"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7013
ETF7013 "Interaktsioonid mitokondri ja raku kui terviku vahel: pseudohüüfne diferentseerumine ja mtDNA sünteesi kontroll (1.01.2007−31.12.2010)", Juhan Sedman, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond.
ETF7013
Interaktsioonid mitokondri ja raku kui terviku vahel: pseudohüüfne diferentseerumine ja mtDNA sünteesi kontroll
Crosstalking between mitochondria and the cell in yeast Saccharomyces cerevisiae: pseudohyphal differentiation and control of mtDNA synthesis
1.01.2007
31.12.2010
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ValdkondAlamvaldkondCERCS erialaFrascati Manual’i erialaProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.1. BiokeemiaP320 Nukleiinhappesüntees, proteiinisüntees 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt100,0
AsutusRollPeriood
Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskondkoordinaator01.01.2007−31.12.2007
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituutkoordinaator01.01.2008−31.12.2010
Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskondkoordinaator01.01.2008−31.12.2010
PerioodSumma
01.01.2007−31.12.2007180 000,00 EEK (11 504,10 EUR)
01.01.2008−31.12.2008228 000,00 EEK (14 571,86 EUR)
01.01.2009−31.12.2009218 880,00 EEK (13 988,98 EUR)
01.01.2010−31.12.2010218 880,00 EEK (13 988,98 EUR)
54 053,92 EUR
61355,18

Mitokondrid ei ole ülejäänud rakust sõltumatud ATP-d sünteesivad organellid vaid osalevad aktiivselt mitmetes rakku kui tervikut hõlmavates protsessides. Antud projekti raames analüüsime, kuidas teatud mitokondriaalsed valgud osalevad pagaripärmi S. ceervisiae pseudohüüfse diferentseerumise rajas, milliste signaaliülekande raja komponentidega nad interakteeruvad ja kuidas toimub nende mõjul kogu rakku hõlmavate morfoloogiliste muutuste käivitumine. Teiseks analüüsime, milliseks faktorid määravad ära rakus oleva mitokondriaalse DNA hulga ja sünteesikiiruse. Analüüsime mitokondriaalse kompartmendi suuruse, spetsiifiliste replikatsioonifaktorite ja madalmolekulaarsete substraadide mõju mtDNA sünteesikiirusele, akumuleeritava DNA hulgale ja mitokondriaalse DNA isovormidele läbi rakutsükli erinevate faaside.
Mitochondria are not just independent ATP synthesizing organelles but active players in many processes that integrate the complex cellular machinery. The first aim of the project is to analyze a novel function of some yeast mitochondrial proteins in the process of pseudohyphal differentiation. We would like to analyze the interacting components of the corresponding signal transduction pathways and to analyze how these interactions are required for general morphological changes that lead to filamentous growth. The second aim of the project is to analyze the factors that determine the rate of mtDNA synthesis and that limit the mtDNA amount in yeast cells. This will be combined with analysis of mtDNA topology and in vitro biochemical analysis of model substrates. The role of thefollowing factors on mtDNA synthesis will be analyzed: the mass of mitochondria, the concentration of specific replication factors and the concentration of low molecular weight substrates.

Vastutav täitja (1)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Juhan Sedmandoktorikraadüldise ja mikroobibiokeemia professorEST / ENG01.01.2007−31.12.2010

Põhitäitjad (9)

IsikKraadTöökoht ja ametCVOsalemise periood
Anu AundoktorikraadDoktorantEST / ENG01.01.2007−31.12.2010
Ilja GaidutšikmagistrikraadEST / ENG01.10.2007−31.12.2010
Joachim Matthias GerholddoktorikraaddoktorantEST / ENG01.01.2007−31.12.2010
Priit JõersdoktorikraadTeadurEST / ENG01.01.2007−31.12.2008
Katrin Krõlovmagistrikraad (teaduskraad)EST / ENG01.01.2007−31.12.2010
Silja KuuskdoktorikraadTeadurEST / ENG01.01.2007−31.12.2008
Dmitri Lubenetsmagistrikraad (teaduskraad)DoktorantEST / ENG01.01.2007−31.12.2008
Tiina SedmandoktorikraadEST / ENG01.01.2007−31.12.2010
Tiina TammdoktorikraadErakorraline teadurEST / ENG01.01.2007−31.12.2008
Publikatsioonid
Publikatsioonid
Gerhold, Joachim M.; Aun, Anu; Sedman, Tiina; Jõers, Priit; Sedman, Juhan (2010). Strand Invasion Structures in the Inverted Repeat of Candida albicans Mitochondrial DNA Reveal a Role for Homologous Recombination in Replication. Molecular Cell, 39 (6), 851−861.10.1016/j.molcel.2010.09.002.
Visacka, K.; Gerhold, JM.; Petrovicova, J.; Kinsky, S.; Jõers, P.; Nosek, J.; Sedman, J.; Tomaska, L. (2009). Novel subfamily of mitochondrial HMG-box containing proteins: Functional analysis of Gcf1p from Candida albicans. Microbiology, 155 (4), 1226−1240.
Viikov, K.; Väljamäe, P.; Sedman, J. (2010). Yeast mitochondrial DNA polymerase is a highly processive single-subunit enzyme. Mitochondrion, 11 (1), 119−126.10.1016/j.mito.2010.08.007.
Juhendamised
Juhendamised
Joachim Matthias Gerhold, doktorikraad, 2010, (juh) Replication and Recombination of mitochondrial DNA in Yeast (Mitokondriaalse DNA replikatsioon ja rekombinatsioon pärmis), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut.
Ilja Gaidutšik, magistrikraad, 2009, (juh) Tiina Sedman; Juhan Sedman, Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse Irc3 valgu puhastamine, biokeemiline analüüs ja IRC3 geeni deletsiooni mõju mitokondriaalsele valguekspressioonile, Tartu Ülikool.
Inna Afonina, magistrikraad, 2007, (juh) Tiina Tamm; Juhan Sedman, Rekombinantse mitokondriaalse RNA polümeraasi roll Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse DNA in vitro replikatsioonis, Tartu Ülikool, Bioloogia-geograafiateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.