"Institutsionaalne uurimistoetus" projekt IUT20-29
IUT20-29 "Tume elurikkus: taksonoomiline, fülogeneetiline, funktsionaalne ja geneetiline mitmekesisus dünaamilistes taimekooslustes (1.01.2014−31.12.2019)", Meelis Pärtel, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Ökoloogia ja maateaduste instituut.
IUT20-29
Tume elurikkus: taksonoomiline, fülogeneetiline, funktsionaalne ja geneetiline mitmekesisus dünaamilistes taimekooslustes
Dark diversity: taxonomic, phylogenetic, functional and genetic levels in dynamic plant communities
1.01.2014
31.12.2019
Institutsionaalne uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.4. Ökoloogia, biosüstemaatika ja -füsioloogiaB270 Taimeökoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2014−31.12.2014189 700,00 EUR
01.01.2015−31.12.2015189 700,00 EUR
01.01.2016−31.12.2016189 700,00 EUR
01.01.2017−31.12.2017189 700,00 EUR
758 800,00 EUR
948500,00

Elurikkus on seotud koosluste funktsioneerimise ja seeläbi ka inimeste elukeskkonna ja heaoluga. Mõistmaks elurikkuse dünaamikat ja sellega seotud protsesse, oleme loonud tumeda elurikkuse kontseptsiooni: tume elurikkus hõlmab regioonis leiduvaid kooslusetüübile iseloomulikke liike, mida aga vaadeldud elurikkuse hulgas ei ole. Antud projekti käigus uurime lisaks taksonoomisele ka fülogeneetilist, funktsionaalset ja geneetilist tumedat elurikkust, tuvastame tumedat elurikkust kirjeldavaid protsesse, loome tumeda elurikkuse mõõtmiseks sobivad meetodid ning looduskaitses ja võõrliikide leviku ennustamisel kasutatavad praktilised rakendused. Uurime tumeda elurikkuse dünaamikat seoses väljasuremisvõla ja sisserändeviibega. Meie uurimused keskenduvad ennekõike taimedele, kuid loodavad meetodid on rakendatavad kõikides ökosüsteemides üle erinevate taksonoomiliste rühmade. Projekti tulemusena suurendame seniseid arusaami elurikkuse käitumisest ja seda ohustavatest teguritest.
Biodiversity is associated with a variety of ecosystem functions that have a direct effect on human well-being. We have introduced the concept of dark diversity – absent species in a region that can potentially inhabit a local habitat – in order to elucidate better biodiversity patterns and processes. We now expand the dark diversity concept from taxonomic to phylogenetic, functional and genetic diversity; identify processes that produce observed and dark diversity; elaborate methods to quantify dark diversity, and provide practical tools for biodiversity conservation and invasive species control. We explore the temporal patterns of dark diversity with respect to the phenomena of extinction debt and colonization credit in dynamic plant communities. We focus on plants, but our approach is applicable to all ecosystems and taxonomic groups. Our project will lead to major advances in our understanding of biodiversity patterns and provide vital tools for conservation.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Meelis PärteldoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019

Põhitäitjad (4)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Pille GerholddoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Ökoloogia ja maateaduste instituut, ökoloogia vanemteadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2015
Aveliina HelmdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, botaanika vanemteadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Nele IngerpuudoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Tatjana OjadoktorikraadEesti Maaülikool, Põllumajandus- ja keskkonnainstituut, erakorraline teadur (0,2)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019

Täitjad (20)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jonathan Adrian BennettEST / ENG01.01.2014−29.02.2016
Antonio GazoldoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, Botaanika osakond, Erakorraline teadur (1,00)EST / ENG01.01.2014−01.01.2014
Madli Jõks01.01.2016−31.12.2019
Liis KasarimagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Ene KookdoktorikraadTartu Ülikool, ÖMI Botaanika Osakond, preparaator, laborant (0,20)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Tiiu Kuppermagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Robert John LewisdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, Projekti täitja (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2015
Margarita MürkmagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Silvia PihudoktorikraadTorma Põhikool, Õpetaja (0,60)EST / ENG01.01.2014−31.12.2015
Eva-Liina PrulerLasila Põhikool õpetaja Tartu Ülikool, doktorant (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Ülle ReierdoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Kersti RiibakmagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Argo RonkdoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Liina Saarmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Lisanna SchmidtmagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Robert Christian Szava-KovatsdoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Krista TakkisdoktorikraadTartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Ökoloogia ja maateaduste instituut, spetsialist (0,50)EST / ENG01.01.2014−31.12.2014
Riin TammedoktorikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2015
Marge ThetloffmagistrikraadEST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Eva-Liis Tuvimagistrikraad (teaduskraad)Tartu Ülikool, doktorant (1,00) Eesti Maaülikool, põllumajandus- ja keskkonnainstituut, Lektor (1,00)EST / ENG01.01.2014−31.12.2019
Projektid
Projekt
IUT20-29AP14; "Väikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine teadusteema IUT20-29 raames"; Meelis Pärtel;
LLOOM15083; "Nutikas elurikkuse kaitse Eesti loodus- ja majandusmetsades: ökoinformaatika lahendused Eesti lõunaosa näitel"; Meelis Pärtel;
MLOOM14190; "Eesti loopealsete taastamine"; Aveliina Helm;
SLOOM15091; "Loopealsete suuremahulise taastamise mõju elurikkusele, taastamiseelse seisundi jäädvustamine"; Aveliina Helm;
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Lewis, Rob J.; Szava-Kovats, Robert; Pärtel, Meelis (2016). Estimating dark diversity and species pools: An empirical assessment of two methods. Methods in Ecology and Evolution, 7 (1), 104−113.10.1111/2041-210X.12443.
