"Sihtfinantseerimine" projekt SF0180027s10
SF0180027s10 (SF0180027s10) "DNA koopiaarvu variatsioonid Eesti tervetel indiviididel ja arenguhäiretega patsientidel (1.01.2010−31.12.2015)", Ants Kurg, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
SF0180027s10
DNA koopiaarvu variatsioonid Eesti tervetel indiviididel ja arenguhäiretega patsientidel
DNA copy-number variations in healthy individuals and patients with developmental anomalies in Estonia
1.01.2010
31.12.2015
Teadus- ja arendusprojekt
Sihtfinantseerimine
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt60,0
3. Terviseuuringud3.11. Terviseuuringutega seotud uuringud, näiteks biokeemia, geneetika, mikrobioloogia, biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika ja bioinformaatikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 3.1. Biomeditsiin (anatoomia, tsütoloogia, füsioloogia, geneetika, farmaatsia, farmakoloogia, kliiniline keemia, kliiniline mikrobioloogia, patoloogia)40,0
PerioodSumma
01.01.2010−31.12.20101 288 400,00 EEK (82 343,77 EUR)
01.01.2011−31.12.201182 340,00 EUR
01.01.2012−31.12.201282 340,00 EUR
01.01.2013−31.12.201382 340,00 EUR
01.01.2014−31.12.201482 340,00 EUR
01.01.2015−31.12.201582 340,00 EUR
494 043,77 EUR

Selle projekti eesmärgiks on selgitada DNA koopiaarvu variatsioonide (CNVd) osa inimese vaimse arengu mahajäämuse (VAM) ja neuroloogiliste arenguhäirete tekkel. See on esimene laiaulatuslik töö VAM uurimisel Eestis ühendades kliinilise külje tänapäevaste molekulaarbioloogia meetoditega. Kavas on koguda DNA-d vähemalt 500 VAM patsiendilt ning kui võimalik ka nende tervetelt perekonna liikmetelt ja teostada genoomsete aberratsioonide analüüs Illumina Infinium kogu genoomi SNP genotüpiseerimis kiipidel. Kõik olulised muutused kinnitatakse sõltumatute meetoditega. Selleks et selgitada välja VAM kujunemisel osalevad CNVd ja eristada need genoomi normaalsetest variatsioonidest kasutatakse assotsiatsioon uuringuid ja bioinformaatika meetodeid. Kliiniliselt oluliste CNV-de edasine analüüs geeniekspressiooni ja epigeneetika tasandil aitab identifitseerida VAM kujunemisel osalevaid muutusi geenides ja regulatoorsetes alades ning jõuda lähemale normaalse arengu molekulaarsete aluste mõistmisele
The objective of this project is to find out the role of DNA copy number variations (CNV-s) involved in development of human mental retardation (MR) and congenital anomalies (CA). This will be first comprehensive study of MR/CA in Estonia by combining clinical efforts with state-of-art molecular biology methods. We plan to collect DNAs from at least 500 MR patients and where possible from their healthy family members, and perform analysis of genomic abnormalities using Infinium whole-genome SNP genotyping Bead Arrays from Illumina Inc. All relevant aberrations will be confirmed by independent methods. To find out CNVs related to development of disorder and normal variation in genome, association studies and bioinformatic methods will be applied. Analysis of these CNV regions in regard of gene expression and epigenetic changes will follow helping to identify genes and/or regulatory sequences important in development of MR/CA and understand molecular mechanisms of normal development.
Antud projekti käigus koguti koostöös meie kliiniliste partneritega enam kui 250 selgitamata põhjusega IP patsiendi ja nende vanemate ning tervete lähisugulaste terviseandmed. Kõik patsiendid, nende vanemad ja vajadusel terved lähisugulased genotüpiseeriti ning nende genotüübi, fenotüübi ja täiendavad terviseandmed arhiveeriti Cartagenia BENCH andmebaasis. Koostöös TÜ Eesti Geenivaramu töörühmaga loodi EGV geenidoonorite baasil CNV-de võrdlusandmebaas. Detailsemad IP kandidaatgeenide uuringud viidi läbi 7q11.23, 5q35.2q35.3 ja 16p11.2 kromosoomi lookustes paiknevate geenide osas. Samuti tegeldi ka genoomsete ümberkorralduste, täpsemalt isoX kromosoomi i(Xq) moodustumise uurimisega, kasutades selleks i(Xq) kromosoomi kandvaid Turner’i sündroomi patsiente. Näidati, et DNA replikatsiooni põhised DNA ümberkorralduste tekkemehhanismid võivad tekitada suuri kromosomaalseid ümberkorraldusi. Lisaks kiibiuuringutele rakendati IP ja kaasasündinud arenguhäiretega patsientide haiguspõhiste geenimuutuste leidmiseks eksoomide sekveneerimist teise põlvkonna tehnoloogiate abil. Alates 2014. aastast tegeldi ka DNA koopiaarvu uuringutega enneaegse ovariaalpuudulikkusega (Premature Ovarian Failure- POF) patsientidel, eesmärgiga tuvastada mikrokiibianalüüsi abil kliiniliselt olulisi DNA koopiaarvu variatsioone. Uuring teostati ca 52 000 TÜ EGV geenidoonori hulgast valitud 301 patisendil ning leiti olulisi muutusi meioosis, folliikulite kasvu ja munarakkude küpsemisel osalevates geenides. Lisaks DNA koopiaarvu uuringutele teostati aastatel 2010-2012 antud projekti raames ka biosensorite uuringuid, mille põhisisuks oli bakteriaalsete tmRNA-de kasutamine markermolekulidena erinevate patogeensete bakterite tuvastamisel. Kuigi testsüsteemina kasutati erinevaid hingamisteede haigusi põhjustavate bakterite liigispetsiifilisi tmRNA molekule, on kirjeldatud tehnoloogiad lihtsasti kohandatavad ka teiste RNA järjestuste ning erinevate bakterite korral.