"Eesti Teadusfondi uurimistoetus" projekt ETF7501
ETF7501 "Alfaviiruste replikatsiooni iseenesliku allaregulatsiooni uurimine (1.01.2008−31.12.2009)", Valeria Lulla, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut.
ETF7501
Alfaviiruste replikatsiooni iseenesliku allaregulatsiooni uurimine
Restriction of alphaviral replication using viral self-downregulation mechanisms
1.01.2008
31.12.2009
Teadus- ja arendusprojekt
Eesti Teadusfondi uurimistoetus
ETIS klassifikaatorAlamvaldkondCERCS klassifikaatorFrascati Manual’i klassifikaatorProtsent
1. Bio- ja keskkonnateadused1.2. MikrobioloogiaB230 Mikrobioloogia, bakterioloogia, viroloogia, mükoloogia 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt34,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.3. GeneetikaB220 Geneetika, tsütogeneetika 1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt33,0
1. Bio- ja keskkonnateadused1.1. BiokeemiaP310 Proteiinid, ensümoloogia1.5. Bioteadused (bioloogia, botaanika, bakterioloogia, mikrobioloogia, zooloogia, entomoloogia, geneetika, biokeemia, biofüüsika jt33,0
PerioodSumma
01.01.2008−31.12.2008300 000,00 EEK (19 173,49 EUR)
01.01.2009−31.12.2009288 000,00 EEK (18 406,55 EUR)
37 580,04 EUR

Semliki Forest virus (SFV) kujutab endast ühte populaarseimat mudelit, mida on kasutatud positiivse polaarsusega RNA viiruste replikatsiooni uurimiseks; peale selle on ta kasutusel kui oluline geenide ülekande ja -ekspressiooni vektor. SFV replikatsioonistrateegia põhineb replikaasivalkude tootmisel ühe suure eellase – P1234 liitvalgu – kujul ja selle liitvalgu ko- ja post-translatsioonilisel lõikamisel. On leidnud kinnitust, et infektsiooni käigus toimuvad liitvalgu lõikamised ja nendega kaasnevad muudatused replikatsioonikompleksis reguleerivad viiruse replikatsioonitsüklit. Nendes protsessides on võtmeroll nsP2 valgul, mis sünteesitakse kui osa P1234 liitvalgust. Peale selle on oletatud, et nsP2 valk täidab ka veel teisi viirusele vajalikke funktsioone, osaledes näiteks peremehe metabolismi mahasurumises ja superinfektsiooni blokeerimises. Käesoleva projekti raames on kavas (1) teha kindlaks nsP3 valgu makro-domeeni roll alfaviiruste polüproteiini lõikamissaidi 2/3 homoloogsel ja rist-protsessimisel nsP2 valgu poolt; (2) uurida rist-protsessingu nähtust ja kinnitada (või siis välistada) selle tähtsus superinfektsiooni blokeerimisel; (3) konstrueerida ja võtta kasutusele süsteem, mis võimaldab reaal-ajas jälgida alfaviiruse proteaasi aktiivsust nakatunud rakus.
Semliki Forest virus (SFV) is among the best known models for the studies of replication strategies of positive-strand RNA viruses and has a well-earned reputation as gene delivery system and expression vector. SFV replication strategy relies on the production of replicase proteins in the form of non-structural polyprotein precursor P1234, which is then co- and post-translationally processed. It is generally accepted that during the course of viral infection sequential polyprotein processing leads to significant rearrangements of the viral replication complex. NsP2 is protease, which is synthesized as part of P1234 polyprotein, plays central role in the regulation of the formation of replication complexes. It is proposed that nsP2 has also multiple additional functions, including induction of shutdown of host cell metabolism and homologous exclusion of superinfection. During the proposed project it is planned (1) to specify the role of macro domain in the regulation of the cross-processing of 2/3 site of alphaviruses, (2) to study the proteolytic cross-processing and confirm (or reject) its role as the main cause of the alphavirus superinfection exclusion and (3) to establish and use the real-time monitoring system for intracellular alphavirus generated proteolytic activity.