See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Personaalne uurimistoetus (PUT)" projekt PUT736
PUT736 "Tsirkuleeriv DNA kopsuvähi biomarkerina" (1.01.2015−31.12.2018); Vastutav täitja: Neeme Tõnisson; Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu, Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituut; Finantseerija: Sihtasutus Eesti Teadusagentuur; Eraldatud summa: 221 600 EUR.
PUT736
Tsirkuleeriv DNA kopsuvähi biomarkerina
Circulating DNA as a biomarker of lung cancer
1.01.2015
31.12.2018
Teadus- ja arendusprojekt
Personaalne uurimistoetus (PUT)
Otsinguprojekt
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB726 Kliiniline bioloogia 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramukoordinaator01.01.2015−31.12.2017
Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli genoomika instituutkoordinaator01.01.2018−31.12.2018
PerioodSumma
01.01.2015−31.12.201555 400,00 EUR
01.01.2016−31.12.201655 400,00 EUR
01.01.2017−31.12.201755 400,00 EUR
01.01.2018−31.12.201855 400,00 EUR
221 600,00 EUR

Plaanitav translatsioonilise genoomika projekt sisaldab mutatsioonide ja DNA metülatsiooni analüüsi mitteväikerakulise kopsuvähiga patsientide tsirkuleerivast rakuvabast DNA-st (cfDNA). Usume, et arendatavaid metoodikaid ja kompetentsi saab tulevikus edukalt kasutada ka teiste kasvajapaikmetega seotud geenimuutuste tuvastamiseks või ravitundlikkuse hindamiseks. Varasemast on teada, et pahaloomuliste kasvajatega patsientide vereplasmas võib juba varastes staadiumites tuvastada tuumorist pärinevat DNA-d. Projekti käigus määrame cfDNA-st esmalt kopsuvähi ravitundlikkust mõjutavaid mutatsioone. Loodetavasti õnnestub seda teha ülegenoomses mahus. Plaanime cfDNA-st valideerida meie varasemas kopsuvähi uuringus tuvastatud metülatsioonipõhiseid biomarkereid, millel võib olla diagnostiline või prognostiline tähtsus. Uurime ka varase staadiumi kopsuvähiga seotud mutatsioone ja epimutatsioone Eesti Geenivaramu geenidoonoritel, kes on diagnoosi saanud vereproovi andmise järgselt.
This translational genomics project is planned for the analysis of mutations and DNA epimutations in the circulating cell-free DNA (cfDNA) of non-small cell lung cancer (NSCLC) patients. In perspective, the developed methods can be further utilised in other types of malignancies. It is known that the blood plasma of cancer patients contains cfDNA originating from tumour that may be detected already in its early stages. At first, the project includes cfDNA analysis of actionable and potentially actionable mutations, hopefully in genome-wide scale. We will also validate in the cfDNA of lung cancer patients the methylation biomarkers with a potential diagnostic and prognostic utility that were discovered in our previous study. In addition, we will perform a genome-wide study for the potential early biomarkers from the cfDNA of the blood donors in the Estonian Genome Cente biobank, who were later diagnosed with lung cancer.
Projekti käigus koguti vereproove ja kasvajakoe materjale ning kliinilist infot 106 kopsuvähi haigelt ning jälgiti nende haiguskulgu projekti käigus. Kõige olulisemaks tulemuseks oli osalemine kasvajate sihtmärkravi käsitlevas teadusuuringus, mille tulemused avaldati ajakirjas Science (Kläger S et al. 2017). Töötati välja kaks erinevat analüüsimetoodikat kasvajaseoseliste mutatsioonide määramiseks cfDNA'st ning metoodika kasvajaseoseliste DNA metülatsioonimuutuste tuvastamiseks cfDNA's. >90 koeproovis leidsime kasvajaseoselisi muutusi, neist osa on tõenäoliselt sekundaarsed muutused. Mutatsioonianalüüsi detektsioonipiiriks cfDNA's on ligikaudu 1%. Üksikjuhtudel õnnestus tuvastada nii juhtmutatsioone kui TKI resistentsusega seotud mutatsioone. DNA metülatsioonianalüüsis oli kandidaatgeenidest kõige informatiivsem ZNF154, milles 15% uuritavatest esines vähemalt 10% metülatsioonitaseme tõus võrreldes vereplasma cfDNA'ga tervetel isikutel. Töö tulemustele on teostamisel täiendav analüüs ning plaanis on avaldada kaks teadusartiklit. Projekt aitas laiemas kontekstis teavitada Eesti keskhaiglates kasvaja rakuvaba DNA analüüsi tähtsust ennustava biomarkerina ning seada sisse vastav logistika rutiinses patsienditöös. Samuti on näha, et ka kasvajapatsientide korduv testimine võib anda diagnostiliselt olulist informatsiooni ning täpsustada ravimivalikut. Eriline heameel oli edukast osalemisest rahvusvahelises türosiinkinaaside ravpotentsiaali uurivas teaduskonsortsiumis.