pseudokinaasist TRB3, transkriptsioonifaktori ATF4 uuest inhibiitorist), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Karin Villemson, magistrikraad, 2013, (juh) Tiina Sedman, IRC3 valgu mõju mitokondriaalse genoomi stabiilsusele, Tartu Ülikool.
Joachim Matthias Gerhold, doktorikraad, 2010, (juh) Juhan Sedman, Replication and Recombination of mitochondrial DNA in Yeast (Mitokondriaalse DNA replikatsioon ja rekombinatsioon pärmis), Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
Ilja Gaidutšik, magistrikraad, 2009, (juh) Tiina Sedman; Juhan Sedman, Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse Irc3 valgu puhastamine, biokeemiline analüüs ja IRC3 geeni deletsiooni mõju mitokondriaalsele valguekspressioonile, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
Mihhail Kurašin, magistrikraad, 2010, (juh) Priit Väljamäe, Meetod tsellulaaside protsessiivsuse määramiseks, Tartu Ülikool.
Jürgen Jalak, magistrikraad, 2009, (juh) Priit Väljamäe, Meetod Trichoderma reesei tsellobiohüdrolaas Cel7A katalüütilise konstandi määramiseks tselluloosi hüdrolüüsil, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Kaarel Kruuse, magistrikraad, 2013, (juh) Tiina Tamm, Mittefunktsionaalse mitokondri mõju Saccharomyces cerevisiae matja struktuuriga kolooniate kasvule, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Üldise ja mikroobibiokeemia õppetool.
Olga Jasnovidova, magistrikraad, 2010, (juh) Tiina Tamm, Study of the carboxyl-terminal extension (CTE) of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA polymerase Mip1p (Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse polümeraasi Mip1 C-terminaalse pikenduse (CTE) funktsiooni uurimine), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Kadri Klaos, magistrikraad, 2010, (juh) Tiina Tamm, Interaktsioonid pärmi Saccharomyces cerevisiae helikaasi Hmi1 ja formiini Bni1 vahel, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.