"Institutsionaalne uurimistoetus" projekt IUT34-4
IUT34-4 "Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA) (1.01.2015−31.12.2020)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut.
IUT34-4
Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)
Data Science Methods and Applications (DSMA)
1.01.2015
31.12.2020
Institutsionaalne uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
4. Loodusteadused ja tehnika4.6. ArvutiteadusedP170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria)1.1. Matemaatika ja arvutiteadus (matemaatika ja teised sellega seotud teadused: arvutiteadus ja sellega seotud teadused (ainult tarkvaraarendus, riistvara arendus kuulub tehnikavaldkonda)80,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudT490 Biotehnoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt20,0
PerioodSumma
01.01.2015−31.12.2015116 600,00 EUR
01.01.2016−31.12.2016116 600,00 EUR
01.01.2017−31.12.2017116 600,00 EUR
349 800,00 EUR
233200,00

Andmete kogumine ja seega ka analüüsivajadus kasvab üha seoses paljude uute mõõtetehnoloogiate ja IT-lahenduste arenguga. Andmeteadus tegeleb nii väga suurte, keskmiste, kui ka väiksemate andmetega, eemärgiga tuvastada kasulikku ja “ennustavat” infot. Käesoleva uurimistoetuse raames arendame uusi andmeanalüüsi meetodeid (masinõpe, andmekaeve, klasteranalüüs, statistika, mustrite otsimine, jne) ja algoritme, teadusarvutuste platvorme, andmete kaitset kõrvaliste isikute eest ja teadusuuringuteks vajalikku tarkvara. Uute meetodite vajadusi dikteerivad rakendused. Käesoleva taotluse põhifookuses on bioloogilised andmed ja bioinformaatika alane andmete integratsioon, terviseandmete analüüs, ning teised andmetüübid nagu asukohapõhised mobiilpositsioneerimise andmed. Käesolev IUT koondab TÜ Arvutiteaduse instituudi andmekaeve ja hajusarvutuste alase ekspertiisi ja arendab neid oluliselt edasi.
Data Science is a rapidly developing and growing area with the goal to extract useful and predictive knowledge from big, medium, and small data. We are focusing on new methods in data analytics (data mining, machine learning, clustering, pattern extraction, statistics), scaling of algorithms to high-performance computing and cloud platforms, improving data security and privacy. The entire field, as well as our proposal, is dominated by intimate interplay between application areas and methods development. Focusing primarily on biological and health data exposes the current shortcomings and limitations of data integration and mining. Especially in integration of many different data types and evidences that are being produced across a very broad area of molecular biology. We will also contribute to other data and calculations rich areas, especially weather prediction, mobile location based services, and social networks.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jaak VilodoktorikraadOÜ Quretec, juhatuse liige (0,05) Tarkvara Tehnoloogiate ja Rakenduste Arendamise keskus (Tarkvara TAK) Uurimissuuna juht. Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01) Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020

Põhitäitjad (4)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Jean-Charles Francois Lamirel01.01.2015−31.12.2016
Leopold PartsdoktorikraadWellcome Trust Sanger Institute, ruhmajuht Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika vanemteadur (0,50)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Balaji RajashekardoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Eero VainikkodoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, hajussüsteemide professor (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020

Täitjad (21)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Priit AdlerdoktorikraadEST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Tambet ArakTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Oleg Batraševmagistrikraad (teaduskraad)Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, hajussüsteemide teadur (0,40) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teadusprojekti spetsialist (0,50)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Dmitri DanilovmagistrikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Hajussüsteemide õppetool, Assistent (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Dmytro FishmanmagistrikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teadusprojekti spetsialist (1,00) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika nooremteadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Amnir HadachidoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, hajussüsteemide lektor (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Helle HeindoktorikraadEST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Tatjana IljašenkomagistrikraadEST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Sten IlmjärvdoktorikraadOÜ Quretec Bio- ja siirdemeditsiini instituut Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, üliõpilane (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Elis KõivumägiOÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Projektijuht (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Anna LeontjevamagistrikraadOÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Artjom LindmagistrikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (0,40)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Tauno MetsaludoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (1,00) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, programmeerija (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Vijayachitra Modhukurmagistrikraad (teaduskraad)Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika nooremteadur (0,75) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformatika nooremteadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Benson Kibugi MuitedoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, hajussüsteemide teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Hedi PetersondoktorikraadQuretec, juhtivteadur Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Rein PrankdoktorikraadTartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, teoreetilise informaatika dotsent (0,80)EST / ENG01.01.2017−31.12.2020
Raul SirelmagistrikraadOÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Elena Sügismagistrikraad (teaduskraad)OÜ Quretec, Teadur (1,00) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika nooremteadur 0,9 k. (0,90)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Konstantin Tretjakovmagistrikraad (teaduskraad)Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (1,00) Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, bioinformaatika teadur (0,10)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Toivo VajakasReach-U AS, Teadur (1,00)EST / ENG01.01.2015−31.12.2020
Projektid
Projekt
13-03-01-10; "Suvekool ESSCaSS 2013"; Jaak Vilo;
13-03-01-49; "Doktorant Dmitri Danilovi osalemine konverentsil "ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2013)""; Eero Vainikko;
3.2.1201.13-0009; "Suurte reaalaja asukohaandmete algoritmid"; Eero Vainikko;
3.2.1201.13-0019; "BioMedIT"; Jaak Vilo;
IUT34-4; "Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA)"; Jaak Vilo;
LMTAT10001/4; "Strateegilise valdkonna "Software Engineering" projektideülene juhtimine ja nõustamine"; Jaak Vilo;
LMTAT13089; "Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine"; Jaak Vilo;
MMTAT12238; "Euroopa Meditsiinilise Informatsiooni Raamistik"; Jaak Vilo;
MMTAT15042R; "EE-IT - Eesti Edinburghi teaduse tippkeskus - digitaalne võrgustunud majandus"; Jaak Vilo;
MMTAT15103R; "ELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences"; Jaak Vilo;
SMTAT12218; "Stažeerimine külalisõppejõuna Bathi Ülikoolis (Suurbritannia)."; Eero Vainikko;
SMTAT14075; "Suvekool ESSCaSS 2014"; Jaak Vilo;
SMTAT14076; "TÜ ATI Võrgutehnoloogia õppelaboratooriumi kaasajastamine"; Eero Vainikko;
SMTAT14089; "Doktorant Dmytro Fishmani osalemine Sitsiilias toimuvas suvekoolis First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014)"; Jaak Vilo;
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Sflomos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Raffoul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422.10.1016/j.ccell.2016.02.002.
Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related profiling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scientific reports, 5, 13107−13107.10.1038/srep13107.
Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570.10.1093/nar/gkv468.
Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053.10.1093/bioinformatics/btv073.
Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1.10.12688/f1000research.6925.1.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient deficiency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505.10.1016/j.bbamcr.2015.06.006.
Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Biene, Tuuliki; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). The role of Tribbles homolog 3 (TRIB3) in the cellular stress response to glucose starvation. In: .Tribbles pseudokinases - At the crossroads of metabolism, cancer, immunity and development; Budapest, Hungary; 22-24 April, 2015..
Nadine, Dreser; · Bastian, Zimmer; · Christian, Dietz; · Elena, Sügis; · Giorgia, Pallocca; · Johanna, Nyffeler; · Johannes, Meisig; · Nils, Blüthgen; · Michael R, Berthold; · Tanja, Waldmann ;· Marcel, Leist (2015). Grouping of histone deacetylase inhibitors and other toxicants disturbing neural crest migration by transcriptional profiling. Neurotoxicology, 50, 56−70.10.1016/j.neuro.2015.07.008.
Saare, Merli; Modhukur, Vijayachitra; Suhorutshenko, Marina; Rekker, Kadri; Sõritsa, Deniss; Karro, Helle; Soplepmann, Pille; Sõritsa, Andrei; Salumets, Andres; Peters, Maire. (2016). The influence of menstrual cycle and endometriosis on endometrial methylome. Clinical Epigenetics, 8 (2), 1−10.DOI10.1186/s13148-015-0168-z.
