See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Personaalne uurimistoetus" projekt PUT1351
PUT1351 "Toksiin-antitoksiin süsteemide kasu ja hind Pseudomonas putida kohasusele (1.01.2017−31.12.2020)", Rita Hõrak, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
PUT1351
Toksiin-antitoksiin süsteemide kasu ja hind Pseudomonas putida kohasusele
Fitness costs and benefits of toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida
1.01.2017
31.12.2020
Teadus- ja arendusprojekt
Personaalne uurimistoetus
Otsinguprojekt
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
PerioodSumma
01.01.2017−31.12.201760 000,00 EUR
01.01.2018−31.12.201860 000,00 EUR
01.01.2019−31.12.201960 000,00 EUR
01.01.2020−31.12.202060 000,00 EUR
240 000,00 EUR

Bakterite kromosoomides on arvukalt toksiin-antitoksiin süsteeme (TAS’e), mis kodeerivad kasvu inhibeerivat või bakteri surma põhjustavat toksiini ja selle aktiivsust takistavat antitoksiini. Algselt üksnes isekateks geenideks peetud genoomseid TAS’e seostatakse viimaste uuringute kohaselt bakterite stressitaluvuse, muuhulgas antibiootikumitolerantsuse, suurendamisega. Iga üksiku TAS’i mõju bakteri kohasusele on väga väike, kuid on viiteid, et arvukad TAS’d võivad toimida ühtse võrgustikuna. Käesolevas projektis kavatseme süstemaatiliselt analüüsida 15 bioinformaatiliselt ennustatud genoomse TAS’i mõju P. putida kohasusele. Kavatseme analüüsida antitoksiini-defektseid tüvesid, et hinnata toksiinide toksilisuse määra ja mõju bakteri kohasusele stressitingimustes. Kõigi 15 TAS’i järjestikuse deleteerimisega selgitame TAS’ide summaarset efekti ja potentsiaalset koostoimet bakteri kohasusele erinevates stressitingimustes. Kirjeldame funktsionaalsete TAS’ide molekulaarseid toimemehhanisme.
Toxin-antitoxin systems (TAS) are ubiquitous in bacterial genomes. TAS are suggested to be involved in stress tolerance, which relies on the ability of toxins to suppress growth. Yet, the effect of a single genomic TAS is mostly negligible, and it has been proposed that numerous TAS may compose a coordinately acting network. Another intriguing issue is that toxins can incur fitness costs to the bacterium – they can have opposite effects on survival in different conditions. The project aims to evaluate the costs and benefits of genomic TAS in the biology of P. putida. A systematic screening of 15 predicted genomic TAS will be conducted by examining the consequences of antitoxin deletions as well as the fitness effects of removal of all 15 TAS from the P. putida genome. Functional TAS will be subjected to further analysis to reveal their mechanism of action and importance under various stress conditions. The work will test whether different genomic TAS can form a jointly acting network.