de Bello, F.; Carmona, C.P.; Lepš, J.; Szava-Kovats, R.; Pärtel, M. (2016). Functional diversity through the mean trait dissimilarity: resolving shortcomings with existing paradigms and algorithms. Oecologia, 1−8.10.1007/s00442-016-3546-0 [ilmumas].
Grace, J.B.; Anderson, T.M.; Seabloom, E.W.; Borer, E.T.; Adler, P.B.; Harpole, W.S.; Hautier, Y.; Hillebrand, H.; Lind, E.M.; Pärtel, M.; Bakker, J.D.; Buckley, Y.M.; Crawley, M.J.; Damschen, E.I.; Davies, K.F.; Fay, P.A.; Firn, J.; Gruner, D.S.; Hector, A.; Knops, J.M.H. ... Smith, M.D. (2016). Integrative modelling reveals mechanisms linking productivity and plant species richness. Nature, 529 (7586), 390−393.10.1038/nature16524.
Ronk, Argo; Szava-Kovats, Robert; Pärtel, Meelis (2015). Applying the dark diversity concept to plants at the European scale. Ecography, 38 (10), 1015−1025.10.1111/ecog.01236.
Helm, A.; Zobel, M.; Moles, A.T.; Szava-Kovats, R.; Pärtel, M. (2015). Characteristic and derived diversity: implementing the species pool concept to quantify conservation condition of habitats. Diversity and Distributions, 21 (6), 711−721.10.1111/ddi.12285.
Riibak, Kersti; Reitalu, Triin; Tamme, Riin; Helm, Aveliina; Gerhold, Pille; Znamenskiy, Sergey; Bengtsson, Karin; Rosén, Ejvind; Prentice, Honor; Pärtel, Meelis (2015). Dark diversity in dry calcareous grasslands is determined by dispersal ability and stress-tolerance. Ecography, 38, 713−721.10.1111/ecog.01312.
Davison, J.; Moora, M.; Öpik, M.; Adholeya, A.; Ainsaar, L.; Bâ, A.; Burla, S.; Diedhiou, A. G.; Hiiesalu, I.; Jairus, T.; Johnson, N. C.; Kane, A.; Koorem, K.; Kochar, M.; Ndiaye, C.; Pärtel, M.; Reier, Ü.; Saks, Ü.; Singh, R.; Vasar, M. ... Zobel, M. (2015). Global assessment of arbuscular mycorrhizal fungus diversity reveals very low endemism. Science, 349 (6251), 970−973.10.1126/science.aab1161.
Reitalu, Triin; Gerhold, Pille; Poska, Anneli; Pärtel, Meelis; Väli, Vivika; Veski, Siim (2015). Novel insights into post-glacial vegetation change: functional and phylogenetic diversity in pollen records. Journal of Vegetation Science, 26, 911−922.10.1111/jvs.12300.
Fraser, L.H.; Pärtel, M.; Pither, J.; Jentsch, A.; Sternberg, M.; Zobel, M. (2015). Response to comment on worldwide evidence of a unimodal relationship between productivity and plant species richness. Science, 350 (6265), 1177c−1177c.10.1126/science.aad4874.
Breeze, T. D.; Vaissière, B. E.; Bommarco, R.; Petanidou, T.; Seraphides, N.; Kozák, L.; Scheper, J.; Biesmeijer, J. C.; Kleijn, D.; Gyldenkærne, S.; Moretti, M.; Holzschuh, A.; Steffan-Dewenter, I.; Stout, J. C.; Pärtel, M.; Zobel, M.; Potts, S. G. (2014). Agricultural Policies Exacerbate Honeybee Pollination Service Supply-Demand Mismatches Across Europe. PLoS ONE, 9, e82996.10.1371/journal.pone.0082996.
