See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF8004
ETF8004 "Peremeesorganismi geneetiliste polümorfismide mõju HI-viiruse monofüleetilise populatisooni evolutsioonile (1.01.2009−31.12.2012)", Tõnu Krispin, Tartu Ülikool, Arstiteaduskond.
ETF8004
Peremeesorganismi geneetiliste polümorfismide mõju HI-viiruse monofüleetilise populatisooni evolutsioonile
Influence of host genetic polymorphisms on evolution of HIV monophyletic population
1.01.2009
31.12.2012
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
3. Terviseuuringud3.1. BiomeditsiinB510 Nakkushaigused3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Arstiteaduskondkoordinaator01.01.2009−31.12.2012
PerioodSumma
01.01.2009−31.12.2009316 800,00 EEK (20 247,21 EUR)
01.01.2010−31.12.2010316 800,00 EEK (20 247,21 EUR)
01.01.2011−31.12.201120 247,60 EUR
01.01.2012−31.12.201220 247,60 EUR
80 989,62 EUR

Hüpoteesid (i) Eeldame, et umbes 7 kuni 8 aastat pärast nakatumist HIV infektsiooni on CCR5 ?32/wt genotüü-pi kandvatel HIV positiivsetel isikutel viiruse mitmekesisus ning divergents väiksem kui CCR5 wt/wt genotüüpi kandvatel isikutel, kuna esimese genotüübi korral on viiruse replikatsiooni kiirus vabade ko-retseptorite puudumise tõttu pärsitud. Viiruse mitmekesistumise kiirust võiks suuren-dada aga madalam CCL3L1 geenikoopia arv või polümorfismide esinemine kemokiini retseptori-tes, millest mõlemat on seostatud kiirema haiguse progressiooni ja suurema nakatumise tõenäosu-sega. (ii) Eeldame, et võrreldes B subtüübi viirusega on CRF06_cpx ja tema järgmise põlvkonna rekombinantide hulgas enam levinud R5 troopsed viirused. Selle on viidanud ka meie esialgsed uuringud env piirkonna genotüüpeerimisel, mis näitasid et nii haiguse alg- kui ka AIDSi staadiu-mis olevatel patsientide viirsute hulgas prevaleerub CCR5 retseptori eelistus (publitseerimata andmed).. (iii) Eeldame, et CCR5 ?32/wt genotüüpi kandvas populatsioonis on rohkem X4 troopseid viirustüve-sid kui CCR5 wt/wt populatsioonis , kuna neil on raku pinnal ekspresseeritud vabade CCR5 ret-septorite tase on madalam. Isikutevahelisi erinevusi HIV-infektsiooni nakatumisel ning haiguse progresseerumisel on püütud kirjeldada nii erinevate geneetiliste, immunoloogiliste kui ka viroloogiliste tunnustega. Senini on põhjalikumalt uuritud kemokiini retseptorite ning nende ligandide geenide polümorfisme, viiruse kvaasiliikide (quasispecies) mitmekesisust ning viiruse troopsust. Vähem on aga tähelepanu pööratud nende faktorite omavahelisele interaktsioonile HI-viirusinfektsiooni patogeneesis. Projekti põhieesmärgid. (i) Hinnata kuidas erinevates HIV-positiivsete isikute populatsioonides (värske HIV infektsiooni-ga, ARV-naiivsed kroonilise HIV-infektsiooniga, ARV-naiivsed AIDS-i staadiumis, esimese ravi¬režiimiga ebaõnnestunud patsiendid) inimese poolsete geneetiliste faktorite polümorfism (CCR5 ?32 deletsioon; CCL3L1 geenikoopia arv jt.) mõjutavad viiruse evolutsiooni kiirust. (ii) Hinnata ja analüüsida CRF06_cpx ja CRF06A viiruspopulatsioonide troopsuse (R5, X4, kaksiktroopsed) muutusi eelpoolnimetatud HIV positiivsete isikute populatsioonides. (iii) Hinnata kas ja kuidas X4 troopsete viiruste esilekerkimine sõltub viiruse populatsiooni algsest mitmekesisusest ning kemokiini retseptorite ja/või nende ligande (CCR5, CCL3L1 jt) kodeeri-vate geenide polümorfismist.
Hypothesis 1. We assume that in approximately 7-8 years after transmission of HIV infection the CCR5 ?32 heterozygous subjects have lower viral diversity and divergence than those with wild type CCR5 since absence of free co-receptors on the cell surface diminishes viral replication. It is likely, however, that lower than population mean CCL3L1 gene-copy number or presence of several polymorphisms enhances development of viral diversity since both of these factors have been associated with faster disease progression and greater likelihood of HIV infection. 2. We assume that compared to subtype B viruses, among CRF06_cpx and its next generation recombinants the prevalence of R5-tropic viruses is higher. This has been suggested in our pilot studies on env gene in newly infected as well as in HIV patients with advanced disease. 3. We assume that CCR5 ?32 heterozygous subjects are more likely to have X4 tropic viral strains than than those with CCR5 wild type due to lower expression of free CCR5 receptors on cell surface. Aims of the project. 1. To evaluate how polymorphisms in the host genetic factors (e.g. CCR5 ?32 deletion; CCL3L1 gene-copy number etc.) influence the evolution of HIV viruses in different HIV positive populations (e.g. recently infected, chronically infected treatment na?ve subjects, treatment na?ve subjects with AIDS, treatment experience subjects with failure of the first ARV regimen). 2. To study and analyse the changes in viral tropism of CRF06_cpx and CRF06A viruses in the abovementioned HIV positive populations. 3. To evaluate if and how the emergence of X4 tropic strains depends on the initial diversity of viral population and on the polymorphisms in chemokine receptors and/or their ligands (CCR5, CCL3L1) encoding genes.