See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7458
ETF7458 "Mobiilsete elementide IS6100 ja ISPa20 osalus Pseudomonas aeruginosa geneetilises kohastumises (1.01.2008−31.12.2011)", Heili Ilves, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
ETF7458
Mobiilsete elementide IS6100 ja ISPa20 osalus Pseudomonas aeruginosa geneetilises kohastumises
Involvement of mobile elements IS6100 and ISPa20 in the genetic adaptation of Pseudomonas aeruginosa
1.01.2008
31.12.2011
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
01.01.2009−31.12.2009276 480,00 EEK (17 670,29 EUR)
01.01.2010−31.12.2010251 316,00 EEK (16 062,02 EUR)
01.01.2011−31.12.201116 062,00 EUR
68 200,86 EUR

Oportunistlik patogeen Pseudomonas aeruginosa on gram-negatiivne bakter, mille nakkus võib inimestel põhjustada ägedaid ja kroonilisi põletikke. Eelkõige just tsüstilist fibroosi (CF) põhjustav geenidefekt on näidatud olevat eelsoodumuseks P. aeruginosa kroonilisele kopsu infektsioonile, millest pole võimalik vabaneda ühegi teadaoleva ravimeetodiga. Mitmed CFi puudutavad uuringud viitavad, et patsiendi kopsu koloniseerimise käigus toimub P. aeruginosa populatsioonis pidev uute geneetiliste variantide selektsioon. Kasvueelise ja klonaalse ekspansiooni saavutavad CF haige kopsus need P. aeruginosa geneetilised variandid, mis võimaldavad patogeenil pikemat aega püsida ja edukamalt kohaneda CF kopsus valitsevate tingimustega. Geneetilise mitmekesisuse tekkimiseks populatsioonis on mitmeid võimalusi. Näiteks tsüstilise fibroosi haige kopsu sekreetidest isoleeritud P. aeruginosa kloon C patogeensed variandid olid tekkinud horisontaalsel geeniülekandel omandatud mobiilsete elementide (IS6100 ja ISPa20) aktiivse transpositsiooni tagajärjel. Vaatamata sellele, et mobiilsete elementide ümberpaiknemine genoomis omab tähtsat rolli nii bakteri patogeensete omaduste väljakujunemisel kui ka ümbritseva keskkonnaga kohastumisel, on siiani vähe teada molekulaarsetest mehhanismidest, mis viivad keskkonnatingimustest sõltuvale transpositsiooni aktiveerumisele. Taotletava projekti eesmärgiks on kindlaks teha tsüstilise fibroosi haige kopsuga seotud tingimused ja P. aeruginosa faktorid, mis mõjutavad mobiilsete elementide IS6100 ja ISPa20 transpositsiooni. Projekti eesmärgi teostamiseks konstrueerime esmalt testsüsteemid, mis võimaldaksid jälgida IS6100 ja ISPa20 transpositsiooni P. aeruginosa populatsioonis. Teiseks, kasutame väljaarendatud ja optimeeritud testsüsteeme IS6100 ja ISPa20 transpositsiooni mõjutavate keskkonnatingimuste tuvastamiseks. Kolmandaks, kavatseme otsida P. aeruginosa faktoreid, mis vastusena keskkonna muutustele moduleerivad IS6100 ja ISPa20 transpositsiooni. Lisaks kavatseme välja selgitada, millistes transpositsiooni regulatsiooni etappides tuvastatud peremeesfaktorid osalevad. Uuringutest saadavad tulemused aitavad selgitada molekulaarseid regulatsioonimehhanisme, mis võimaldavad oportunistlikul patogeenil P. aeruginosa geneetiliselt kohaneda eluks tsüstilise fibroosi haige kopsus.
Opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is a Gram-negative bacterium that can cause a wide range of acute and chronic infections. Especially patients with genetic disorder causing cystic fibrosis (CF) have been shown to be predisposed to chronic P. aeruginosa lung infection. Several studies have pointed out that during CF lung colonisation P. aeruginosa experiences selection for an accumulation of genetic variants that promote long-term survival and clonal expansion. P. aeruginosa clone C variants recovered from the cystic fibrosis lung have shown to use horizontally acquired IS elements, IS6100 and ISPa20, to shape their chromosome and to evolve pathoadaptive traits observed in clinical CF isolates. However, despite the significance of mobile elements in adaptation of clinical isolates, the molecular mechanisms triggering the activation of transposition in P. aeruginosa have remained unknown. Therefore, the aim of this project is to identify host factors and environmental conditions related to the cystic fibrosis lung habitat that control transposition of IS6100 and ISPa20 in P. aeruginosa. To achieve the goal, we are first planning to establish a test system for examination of IS6100 and ISPa20 transposition in P. aeruginosa. Secondly, the developed test system will be used for determination of environmental conditions affecting the transposition rate of IS6100 and ISPa20 in Pseudomonas aeruginosa. Thirdly, we will identify host factors involved in mediating environmental changes to the regulation of IS6100 and ISPa20 transposition in P. aeruginosa. Results obtained from the proposed studies will enlighten the molecular mechanisms underlying the genetic adaptation of opportunistic pathogen P. aeruginosa for the life in CF patients’ lung.