Szava-Kovats, Robert; Pärtel, Meelis (2014). Biodiversity patterns along ecological gradients: unifying β-diversity indices. PLoS ONE, 9 (10), e110485.10.1371/journal.pone.0110485.
Pärtel, M. (2014). Community ecology of absent species: hidden and dark diversity. Journal of Vegetation Science, 1154−1159.10.1111/jvs.12169.
Reitalu, Triin; Helm, Aveliina; Pärtel, Meelis; Bengtsson, Karin; Gerhold, Pille; Rosén, Ejvind; Takkis, Krista; Znamenskiy, Sergey; Prentice, Honor C. (2014). Determinants of fine-scale plant diversity in dry calcareous grasslands within the Baltic Sea region. Agriculture Ecosystems & Environment, 182, 59−68.10.1016/j.agee.2012.11.005.
Tamme, Riin; Götzenberger, Lars; Zobel, Martin; Bullock, James M.; Hooftman, Danny A. P.; Kaasik, Ants; Pärtel, Meelis (2014). Predicting species' maximum dispersal distances from simple plant traits. Ecology, 95 (2), 505−513.10.1890/13-1000.1.
Kalwij, J. M.; Robertson, M. P.; Ronk, A.; Zobel, M.; Pärtel, M. (2014). Spatially-Explicit Estimation of Geographical Representation in Large-Scale Species Distribution Datasets. PLoS ONE, 9 (1), e85306.10.1371/journal.pone.0085306.
Hiiesalu, I.; Pärtel, M.; Davison, J.; Gerhold, P.; Metsis, M.; Moora, M.; Öpik, M.; Vasar, M.; Zobel, M.; Wilson, S.D. (2014). Species richness of arbuscular mycorrhizal fungi: associations with grassland plant richness and biomass. New Phytologist, 203 (1), 233−244.10.1111/nph.12765.
Price, J. N.; Gazol, A.; Tamme, R.; Hiiesalu, I.; Pärtel, M. (2014). The functional assembly of experimental grasslands in relation to fertility and resource heterogeneity. Functional Ecology, 28 (2), 509−519.
Aunap, Raivo; Frey, Jane; Hang, Tiit; Jaagus, Jaak; Järvet, Arvo; Kalm, Volli; Kanal, Arno; Karro, Enn; Kirs, Juho; Kirsimäe, Kalle; Mander, Ülo; Mardiste, Heino; Oja, Tõnu; Peterson, Urmas; Pärtel, Meelis; Rubel, Madis; Sepp, Mait; Tuuling, Igor (2014). Üldmaateadus. Tartu: Eesti Loodusfoto.
Bagaria, G.; Helm, A.; Rodà, F.; Pino, J. (2015). Assessing coexisting plant extinction debt and colonization credit in a grassland–forest change gradient. Oecologia, 179 (3), 823−834.
Helm, Aveliina (2015). Habitat restoration requires landscape‐scale planning. Applied Vegetation Science, 18 (2), 177−178.10.1111/avsc.12159.
Sutcliffe, L.M.E.; Batáry, P.; Kormann, U.; Báldi, A.; Dicks, L.V.; Herzon, I.; Kleijn, D.; Tryjanowski, P.; Apostolova, I.; Arlettaz, R.; Aunins, A.; Aviron, S.; Balezentiene, L.; Fischer, C.; Halada, L.; Hartel, T.; Helm, A.; Hristov, I.; Jelaska, S.V.; Kaligarič, M. ... Viik, E. & Tscharntke, T. (2014). Harnessing the biodiversity value of Central and Eastern European farmland. Diversity and Distributions, 1−9.10.1111/ddi.12288.
Helm, A.; Kalamees, R.; Zobel, M. (2014). Vegetation patterns and their underlying processes: where are we now? Journal of Vegetation Science, 25 (5), 1113−1116.10.1111/jvs.12206.
Talve, T.; McGlaughlin, M.E.; Helenurm, K; Wallace, L.E.; Oja, T. (2014). Population genetic diversity and species relationships in the genus Rhinanthus L. based on microsatellite markers. Plant Biology, 16 (2), 495−502.10.1111/plb.12057.
Talve, Tiina; Mürk, Margarita; Lindell, Torbjörn; Oja, Tatjana (2014). Rhinanthus plants found in calcareous fens on Gotland (Sweden): are they related to R. osiliensis from Saaremaa (Estonia)? Biochemical Systematics and Ecology, 54, 113−122.10.1016/j.bse.2014.01.006.
Vellak, Kai; Ingerpuu, Nele; Leis, Mare; Ehrlich, Loore (2015). Annotated checklist of Estonian bryophytes. Folia Cryptogamica Estonica, 52, 109−127.10.12697/fce.2015.52.14.
