"Muu" projekt VEU445
VEU445 "Uue metagenoomse keskkonnamonitooringu meetodi arendus (1.01.2010−30.06.2012)", Madis Metsis, Tallinna Tehnikaülikool, Tallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond, Integreeritud süsteemide bioloogia keskus.
VEU445
Uue metagenoomse keskkonnamonitooringu meetodi arendus
Elaboration of Novel Metagenomic Method for Environmental Monitoring
Elaboration of Novel Metagenomic Method for Environmental Monitoring
1.01.2010
30.06.2012
Teadus- ja arendusprojekt
Muu
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
AsutusRollPeriood
Tallinna Tehnikaülikoolkoordinaator01.01.2010−30.06.2012
Tallinna Tehnikaülikool, Matemaatika-loodusteaduskond, Integreeritud süsteemide bioloogia keskuskoordinaator01.01.2010−30.06.2012
AsutusRiikTüüp
Euroopa Komisjon
PerioodSumma
01.01.2010−30.06.201225 000 000,00 EEK (1 597 791,21 EUR)
1 597 791,21 EUR
välisleping, Life+

Projekti peaeesmärgiks on välja töötada ja rakendada uus keskkonnamonitooringu metodoloogia, mille aluseks on metagenoomse informatsiooni kasutamine ja bioinformaatilised vahendid. Projektis kasutatakse varasemat TTÜs teostatud alusteaduslikke lahendusi. Projektis teostatavad tegevused: 1. Töötatakse välja uus metodoloogia, kus keskkonna hindamine lähtub kvalitatiivsest ja kvantitatiivsest mikrobioomide hindamisest. 2. Väljatöötlus esitatakse projektist huvitatud pooltele, eeldades, et need hakkavad seda kasutama oma igapäevases tegevuses; levitatakse aktiivselt rahvusvaheliselt uue meetodi kasutamise võimalust ja teavet. Projekti teostamisel korjatakse 300 proovi Eestist, Lätist, Leedust, Soomest, Rootsist, Poolast ja Saksamaalt. Neist proovidest eraldatakse DNA, mis paljundatakse, järjestatakse ja analüüsitakse. Saadud geneetilisest informatsioonist määratakse tunnusjärjestused, mille esinemisega on võimalik kirjeldada konkreetset keskkonda. Nende tunnused annavad meile võimaluse iseloomustada erinevate inimtegevuste integraalset mõju keskkonnale (tööstuse mõju, puhkealade kasutamine, põllumajandus, kliima muutused jne). Projekti teostamiseks viiakse läbi rida tegevusi, jälgides järgmisi metodoloogilisi lähenemisi ? mikroorganismide korje spetsiifilistest keskkondadest, genoomse DNA eraldamine proovidest, kõrge jõudlusega genoomse DNA järjestamine ja kvantitatiivsel PCRil põhinev kvalitatiivne ja kvantitatiivne spetsiifiliste mikroorganismide tuvastamine.
Projects overall purpose is to develop and demonstrate a novel approach to environmental monitoring, based on metagenomic data and using modern biotechnology and IT technologies. The project uses the knowledge base, acquired previously during scientific research in Tallinn University of Technology. The project detailed objectives are: 1. To elaborate an innovative methodology for environmental monitoring that uses quantitative and qualitative evaluation of the micro-organisms communities. 2. To present the new method to the stakeholders who could use this method in their everyday work; to promote the possible application of the method internationally. During the lifetime of the project, 300 samples of soil will be collected from Estonia, Latvia, Lithuania, Finland, Sweden, Poland and Germany. From the samples, DNA will be extracted, amplified, sequenced and analysed. Based on the genomic data, markers will be determined that describe the environment. These markers allow us to evaluate the integral influence of different human activities (industrial, recreation, agriculture, climate changes etc) on ecosystems. This kind of evaluation allows us to characterize the influence of factors endangering the environment and humans. Actions and means involved: Proposed project consists of several actions that are performed based upon following main methodological approaches- sampling of microorganisms from particular environment, isolation of genomic DNA from samples, HTP sequencing of the genomic DNA and qPCR assisted qualitative and quantitative detection of specific microorganisms. rakendamisvõimalused eesti keeles: Keskkonnaseisundi hindamine rakendamisvõimalused inglise keeles: Environmental monitoring
KirjeldusProtsent
Rakendusuuring80,0
Katse- ja arendustöö20,0