Füüsikalise okeanoloogia alane teema käsitleb Läänemere vee- ja ainevahetusprotsesse (vee juurdevool ja transformeerumine süvakihtides, vahetusprotsessid frontaaltsoonides, basseinide vahel rannikualal ja jogede suudmetes, mesomastaapsed keerised ja turbulents) ning nende moju bioloogilistele protsessidele (vetikate oitsemine) ja keskkonnaseisundile (hapnikudefitsiit, biogeenide ja saasteainete jaotus). Vaatluste ja eksperimentide andmeid analüüsitakse vahetusvoogude ja bilansside hindamiseks. Mudeleid rakendatakse vee- ja ainevahetusprotsesside keskkonnamoju kvantifitseerimiseks, välismojude stsenaariumide hindamiseks ning prognoosi meetodite arendamiseks.
A theme of physical oceanography is focused on the study of water and material exchange processes in the Baltic Sea (inflow and transformation of deep waters, exchange processes in frontal zones, between the basins, in the coastal sea and near the river mouths, mesoscale eddies and turbulence) and their influence on biological processes (plankton blooms) and environmental conditions (oxygen deficiency, distribution of nutrients and pollutants). Exchange fluxes and budgets are investigated on the basis of time series and experimental process studies. Models are used to quantify the environmental effects of exchange processes at different scenarios of external forcing.