See veebileht kasutab küpsiseid kasutaja sessiooni andmete hoidmiseks. Veebilehe kasutamisega nõustute ETISe kasutustingimustega. Loe rohkem
Olen nõus
"Personaalne uurimistoetus (PUT)" projekt PUT1317
PUT1317 "Mulla funktsioonide biogeograafia ja seente funktsionaalsete rühmade evolutsioon kasutades metagenoomikat ja võrdlevat genoomikat" (1.01.2016−31.12.2019); Vastutav täitja: Mohammad Bahram; Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, ökoloogia ja maateaduste instituut; Finantseerija: Sihtasutus Eesti Teadusagentuur; Eraldatud summa: 220 000 EUR.
PUT1317
Mulla funktsioonide biogeograafia ja seente funktsionaalsete rühmade evolutsioon kasutades metagenoomikat ja võrdlevat genoomikat
Biogeography of soil functions and evolution of fungal functional groups using metagenomics and comparative genomics
1.01.2016
31.12.2019
Teadus- ja arendusprojekt
Personaalne uurimistoetus (PUT)
Stardiprojekt
ETIS valdkondETIS alamvaldkondCERCS valdkondFrascati Manuali valdkondProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.6 Bioteadused70,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.4. Ökoloogia, biosüstemaatika ja -füsioloogiaB270 Taimeökoloogia 1.6 Bioteadused30,0
PerioodFinantseerija poolt eraldatud summa
01.01.2017−31.12.201755 000,00 EUR
01.01.2016−31.12.201655 000,00 EUR
01.01.2018−31.12.201855 000,00 EUR
01.01.2019−31.12.201955 000,00 EUR
220 000,00 EUR

Seentel on looduses oluline roll aineringes nii lagundajatena kui ka mükoriisa moodustajatena. Need erinevad eluviisid võivad esineda lähedastel liikidel, ent siiani pole teada, millised geenid seente genoomis kodeerivad biotroofseid funktsioone ning mil määral sarnanevad patogeenide ja mükoriissete sümbiontide genoomid funktsionaalsest aspektist. Käesolevas uurimustöös otsin vastuseid kahele omavahel seotud põhiküsimusele. Esiteks, kuidas on toimunud biotroofsete mükoriisamoodustajate ja patogeenide evolutsioon saprotroofsetest organismidest? Teiseks, millised on mulla metagenoomi peamised trendid globaalses mastaabis? Antud projekt annab ülevaate genoomide evolutsioneerumisest seoses muutustega seenorganismide peamistes ökoloogilistes funktsioonides. Muldade funktsionaalne metagenoomi analüüs erinevates bioomides võimaldab laiemalt mõista eluslooduse funktsioneerimise põhiprintsiipe ning neid mõjutavaid klimaatilisi ja edaafilisi tegureid planeedil Maa.
Fungi comprise an important group of organisms that play key roles in nutrient cycling due to their function in decomposition and mycorrhizal symbiosis. Despite the great functional diversity among fungi, little is known about the underlying gene tool kits and their evolutionary history. Here I propose to study genomics and metagenomics of fungi by addressing two fundamental research questions: i) the evolution of biotrophic functions (parasitism and mycorrhizal symbiosis) from saprotrophic ancestors and ii) global distribution of the soil functional metagenome. This project will substantially improve our knowledge about the evolution of critical functional genes, enabling critical evaluation of the role of genome evolution for the establishment of symbiotic relations. Better understanding of biogeography of soil functions enables to improve our predictions about future response of ecosystems to climate change.
Kasutasime mikroobide biogeograafia erinevate aspektide mõistmiseks täiustatud molekulaartehnikaid. Täpsemalt, me näitame keskkonna filtreerimise ja biootiliste interaktsioonide suhtelist panust mikroobikoosluste struktureerimisel. Mõned peamised leiud sisaldasid järgmist: i) Pinnase mikroobide mitmekesisuses on olemas globaalne laiusgradient, millest kõigis peamistes bioomi tüüpides kõrgeim bakterite geeni ja fülogeneetiline mitmekesisus on parasvöötmes. ii) Pealmise pinnasekihi bakteriaalse ja seente taksonoomilise koostise ja geenide funktsionaalse potentsiaali erinevused tulenevad mulla ja klimaatilistest teguritest, mitte ülemaailmsest ulatusest. iii) Pealmises pinnasekihis olevad bakterid ja seened domineerivad kogu laiusgradiendi komplementaarsetes kohtades, kajastades nišide eristumist ja antagonismi nende vahel. iv) Seen-bakteriaalne antagonism kajastub antibiootikumiresistentsete geenide jaotuses pinnases, mis on kooskõlas seente poolt toodetud antibiootikumide rolliga mikroobide konkurentsis. v) Arktika ja Antarktika mikrobiomid sarnanevad üksteisega rohkem kui üksteisele lähemal asuvad boreaalsete / parasvöötme mikrobioomid, mis viitab pooluste eriomastele keskkonnanõuetele ja suuremale haavatavusele keskkonnamuutuste suhtes. vi) Täiustatud metagenoomika meetodid võimaldavad leida uudseid mikroobikladesid järjestuse ja klasside tasemel, mis aitavad täita lünki elupuus. Need tulemused on avaldatud mitmetes kõrgetasemelistes ajakirjades. Kaasa arvatud 2018. aastal ajakirjas Nature ilmunud artikkel, mida tsiteerivad üha enam mitmesuguste erialade teadlased, tõestades minu uurimistöö suurt potentsiaali interdistsiplinaarsete projektide elluviimisel.