"Institutsionaalne uurimistoetus" projekt IUT20-21
IUT20-21 "Makromolekulide biosüntees ja selle masinavärgi funktsiooni säilitamine (1.01.2014−31.12.2019)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
IUT20-21
Makromolekulide biosüntees ja selle masinavärgi funktsiooni säilitamine
Biosynthesis of Macromolecules and Maintenance of their Synthetic Activity
1.01.2014
31.12.2019
Institutsionaalne uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudP330 Bioenergeetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2014−31.12.2014200 500,00 EUR
01.01.2015−31.12.2015200 500,00 EUR
01.01.2016−31.12.2016200 500,00 EUR
01.01.2017−31.12.2017200 500,00 EUR
802 000,00 EUR
1002500,00

Valkude aminohappeline järjestus määrab ära nende funktsioonid ja see järjestus on kodeeritud DNA nukleotiidse järjestusena. Viimaste aastate jooksul on kogunenud tohutu huld DNA järjestuse andmeid aga samuti elutähtsate valgumolekulide ning nende komplekside kolmemõõtmelise struktuuri andmeid. Me kasutame biokeemia ja geneetika meetodeid, et mõtestada seda hiiglaslikku andmehulka valkude ja DNA sünteesi ning sünteesi masinavärgi funktisonaalsuse säilitamise seisukohast. Uurime valkude biosünteesi molekulaarseid mehanisme bakteris ja pärmis mõistmaks ribosoomide heterogeensuse aluseid ja ribosoomide parandamist stressi tingimusis. Teiselt poolt uurime mehanisme, mis vastutavad mtDNA koguse ja inegraalsue säilimsie eest ning DNA helikaaside rolli selles. Meie uurimused loovad eelduse uute antimikroobsete ainete loomiseks.
Amino acid sequence of proteins determines their function and is encoded in the DNA nucleotide sequence. Meticulous amount of DNA sequence data have accumulated during recent years. In addition, 3D structure of most of the essential macromolecules and of many macromolecular complexes has been determined. We apply biochemical and genetic approach to rationalize these important data in particular emphasis on the maintenance of the functionality of DNA and protein synthesis system. We study molecular mechanisms of protein biosynthesis in bacteria and in yeast in order to understand functional heterogeneity of ribosomes and ribosome repair under stress conditions. On the other hand we analyze the mechanisms responsible for integrity of mitochondrial DNA and the functions of DNA helicases involved in mtDNA maintenance. Our studies help to design new antimicrobial agents.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jaanus RemmedoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Professor (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019

Põhitäitjad (5)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Aivar LiivdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, molekulaarbioloogia vanemteadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Arto PulkdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, spetsialist (0,50) University of California at Berkeley, Prof. Jamie Cate lab (1,00)EST / ENG01.01.2017−31.12.2019
Juhan SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Tiina SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2015−31.12.2019
Tiina TammdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, üldise ja mikroobibiokeemia vanemteadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019

Täitjad (8)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Ilja GaidutšikmagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Joachim Matthias GerholddoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, taimefüsioloogia dotsent (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2014
Kalle KipperdoktorikraadTartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Muu ... (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Ivan KislymagistrikraadEST / ENG01.01.2017−31.12.2019
Margus LeppikdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, molekulaarbioloogia teadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Silva LilleorgmagistrikraadEST / ENG01.01.2017−31.12.2019
Kerli PiirmagistrikraadTartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, doktorant (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2014
Tiina SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.01.2014
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Ainelo, Andres; Tamman, Hedvig; Leppik, Margus; Remme, Jaanus; Hõrak, Rita (2016). The toxin GraT inhibits ribosome biogenesis. Molecular Microbiology, 719−734.
Piir, K.; Tamm, T.; Kisly, I.; Tammsalu, T.; Remme, J. (2014). Stepwise Splitting of Ribosomal Proteins from Yeast Ribosomes by LiCl. PLoS ONE, 9 (7), e101561.10.1371/journal.pone.0101561.
Starosta, AL; Lassak, J; Peil, L; Atkinson, GC; Virumäe, K; Tenson, T; Remme, J; Jung, K; Wilson, DN. (2014). Translational stalling at polyproline stretches is modulated by the sequence context upstream of the stall site. Nucleic Acids Research, 42 (16), 10711−10719.10.1093/nar/gku768.
Sedman, Tiina; Gaidutšik, Ilja; Villemson, Karin; Hou Ying, Jian; Sedman, Juhan (2014). Double-stranded DNA dependent ATPase Irc3p is directly involved in mitochondrial genome maintenance. Nucleic Acids Research, 42 (21), 13214−13227.10.1093/nar/gku1148.
Gerhold M., Joachim; Sedman, Tiina; Visacka, Katarina; Slezakova, Judita; Tomaska, Lubomir; Nosek, Jozef; Sedman, Juhan (2014). Replication intermediates of the linear mitochondrial DNA of Candida parapsilosis suggest a common recombination based mechanism for yeast mitochondria. The Journal of Biochemical Chemistry, 289 (33), 22659−22670.10.1074/jbc.M114.552828.
Juhendamised
Juhendamised
Ivan Kisly, magistrikraad, 2014, (juh) Tiina Tamm; Jaanus Remme, Saccharomyces cerevisiae ribosoomi subühikute vahelise silla eB12 funktsionaalne analüüs, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Molekulaarbioloogia õppetool.
Silva Lilleorg, magistrikraad, 2014, (juh) Aivar Liiv, Ribosoomide heterogeensusest Escherichia coli L31 näitel, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Geidi Mitt, magistrikraad, 2015, (juh) Tiina Tamm, FLO11 ekspressioon Saccharomyces cerevisiae libisevalt kasvavates rakkudes, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Üldise ja mikroobibiokeemia õppetool.
Katriin Antonov, magistrikraad, 2015, (juh) Tiina Tamm, Saccharomyces cerevisiae klass III pet mutantide filamenteerumine ja invasiivne kasv, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Üldise ja mikroobibiokeemia õppetool.
Priit Adler, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Analysis and visualisation of large scale microarray data (Paljude mikrokiibi andmestike suuremahuline analüüsimine ja visualiseerimine), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Hedi Peterson, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes (Suuremahuliste andmete kasutamine geenidevaheliste seoste leidmiseks), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Anu Aun, doktorikraad, 2014, (juh) Juhan Sedman, Mitochondria as integral modulators of cellular signaling (Mitokondrid kui rakulise signaaliülekande moduleerijad), Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.