"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF8230
ETF8230 "Ülitundliikud fluorestsentsmeetodid proteiinkinaaside analüüsiks ning nende inhibiitorite iseloomustamiseks (1.01.2010−31.12.2013)", Asko Uri, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Keemia Instituut.
ETF8230
Ülitundliikud fluorestsentsmeetodid proteiinkinaaside analüüsiks ning nende inhibiitorite iseloomustamiseks
Fluorescence-based binding assays for analysis of protein kinases and characterization of their inhibitors
1.01.2010
31.12.2013
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
4. Loodusteadused ja tehnika4.11. Keemia ja keemiatehnikaP390 Orgaaniline keemia 1.3. Keemiateadused (keemia ja muud seotud teadused)100,0
PerioodSumma
01.01.2010−31.12.2010234 000,00 EEK (14 955,33 EUR)
01.01.2011−31.12.201114 955,60 EUR
01.01.2012−31.12.201214 955,60 EUR
01.01.2013−31.12.201314 955,60 EUR
59 822,13 EUR

Proteiinkinaaside (PK) inhibiitorite kui ravimikandidaatide tähtsuse suurenemine on loonud vajaduse analüüsimeetodite väljatöötamiseks, mis oleks kasutatavad aktiivsete ainete kiireks tuvastamiseks ja iseloomustamiseks. Bisubstraatsete ARC-tüüpi inhibiitorite baasil luuakse kõrgafiinsed PK fluorestsentssondid. Nende sondide kasutamine koos keemiliselt, geneetiliselt või antikehaga fluorestsentsmärgistatud kinaasidega muudab grupiselektiivsete sondide sidumise mõõdetavaks ainult märgistatud sihtkinaasiga. Ülitundlike fluorestsentsi mõõtmismeetodite (fluorestsentsi intensiivsus, FRET, TR-FRET) juurutamine võimaldab inhibiitorite testimise läbi viia madala kinaasi kontsentratsiooni juures. PK määramismeetodite suur tundlikkus loob eeldused arendatud meetodite kasutamiseks kinaassete vähi biomarkerite (näit. ECPKA) määramisdeks vereplasmas. Rakuliinides, mis toodavad sihtkinaasi ühisvalku fluorestseeruva valguga kasutatakse koos rakku tungiva FRET-signaali andva ARC-fluorestsentssondiga selleks, et testida ainete mõju kinaasidele elusates rakkudes.
The importance of the development of PK inhibitors as potential drugs has caused an increasing need for the elaboration and improvement of analytical methods for high-throughput screening (HTS) and characterization of new compounds. New high-affinity fluorescent probes based on bisubstrate ARC-type inhibitors will be developed. Their application in combination with fluorescently labelled (with chemical dyes, fused fluorescent proteins, or fluorescently labelled antibodies) kinases makes group-selective probes specific towards the target PK. The application of super-sensitive detection methods (fluorescence intensity, FRET, TR-FRET) enables the use of very low concentrations of PKs for inhibitor testing. Low detection limit of the developed PK assays enables their application for determination of kinase biomarkers (e.g., ECPKA) in blood plasma. Cell lines expressing kinases fused with fluorescent proteins will be used to establish FRET signals between fluorescent proteins (GFP, RFP) and cell-penetrating labelled ARCs binding to the kinases. These cells will be used for cellular testing of PK inhibitors.