"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF6041
ETF6041 (ETF6041) "Konserveerunud järjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides võrdleva genoomika abil (1.01.2005−31.12.2006)", Maido Remm, Eesti Biokeskus.
ETF6041
Konserveerunud järjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides võrdleva genoomika abil
Detection of conserved sequence motifs in eukaryotic genomes using comparative genomics approach
1.01.2005
31.12.2006
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudB434 Agrokeemia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
AsutusRollPeriood
Eesti Biokeskuskoordinaator01.01.2005−31.12.2006
PerioodSumma
01.01.2005−31.12.2005100 000,00 EEK (6 391,16 EUR)
01.01.2006−31.12.2006102 000,00 EEK (6 518,99 EUR)
12 910,15 EUR

Käesoleva projekti eesmärk on konserveerunud funktsionaalsete järjestuste identifitseerimine inimese ja teiste imetajate genoomidest. Selliste järjestuste identifitseerimine aitab leida lisaks tavalistele geenidele ka RNA geene, promootoreid, transkriptsioonifaktorite seondumissaite ja muid regulaatorjärjestusi. Eesmärgi võimalikult korrektseks saavutamiseks testitakse ja võrreldakse olemasolevaid arvutusmeetodeid ning täiendatakse neid. Konserveerunud funktsionaalsete alade leidmine uuritavates genoomides toimub kolmes etapis: sünteeniliste piirkondade joondamine, evolutsiooniliselt konserveerunud piirkondade määramine ja funktsionaalsete järjestuste identifitseerimine. Peamine rõhk on sünteeniliste alade korrektsel ja automaatsel leidmisel imetajate genoomide vahel kasutades ortoloogseid valke "ankrutena". Leitud konserveerunud järjestused viiakse andmebaasi ja seotakse visualiseerimiseks UCSC genoomiandmete brauseriga, et lihtsustada teistel teadlastel andmete kasutamist. Meetodeid kontrollitakse esialgu 3-4 hästi uuritud genoomi piirkonnas, kus on võimalik kasutada eksperimentaalselt verifitseeritud positiivseid kontrolle. Seejärel proovitakse arvutusmeetodeid efektiivsemaks muutes ja paralleliseerides rakendada uuritud meetodeid kogu genoomi uurimiseks.
The aim of the current project is to identify conserved functional elements from the mammalian genomes. Identification of evolutionarily conserved sequences helps to find a range of important functional elements that are otherwise difficult to detect, for example small RNA genes, promoters, transcription factor binding sites and other regulatory regions. For correct and efficient identification of conserved sequences we plan to test, compare and improve existing computational methods. The detection of conserved elements in studied genomes will be executed in three stages: alignment of syntenic genome regions, determination of evolutionarily conserved sequences and identification of functional sequence elements. The main emphasis is initially put into development of improved automatic methods for alignment of syntenic sequence regions, using orthologous genes as "anchors". The conserved sequences identified within this project will be entered into dedicated database and visualized with help of the UCSC genome browser. All methods are initially tested in 3-4 well-studied genomic regions where experimental data is available as a set of positive controls. After verification the methods will be applied to the whole genome sequences.