See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF5467
ETF5467 "Uue DNA diagnostika tehnoloogia väljatöötamine inimese kromosoomide struktuursete aberratsioonide tuvastamiseks vaimse alaarengu korral (1.01.2003−31.12.2006)", Ants Kurg, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
ETF5467
Uue DNA diagnostika tehnoloogia väljatöötamine inimese kromosoomide struktuursete aberratsioonide tuvastamiseks vaimse alaarengu korral
Development of novel DNA diagnostic technologies for the detection of structural chromosomal abnormalities in case of mental retardation
1.01.2003
31.12.2006
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB434 Agrokeemia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt50,0
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB760 Psühhonoomika 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)50,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2003−31.12.2006
PerioodSumma
01.01.2003−31.12.2003169 000,00 EEK (10 801,07 EUR)
01.01.2005−31.12.2005208 847,06 EEK (13 347,76 EUR)
01.01.2004−31.12.2004217 400,00 EEK (13 894,39 EUR)
01.01.2006−31.12.2006213 000,00 EEK (13 613,18 EUR)
51 656,40 EUR

Käesoleva projekti eesmärgiks on uue DNA diagnostika tehnoloogia (Multiplex Amplifiable Probe Hybridization ? DNA-based Chromosomal Analysis (MAPH-DCA)) väljatöötamine, optimeerimine ning rakendamine karüotüpiseerimis praktikasse ja selle kasutamine struktuursete kromosoomaberratsioonide tuvastamiseks vaimse alaarengu korral. Antud tehnoloogia võimaldab identifitseerida ka selliseid kromosoomaberratsioone, mis jäävad allapoole kaasaegsete tsütogeneetika meetodite lahutusvõimet. Töö esimeses etapis on kavas disainida arvutianalüüsil inimese genoomi järjestuse andmebaase kasutades kõiki inimese kromosoome katvad, unikaalsed, hästi lokaliseeritud, mittepolümorfsed ning kordusjärjestusi mitteomavad erineva lahutusvõimega proovide komplektid, mis sisaldavad vastavalt 500, 1000, 2000 ja 3000 lookust. Need proovid amplifitseeritakse PCR-il, kloneeritakse ning rajatakse vastavad proovipangad. Järgnevalt valmistatakse MAPH-DCA-l kasutatavad proovide segud, kusjuures iga proovi sisaldab otstes amplifikatsiooni võimaldavaid universaalseid praimerjärjestusi, ning vastavaid proove kandvad, kuid ilma praimerjärjestusteta DNA kiibid. Kromosoomaberratsioonide määramiseks tehakse MAPH-DCA reaktsioonid uuritava DNA-ga ning saadud tulemus kvantiseeritakse rehübridisatsioonil DNA kiipidele, mis võimaldab kõigi kasutatud proovidele vastavate lookuste paralleelset analüüsi. Tulemuseks saadakse kromosoomanalüüs 48 tunni jooksul, mis on palju kiirem ja odavam kui teised kaasaegsed meetodid. Uut tehnoloogiat saab kasutada nii prenataalsel, postnataalsel kui vähi kromosoomide analüüsil ning samuti ka teadusuuringuteks vaimse (ala)arengu molekulaarsete põhjuste selgitamisel.
The aim of the current project is the development, validation and introduction to karotyping practice of a novel DNA diagnostic technology called Multiplex Amplifiable Probe Hybridization ? DNA-based Chromosomal Analysis (MAPH-DCA), for the detection of structural chromosomal abnormalities in case of mental retardation. The technology allows to identify chromosomal abnormalities beyond the resolution of current cytogenetic techniques. During the first step of planned project, four sets of unique, well-localized, non-polymorphic, non-repetitive probes with different resolution covering 500, 1000, 2000, and 3000 loci, respectively, and all human chromosomes will be designed. These probes will be amplified by PCR, cloned and probe banks constructed. Secondly, MAPH-DCA probe mixtures will be made, where each probe contains universal primer sequences on both ends allowing for later amplification. DNA microarrays carrying the same probes but without universal primers will also be prepared. For karyotyping MAPH-DCA reactions will be performed and results quantified using rehybridization on DNA microarrays, which allows parallel analysis of all used loci. The result is a chromosomal analysis completed within 48 hours, which is much faster and cheaper than other cytogenetic methods currently applied. The new technology will be used in prenatal, postnatal and cancer chromosomal analysis as well as for various research purposes to solve the reasons of mental retardation and to understand the molecular basis of intelligence development.