"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF5822
ETF5822 "Modifitseeritud nukleosiidide roll ribosoomides (1.01.2004−31.12.2007)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond.
ETF5822
Modifitseeritud nukleosiidide roll ribosoomides
The role of rRNA mdofications in the ribosome
1.01.2004
31.12.2007
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB434 Agrokeemia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2004−31.12.2007
PerioodSumma
01.01.2004−31.12.2004175 000,00 EEK (11 184,54 EUR)
01.01.2005−31.12.2005181 176,47 EEK (11 579,29 EUR)
01.01.2006−31.12.2006184 800,00 EEK (11 810,87 EUR)
01.01.2007−31.12.2007189 360,00 EEK (12 102,31 EUR)
46 677,01 EUR

Ribosoomi suure lahutusega struktuuri väljaselgitamine viimastel aastatel võimaldab uurida ribosoomi struktuuri ja funktsiooni seoseid atomaarsel tasemel, sealhulgas küsimusi, mida on püütud edutult lahendada juba kümneid aastaid. Üks selliseid aspekte on rRNA modifitseeritud nukleosiidid, mille võimalik funktsionaalne tähtsus on jäänud senini mõistatuslikuks. Käesolev projekt on pühendatud rRNA modfitseeritud nukleosiidide osa selgitamisele nii ribosoomi biogeneesil kui translatsioonil. Põhiline eksperimentaalne lähenemine modifitseeritud nukleosiidide ja neid sünteesivate ensüümide funktsioonide väljaselgitamisel on mutagenees, seda nii bakteri kromosoomi kui plasmiidsete geenide tasemel. Analüüsime E. coli tüvesid, milles on kas üks või mitu rRNA modifikatsiooniensüümi geen deleteeritud, ribosoomide moodustumise suhtes. Ribosoomide assambleerumise defektid väljenduvad eellaspartiklite kogunemises, mida tuvastame tsentrifuugimise meetodil. Teisest küljest analüüsime ka rRNA modifikatsioonide sünteesi sõltuvust ribosoomi subühikute assambleerimisest, millises ribosoomi kokkupanemise staadiumis tehakse erinevad modfitseeritud nukleosiidid rRNAs? Lisaks sellele uurime modifkatsioonide puudumise mõju translatsioonitäpsusele in vivo.
Resolution of ribosome stracture at high-resolution by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy in recent years has made it it possible to study structure-function relation in ribosomes at atomic resolution. Some questions on the ribosome functioning asked already long time ago can be solved. One of the old questions in ribosome research is the function of modified nucleosides find in all high-molcular rRNA species studied. In this project we propse to analyze the functioning of modified nucleosides in rRNA both in ribosome biogenesis and in ribosome functioning. The main approach is to use mutant strains of E. coli lacking one or more rRNA modification enzyme or containing mutations in the rRNA genes. Ribosome assembly defects are manifested by the accumulation of subunit assembly precursor particles, which can be visualized by sucrose gradient centrifugation. It is evident from published results and from our prelimiray data that several modification enzymes play an active role in ribosome assembly. We will also identify when the modifications are made during ribosome assembly. Ribosome subunit assembly proceeds in several steps. In addition, we will analyze translational accuracy in modification deficeint strains.