Ingerpuu, Nele; Sarv, Marge (2015). Effect of grazing on plant diversity of coastal meadows in Estonia. Annales Botanici Fennici, 52, 84−92.
Ingerpuu, Nele; Nurkse, Kristiina; Vellak, Kai (2014). Bryophytes in Estonian mires. Estonian Journal of Ecology, 63 (1), 3−14.10.3176/eco.2014.1.01.
Öpik, Maarja; Davison, John; Moora, Mari; Pärtel, Meelis; Zobel, Martin (2016). Response to Comment on “Global assessment of arbuscular mycorrhizal fungus diversity reveals very low endemism”. Science, 351 (6275), 826.
Gerhold, P.; Cahill, J.; Winter, M.; Bartish, I.; Prinzing, A. (2015). Phylogenetic patterns are not proxies of community assembly mechanisms (they are far better). Functional Ecology, 29 (5), 600−614.10.1111/1365-2435.12425.
Aavik, T.; Bosshard, D.; Edwards, P.J.; Holderegger, R.; Billeter, R. (2014). Fitness in Naturally Occurring and Restored Populations of a Grassland Plant Lychnis flos-cuculi in a Swiss Agricultural Landscape. Restoration Ecology, 22 (1), 98−106.10.1111/rec.12020.
Aavik, T; Holderegger, R.; Bolliger, J. (2014). The structural and functional connectivity of the grassland plant Lychnis flos-cuculi. Heredity, 112 (5), 471−478.10.1038/hdy.2013.120.
Kook, Ene; Pihu, Silvia; Reier, Ülle; Thetloff, Marge; Aavik, Tsipe; Helm, Aveliina (2016). Do landscape dissimilarity and environmental factors affect genetic and phenotypic variability in Myosotis laxa s. lato (Boraginaceae)? Annales Botanici Fennici, xx−xx [ilmumas].
Bueno, C.G.; Moora, M.; Gerz, M.; Davison, J.; Öpik, M.; Pärtel, M.; Helm, A.; Ronk, A.; Kühn, I.; Zobel, Z. (2017). Plant mycorrhizal status, but not type, shifts with latitude and elevation in Europe. Global Ecology and Biogeography, 26 (6), 690−699.10.1111/geb.12582.
Pärtel, Meelis; Öpik, Maarja; Moora, Mari; Tedersoo, Leho; Rosendahl, Søren; Rillig, C. Mathias; Lekberg, Ylva; Kreft, Holger; Helgason, Thorun; Erikson, Ove; Davison, John; Bello, Francsesco; Caruso, Tancredi; Zobel, Martin (2017). Historical biome distribution and recent human disturbance shape the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. New Phytologist, 216 (1), 227−238.10.1111/nph.14695.
Juhendamised
Juhendamised
Riin Tamme, doktorikraad, 2015, (juh) Meelis Pärtel, The relationship between small-scale environmental heterogeneity and plant species diversity (Keskkonna heterogeensuse ja taimede mitmekesisuse seos väikesel ruumiskaalal), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.
Krista Takkis, doktorikraad, 2014, (juh) Aveliina Helm; Meelis Pärtel, Changes in plant species richness and population performance in response to habitat loss and fragmentation (Muutused taimede liigirikkuses ja populatsioonide seisundis vastusena elupaikade kaole ja killustumisele), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut, Botaanika osakond.
Thomas Galland, magistrikraad (teaduskraad), 2015, (juh) Aveliina Helm, Landscape changes and plant diversity on Estonian alvar grassland restoration sites, Toulouse III Paul Sabatier' Ülikool.
Tiina Talve, doktorikraad, 2015, (juh) Tatjana Oja, Genetic diversity and taxonomy within the genus Rhinanthus (Perekond robirohi (Rhinanthus) geneetiline mitmekesisus ja taksonoomia), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.
Ilmar Uibopuu, magistrikraad, 2015, (juh) Nele Ingerpuu; Helle Mäemets, Eesti pehmeveeliste järvede sammaltaimed, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Botaanika ja ökoloogia instituut.
Kadri Kuusksalu, magistrikraad, 2015, (juh) Tatjana Oja, Morfoloogiline ja geneetiline varieeruvus perekonna Gymnadenia Eesti populatsioonides, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.
Hedi Pedajas, magistrikraad, 2015, (juh) Tatjana Oja, Perekonna Carex liikide eristatavus taksonoomilisteks sektsioonideks isoensüümtunnuste alusela, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.
Laura Valgma, magistrikraad, 2015, (juh) Tatjana Oja, Reliktse hariliku kobarpea Ligularia sibirica (L.) Cass. geneetiline mitmekesisus Eestis, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Ökoloogia- ja Maateaduste Instituut.