"Sihtfinantseerimine" projekt SF0180026s09
SF0180026s09 "Bioinformaatika rakendamine genoomijärjestuste uurimiseks (1.01.2009−31.12.2014)", Maido Remm, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
SF0180026s09
Bioinformaatika rakendamine genoomijärjestuste uurimiseks
Computational studies of genome sequences
1.01.2009
31.12.2014
Teadus- ja arendusprojekt
Sihtfinantseerimine
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB110 Bioinformaatika, meditsiiniinformaatika, biomatemaatika, biomeetrika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2009−31.12.20091 485 120,00 EEK (94 916,47 EUR)
01.01.2010−31.12.20101 455 000,00 EEK (92 991,45 EUR)
01.01.2011−31.12.201189 550,00 EUR
01.01.2012−31.12.201289 550,00 EUR
01.01.2013−31.12.201389 550,00 EUR
01.01.2014−31.12.201489 550,00 EUR
546 107,92 EUR

Käesolev sihtfinantseerimise taotlus keskendub erinevate organismide (peamiselt inimese) genoomide DNA järjestuse analüüsimisele ja võrdlemisele bioinformaatiliste ja statistiliste meetoditega. Eksperimentaalsed andmed saadakse avalikest andmebaasidest või koostööpartneritelt. Esiteks plaanime inimese genoomis analüüsida seni vähem uuritud varieeruvaid elemente – koopia arvu muutusi, inversioone ning integreerunud viiruste DNA fragmente. Teiseks osaleme suuremates projektides mitmesuguste inimeste omaduste ning geenide suhte selgitamisel. Selle töö jaoks on vajalik uute bioinformaatiliste meetodite loomine, mis võimaldaks paremini analüüsida just pidevas numbrilises skaalas väljendatud tunnuste (continuous traits) seost geenidega. Kolmandaks suureks alamteemaks on võrdlev genoomika, mille abil loodame leida seni avastamata kõrgelt konserveerunud järjestuse elemente. Esimeseks projektiks selles valdkonnas on lühikeste regulatoorsete lugemisraamide (uORFide) otsimine bakterigenoomidest.
Current grant application is focused to analysis and comparison of genome sequences of various organisms, mainly human genome. Throughout the project mainly bioinformatics and statistical methods are used for research. Experimental data is obtained from public databases or from collaborating partners. Firstly, we plan to analyze novel types of variations in human genome – gene copy number variations, inversions and traces of integrated viral genomes. Secondly, we plan to participate in larger projects which search for correlations between genes and human traits or diseases. Our part would be creation and use of novel statistical and bioinformatics methods for analyzing genomic data. Third part of the project will be devoted to comparison of non-human genome sequences. Our aim in this part of the project is discovery of novel universally conserved functional DNA elements. Our first target is to identify conserved upstream Open Reading Frames (uORFs) in bacterial genomes.