"Personaalse uurimistoetuse rühmagrant" projekt PRG669
PRG669 "Ribosoomi RNA modifikatsioonid peptiidsideme moodustumisel (1.01.2020−31.12.2020)", Jaanus Remme, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, molekulaar- ja rakubioloogia instituut.
PRG669
Ribosoomi RNA modifikatsioonid peptiidsideme moodustumisel
Ribosomal RNA modifications in peptide bond formation
1.01.2020
31.12.2020
Teadus- ja arendusprojekt
Personaalse uurimistoetuse rühmagrant
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.12. Bio- ja keskkonnateadustega seotud uuringud, näiteks biotehnoloogia, molekulaarbioloogia, rakubioloogia, biofüüsika, majandus- ja tehnoloogiauuringudT360 Biokeemiatehnoloogia 1.6 Bioteadused50,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.6 Bioteadused50,0
PerioodSumma
01.01.2020−31.12.2020183 250,00 EUR
183 250,00 EUR

Ribosoom ühendab aminohappeid valguahelateks vastavalt geneetilise programmile. Vaatamata pikaajalisele uurimisele on ribosoomi peamise ülesande, katalüüsida peptiidsideme moodustumist, kohta auklikud teadmised. Ribosoomi katalüütiline keskus, mis sünteesib peptiidsidet (PTC) koosneb peamiselt RNAst. Viimane sisaldab omakorda modifitseeritud nukleotiide PTC piirkonnas. Nende modifikatsioonide roll on teadmata. Iga üksiku modifikatsiooni puudumine ei muuda bakterite kohasust ja valgusünteesi. Seepärast on nende funktsionaalse tähtsuse uurimine olnud raskendatud. Me kasutame uudset lähenemist, mis võimaldab uurida iga üksiku modifikatsiooni osa peptiidsideme sünteesil kasutades pagaripärmi ja soolekepikese mudeleid. Oleme konstrueerinud bakteritüve, milles puuduvad 10 modifikatsiooni ensüümi. Selle tüve vähene eluvõime lubab uurida iga üksiku modifikatsiooni osa peptiidsideme sünteesil.
Ribosome connects amino acids into peptide chains according to the genetic program. In spite of extensive studies, there are still unanswered questions concerning this central biological reaction – the peptide bond formation. Ribosomal catalytic site is composed mostly of rRNA. The rRNA around the catalytic center (PTC) contains modified nucleotides. The physiological importance of these modifications is mostly enigmatic. Single omission of nucleotide modification does not exhibit significant phenotypic effects in most cases. This has complicated functional analysis of rRNA modifications. Here we apply an alternative approach by using S. cerevisiae and E. coli models. We have constructed an E. coli strain lacking 10 enzymes that modify 23S rRNA around the PTC. As this strain shows severe growth defect, it allows to analyze impact of each single modification in ribosome functioning. Our research is focused on the importance of rRNA modifications in the ribosomal PTC.