See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF9293
ETF9293 "Ravimite metabolismiga seotud geenide põhjalik geneetiline ja epigeneetiline analüüs uue põlvkonna sekveneerimistehnoloogiaga (1.01.2012−31.12.2015)", Lili Azin Milani, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu.
ETF9293
Ravimite metabolismiga seotud geenide põhjalik geneetiline ja epigeneetiline analüüs uue põlvkonna sekveneerimistehnoloogiaga
In-depth genetic and epigenetic analyses of genes involved in drug metabolism by next-generation sequencing
1.01.2012
31.12.2015
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB726 Kliiniline bioloogia 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)34,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt33,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt33,0
PerioodSumma
01.01.2012−31.12.201217 400,00 EUR
01.01.2013−31.12.201317 400,00 EUR
01.01.2014−31.12.201417 400,00 EUR
01.01.2015−31.12.201517 400,00 EUR
69 600,00 EUR
0,00 EUR

Projekti eesmärgiks on identifitseerida geneetilised markerid, mis kontrollivad indiviidide vahelist varieeruvust ravimi toimele ja metabolismile. Me kasutame kaasaegset sekveneerimise tehnoloogiat, et identifitseerida geneetiline ja epigeneetine variatsioon peamiste ravimite imendumises ja metabolismis osalevate geenide regulatoorsetes ja valku kodeerivates regioonides. Analüüsiks kasutame unikaalset europiidse rassi esindajate maksaproovide kollektsiooni, mille kohta on teada põhjalik fenotüübiinfo erinevate ravimi metabolismi ensüümide aktiivsuse ja ekspressiooni taseme kohta. Leitud variatsioonide osas tehakse edasine uuring TÜ Eesti Geenivaramu proovides, et hinnata nende sagedust ja effekti laiemas populatsioonis. Edu korral, avab antud lähenemine valgust seni tundmatute geneetiliste variatsioonide seosele ravimi metabolismiga. Leitud variatsioonid on kasutatavad kui farmakogeneetilised markerid võimaldamaks optimaalse ravi kavandamist patsientidele.
The aim of this research project is to identify genetic and epigenetic signatures that control interindividual variation in drug metabolism and response. We will use ultra high-throughput sequencing technology to identify novel genetic and epigenetic variation in regulatory and protein coding regions of major genes involved in drug absorbtion, distribution, metabolism and excretion. We will study a unique collection of Caucasian liver samples, which have been extensively phenotyped for the activity and expression levels of different drug metabolizing enzymes. The identified variants will be further examined in samples from the Estonian Genome Center to verify their frequency and effect in a wider population. If successful, our approach will reveal previously unknown genetic variants associated with drug metabolism, which can be applied as pharmacogenetic markers to design optimal treatment for patients.
Projekti põhieesmärgiks oli identifitseerida geneetilisi markereid, mis mõjutavad indiviidide vahelist varieeruvust ravimi toimele ja metabolismile, kasutades kaasaegset sekveneerimise ja mikrokiibi tehnoloogiat ning unikaalset maksaproovide kollektsiooni. Ravimite metabolismiga seotud geenide põhjalikuks analüüsiks arendasime koostöös Rootsi teadlastega uue meetodi, millega rikastada bisulfit töödeldud DNA huvipakkuvaid regioone. Valisime 174 geeni, mis on seotud ravimite metabolismiga, töötasime välja uue modifitseeritud protokolli bisulfit töödeldud DNA rikastamiseks, ning katsetasime protokolli inimese maksabiopsiast eraldatud DNA proovide analüüsiks. Antud meetodil oli selged eelised võrreldes siiani ilmunud protokollidega ning on kirjeldatud artiklis, mis ilmus 2013. a. alguses Nucleic Acids Research’i ajakirjas. 2016. on ka sams ajakirjas värskelt ilmunud meetodi edasiarendatud versioon ja bioloogiline rakendus. Suure projektiga paralleelselt uurisime väga olulise ravimite metaboliseerija geeni CYP3A4 avaldumise regulatsiooni. Leidsime DNA metülatsiooni ja transkriptsiooni faktoreid, mis mõjutavad CYP3A4 tasemete suurt inimestevahelist varieeruvust (Kacevska et al. 2012). Projekti ajal on taasavastatud DNA hüdroksümetülatsioon, mis pole tavaliste metülatsiooni uuringute meetoditega (bisulfit töötlus) tuvastatav, kuid omab olulist rolli geenide ekspressiooni reguleerimises, eriti maksas. Et uurida DNA 5’-hüdroksümetülatsiooni (5hmC) rolli kui osa epigeneetilisest regulatsioonist maksas, valisime välja 8 loote maksa ja 8 täiskasvanu maksabiopsiat, ja võrdlesime nende 5hmC-piirkondi teise põlvkonna sekveneerimise abil. Leidsime, et 5hmC omab geenide avaldumisele vastupidist effekti võrreldes metülatsiooniga. Antud töö oli esimene maksade geenide avaldumise regulatsiooni kirjeldav artikkel, mis arvestas ka 5hmC-ga, ning ilmus 2013. aastal ajakirjas Genome Biology. Kokkuvõttes oleme kasutanud uudset tehnoloogiat ja leidnud uusi geeniregulatsiooni mehhanisme maksas, mis on väga olulised indiviididevahelise ravimite metabolismi varieeruvuse kirjeldamiseks.