Jon Ison,*, Kristoffer Rapacki, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Emil Rydza, Piotr Chmura, Christian Anthon, Niall Beard, Karel Berka, Dan Bolser, Tim Booth, Anthony Bretaudeau, Jan Brezovsky, Rita Casadio, Gianni Cesareni, Frederik Coppens, Michael Cornell, Gianmauro Cuccuru, Kristian Davidsen, Gianluca Della Vedova, Tunca Dogan, Olivia Doppelt-Azeroual, Laura Emery, Elisabeth Gasteiger, Thomas Gatter, Tatyana Goldberg, Marie Grosjean, Björn Grüning, Manuela Helmer-Citterich, Hans Ienasescu, Vassilios Ioannidis, Martin Closter Jespersen, Rafael Jimenez, Nick Juty, Peter Juvan, Maximilian Koch, Camille Laibe, Jing-Woei Li, Luana Licata, Fabien Mareuil, Ivan Mičetić, Rune Møllegaard Friborg, Sebastien Moretti, Chris Morris, Steffen Möller, Aleksandra Nenadic, Hedi Peterson, Giuseppe Profiti, Peter Rice, Paolo Romano, Paola Roncaglia, Rabie Saidi, Andrea Schafferhans, Veit Schwämmle, Callum Smith, Maria Maddalena Sperotto, Heinz Stockinger, Radka Svobodová Vařeková, Silvio C.E. Tosatto, Victor de la Torre, Paolo Uva, Allegra Via, Guy Yachdav, Federico Zambelli, Gert Vriend, Burkhard Rost, Helen Parkinson, Peter Løngreen1 and Søren Brunak (2015). Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources. Nucleic Acids Research, 44 (D1), D38−D47.10.1093/nar/gkv1116.
Prank, R., Pärn, H., Siim, J. (2015). INTERACTIVE ENVIRONMENT FOR EXERCISES IN GRAPH THEORY. EDULEARN15 Proceedings: 7th International Conference on Education and New Learning Technologies, Barcelona, Spain. 6-8 July, 2015.. IATED, 4897−4905.
Aseeri, Samar; Batrašev, Oleg; Icardi, Matteo; Leu, Brian; Liu, Albert; Li, Ning; Muite, Benson; Müller, Eike; Palen, Brock; Quell, Michael; Servat, Harald; Sheth, Parth; Speck, Robert; Van Moer, Mark; Vienne, Jerome (2015). Solving the Klein-Gordon equation using Fourier spectral methods: A benchmark test for computer performance. 47(4): 23rd High Performance Computing Symposium (HPC 2015) held in Conjunction with 2015 Spring Simulation Multi-Conference, April 2015. Ed. L.T. Watson, W.I Thacker, J. Weinbub, K. Rupp, M. Sosnkina. The Society for Modeling and Simulation International, 182−191. (Simulation Series).
Müller, Eike Hermann; Scheichl, Robert; Vainikko, Eero (2015). Petascale solvers for anisotropic PDEs in atmospheric modelling on GPU clusters. Parallel Computing, 50, 53−69.10.1016/j.parco.2015.10.007.
Kõivumägi, Elis; Vait, Mati; Hadachi, Amnir; Singer, Georg; Vainikko, Eero (2015). Real time movement labelling of mobile event data. Journal of Location Based Services, 1−22.10.1080/17489725.2015.1032377.
Oleg Batrashev Amnir Hadachi Artjom Lind Eero Vainikko (2015). Mobility Episode Detection from CDR’s Data using Switching Kalman Filter. ACM International Conference Proceedings Series, 63−69.10.1145/2834126.2834139.
Lind, Artjom; Hadachi, Amnir; Oleg, Batrashev (2017). A new approach for mobile positioning using the CDR data of cellular networks. The 5th IEEE international Conference on Models and Technologies for Intelligent Transportation Systems.10.1109/MTITS.2017.8005687.
Juhendamised
Juhendamised
Priit Adler, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Analysis and visualisation of large scale microarray data (Paljude mikrokiibi andmestike suuremahuline analüüsimine ja visualiseerimine), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Sten Ilmjärv, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Eero Vasar; Hendrik Luuk, Estimating differential expression from multiple indicators (Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel), Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut.
Hedi Peterson, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes (Suuremahuliste andmete kasutamine geenidevaheliste seoste leidmiseks), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Märt Bakhoff, magistrikraad, 2015, (juh) Artjom Lind; Eero Vainikko, Integrating VDE into the F2F framework (VDE integreerimine F2F raamistikku), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut.
Jonas Kiiver, magistrikraad, 2015, (juh) Eero Vainikko, NFC Security Solution for Web Applications (NFC turvalahendus veebirakendustele), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut.
Tanel Pärnamaa, magistrikraad, 2015, (juh) Leopold Parts; Sven Laur, Piltide automaatne kirjeldamine eesti keeles – visuaalse ja semantilise ühisesituse õppimine neurovõrkudega, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut.
Kaspar Märtens, magistrikraad, 2015, (juh) Leopold Parts, Pärilike tunnuste täpne prognoosimine DNA põhjal, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut.