"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7617
ETF7617 "DNA koopiaarvu variatsioonid ja inimese (X-liiteline) vaimne alaareng (1.01.2008−31.12.2011)", Ants Kurg, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
ETF7617
DNA koopiaarvu variatsioonid ja inimese (X-liiteline) vaimne alaareng
DNA copy-number variations and human (X-linked) mental retardation
1.01.2008
31.12.2011
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
3. Terviseuuringud3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2008−31.12.2011
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituutkoordinaator01.01.2008−31.12.2011
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskondkoordinaator01.01.2008−31.12.2011
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008300 000,00 EEK (19 173,49 EUR)
01.01.2009−31.12.2009288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
01.01.2010−31.12.2010288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
01.01.2011−31.12.201118 406,80 EUR
74 393,39 EUR

Kavandatava uurimistöö eesmärgiks on määrata DNA koopiaarvu variatsioonide osa inimese (X-liitelise) vaimse alaarengu kujunemisel kasutades meie tulemusi, mis on saadud firma „Illumina” BeadArray SNP genotüpiseerimissüsteemide abil. Kokku on kavas analüüsida 150 DNA-d. Uuringu sihtgrupiks on X-liitelise vaimse arengu mahajäämusega patsiendid. Võimaluse korral soovime analüüsida ka nende pereliikmeid, et määrata de novo mutatsioonide osa antud häire kujunemisel. Leitud variatsioonide kandidaatregioonide kinnitamiseks X kromosoomi osas on kavas kasutada meie endi poolt välja töötatud array-MAPH meetodit ning teistes kromosoomides reaal-aja kvantitatiivset PCR-i (RTq-PCR) või vajadusel FISH-i. Selgitamaks millised DNA koopiaarvu muutustest on seotud patoloogia kujunemisega ning milliste puhul on tegemist genoomis esinevate normaalsete koopiaarvu variatsioonidega, rakendame assotsiatsiooniuuriguid ja bioinformaatilisi meetodeid, võrreldes patsientidel leitud CNV-sid normaalse fenotüübiga kontrollindiviididelt leitud CNV-dega. Bioinformaatilise analüüsi abil on eesmärgiks leida koopiaarvu muutused ja/või koopiaarvu muutuste esinemiste mustrid, mis on iseloomulikud vaimse arengu mahajäämusega patsientidele. Muutunud koopiaarvuga regioonide täpsemal analüüsimisel loodame leida geene ja/või regulaatorjärjestusi, mis on olulised vaimse arengu mahajäämuse väljakujunemisel ja aitavad jõuda lähemale vaimse (ala)arengu molekulaarsete mehhanismide mõistmisele.
The main objective of this project is to find out the role of DNA copy number variations (CNV-s) involved in development of human (X-linked) mental retardation using our genotyping results from commercial „Illumina” BeadArray SNP genotyping systems. Altogether, we plan to analyze 150 DNA-s. The target group of the study are patients with X-linked mental retardation and where possible also their family members in order to estimate the part of de novo mutations in development of their disorder. To confirm the candidate regions of these found variations we plan to use our own array-MAPH method in chromosome X and real-time quantitative PCR (RTq-PCR) or FISH in other chromosomes. To find out which DNA copy number changes are related to development of disorder and which ones are normal CNV-s present in genome, we will apply association studies and bioinformatic methods by comparing CNV-s found in mental retardation patients with CNV-s found in control individuals with normal phenotype. The goal of bioinformatic analysis is to find out copy number changes and/or patterns of copy number changes characteristic to mental retardation patients. Fine analysis of these regions with changed copy number will help us to identify genes and/or regulatory sequences important in development of mental retardation and enable to get closer in understanding of molecular mechanisms in mental retardation and normal development.